CONTEXTE ET OBJECTIFS DU PROJET

Ce sujet de master s’inscrit dans le domaine de la génétique évolutive et des populations. Les objectifs de ce stage sont à la fois opérationnels pour travailler et produire des données, et appliqués pour répondre à la question de la diversité et différentiation génétique des populations. Ce sujet s’attachera à la reconstruction des pools de différentiation et de détection des SNP sous-sélections et neutres sur différents types d’ADN (modernes, rares, dégradés, et anciens), chez l’anguille européenne (Anguilla anguilla) et le saumon atlantique (Salmo trutta). Pour cela, des données de séquences issues de la technologie DArTCap et DArTseq (Diversity Arrays Technology sequencing – Georges et al. 2018) seront utilisées pour sélectionner un panel de SNPs de qualités (qualité de la séquence, nombre de variants, etc.) et d’intérêt. Ces données sont en cours d’acquisition pour qu’elles soient déjà disponibles lors du début de stage. Elles sont constituées d’échantillons provenant d’un grand nombre de pays (Allemagne, Angleterre, Belgique, Canada, Danemark, Espagne, France, Hollande, Italie, Irlande du Nord, Lituanie, Norvège, Pologne, Suède, Suisse) dans des périodes temporelles différentes (actuelles et archéologiques).

Dans un premier temps, le/la candidat(e) retenu(e) nettoiera bio-informatiquement les données génétiques DArTseq (script sous R existant et à améliorer au besoin) pour sélectionner des SNPs de bonne qualité et produire ainsi une première bibliothèque (library – librairies) pour chaque espèce qui fonctionnera sur les ADNs récents. Cette étape se fera avec l’aide et la concertation des responsables de stage et des partenaires, et visera à optimiser la sélection des SNPs qui répondront à plusieurs utilisations (différentiation des populations, détection de la fluctuation des patterns de diversité, etc.).

Dans un second temps, ces bibliothèques de SNPs seront testées sur des échantillons ayant des ADNs dégradés, rares et anciens (DArTCap) pour s’assurer de leurs applications sur tous types d’échantillons et pour évaluer les avantages et inconvénients des technologies utilisées. Ces nouvelles données (DArTCap) permettront de réajuster les bibliothèques produites lors de la première étape du projet pour qu’elles fonctionnent sur tous les types d’ADNs. Le/La candidat(e) pourra s’appuyer sur des scripts sous R élaborés par les responsables du projet.
Pour finir, des analyses en diversité et structure des populations seront réalisées sur ces données concernant ces deux espèces (Anguille et Saumon). Ce dernier point permettra de faire un bilan sur la capacité de ces données issues de nouvelles technologies et thématiques (ADNs anciens couplés aux ADN modernes) à répondre aux problématiques en matière de diversité génétique, génétique évolutive et génétique des populations.

Ce sujet de Master pourra déboucher sur une thèse.

Mots-clés : ADN modernes et anciens, génétique des populations, analyse de séquence, anguille, saumon

 Le (la) candidat(e) retenu(e) sera plus particulièrement en charge de :

– Mapping et filtration bioinformatique pour nettoyer les données.
– Production des librairies SNP sur les 2 espèces.
– Analyse de la qualité des données sur les échantillons d’ADN rares, dégradés et anciens.
– Evaluation et élaboration des librairies pour répondre aux problématiques et enjeux du projet.
– Appropriation des données et des scripts déjà existants pour des analyses en génétique des populations.
– Réflexion, discussion, et élaboration d’un compte rendu sur les limites et avantages des technologies utilisées.

 Environnement collaboratif

Le/La candidat(e) retenu(e) sera amené(e) à travailler sous la responsabilité de Natacha Nikolic (Chargée de recherche) et Aurélie Manicki (Assistante Ingénieure) au sein d’un groupe de recherche basé dans l’unité « Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons » à Saint-Pée-sur-Nivelle (France) (https://twitter.com/inrae_ecobiop ; https://ecobiop.com). L’UMR ECOBIOP est une unité mixte entre l’INRAE et l’Université de Pau et des Pays de l’Adour, localisée sur le site de Saint-Pée-sur-Nivelle mais aussi dans les locaux du campus de Montaury sur la Côte Basque à Anglet. Cette unité vise à étudier les poissons et leur rôle sur le fonctionnement et l’évolution des populations naturelles. L’unité développe des approches d’écologie expérimentale (en milieu contrôlé ou naturel), de modélisation et de génétique des populations. L’objectif de ces recherches est d’améliorer les pratiques de gestion des populations piscicoles et de leur environnement, afin de préserver les ressources naturelles et la biodiversité, mais aussi de prédire l’évolution de ces populations sous la pression des activités anthropiques.

Le projet se fera en collaboration étroite avec Andrzej Kilian (Diversity Arrays Technology, Australie), Régis DeBruyne (MNHN, Paris), Philippe Béarez (MNHN, Paris), et Brice Ephrem (CNRS, Rennes).

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

 Formation recommandée : Niveau Bac + 5 (Master Recherche, Master Professionnel ou Ingénieur). Expérience souhaitée dans le domaine de la génétique, génomique, biologie moléculaire et évolutive, bioinformatique (particulièrement des séquences), biostatistique, biomathématique, génétique des populations.
 Connaissances/compétences souhaitées : Maitrise de R et linux. Analyse et ingénierie génétique, génétique des populations, analyse statistique. Une expérience de laboratoire en génétique serait appréciée.
 Aptitudes recherchées : curiosité scientifique, dynamique, enthousiasme, esprit d’équipe, autonomie et interdisciplinarité.

VOTRE QUALITE DE VIE À INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement de recherche public rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi l’un des leaders mondiaux de la recherche en sciences agricoles et alimentaires durables, en sciences du végétal et de l’animal (ex. érosion de la biodiversité, gestion des ressources naturelles er des écosystèmes, économie circulaire, etc.). Il est également un acteur majeur de la recherche européenne. INRAE a pour ambition de construire une recherche d’excellence au service de la production de connaissances, de l’enseignement, de l’innovation, en appui aux politiques publiques, afin d’accélérer les transitions en matière d’agriculture, d’alimentation et d’environnement pour atteindre les objectifs de développement durable.

En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
– jusqu’à 15 jours de congés ;
– forfait mobilité durable pour le transport domicile/travail en covoiturage ou à vélo ;
– accès au dispositif de formation ;
– d’activités sportives et culturelles ;
– d’une restauration collective.

 Modalités d’accueil
– Unité d’affectation : UMR ECOBIOP, Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons, INRAE, Saint-Pée-sur-Nivelle
– Adresse du lieu d’exercice : UMR ECOBIOP France
 Centre INRAE de rattachement :
Bordeaux – Nouvelle Aquitaine
 Type de contrat : Stage
 Durée du contrat : 6 mois
 Date d’entrée en fonction : 15 janvier 2022 ou 01 mars 2022

 Rémunération : Dépend de la grille INRAE et l’expérience du stagiaire. Généralement le Brut mensuel d’un Master II est de 546 €.

 Modalités pour postuler
Pièces à transmettre :
– Lettre de motivation
– Curriculum Vitae
– Une liste de deux personnes référentes à contacter

 Coordonnées e-mail :
Natacha Nikolic [email protected]
Aurélie Manicki [email protected]

 Date limite pour postuler : les dossiers seront évalués à partir du 01 Décembre 2021.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].