Stage de Master 2
Abondance, distribution et tendance des effectifs reproducteurs de Bécasse des bois en France depuis 30 ans

Contexte
La Bécasse des bois est une espèce gibier très prisée par les chasseurs au chien d’arrêt. On estime que 2 à 3 millions d’oiseaux sont prélevés chaque année en Europe de l’Ouest, principalement en France, en Italie, en Espagne et dans les îles britanniques. La bonne gestion d’une espèce gibier implique de trouver un équilibre entre le nombre d’oiseaux prélevés et la capacité de renouvellement de la population. Une étape clé pour assurer cet équilibre est d’être capable de quantifier les effectifs et de suivre leur évolution dans l’espace et dans le temps.
Les bécasses sont essentiellement migratrices et ce sont les populations originaires du nord et de l’est de l’Europe qui représentent la part la plus importante du tableau de chasse, lorsqu’elles rejoignent nos zones plus tempérées en automne/hiver. Cependant certaines sous-populations de bécasses sont quasi-sédentaires et n’effectuent pas de mouvements migratoires de grande ampleur. C’est le cas notamment en France et dans les îles britanniques. Compte-tenu de la forte pression de chasse sur l’espèce dans ces pays, il convient également d’évaluer l’état de conservation de ces sous-populations résidentes.
Dans ce cadre, un suivi des effectifs nicheurs français a été mis en place depuis 1988. Pour cette espèce discrète, c’est surtout les cris des mâles au lever du jour et au coucher du soleil (la croule) qui permet de révéler leur présence durant la période de reproduction. Le protocole de suivi des effectifs reproducteurs consiste à réaliser des points d’écoute en soirée entre le 15 mai et le 30 juin et à dénombrer les manifestations territoriales du ou des mâles (nombre de contacts, voir Ferrand 1985). Entre 1988 et 2012, plus de 20 000 points d’écoute tirés au hasard ont été réalisés en milieu forestier. Depuis 2013, un nouveau protocole d’échantillonnage a été mis en place. Cet échantillonnage stratifié permet de réduire le nombre de points tirés au sort qui se situe désormais autour de 600 points par an.
Trois indices sont actuellement utilisés pour suivre l’évolution des effectifs nicheurs : la proportion de sites positifs (au moins un contact), de sites à faible abondance (moins de 5 contacts) et de sites à forte abondance (5 contacts et plus). Mais une incertitude demeure en ce qui concerne le nombre de mâles différents car plusieurs contacts peuvent correspondre à la présence d’un seul mâle. Pour déterminer le nombre mâles différents, il est possible d’identifier les individus en enregistrant leur cris (Ferrand 1987 ; Hoodless et al. 2008). En calculant la relation entre le nombre de contacts et le nombre de mâles différents sur un sous-échantillon de points, on peut ensuite estimer le nombre de mâles sur l’ensemble des points échantillonnés (Hoodless et al. 2009 ; Heward et al. 2015).

Objectifs du stage
Le premier objectif du stage est d’estimer l’effectif de mâles reproducteurs de Bécasse des bois en France grâce à la relation définie par Hoodless et al. 2009 entre le nombre de contacts et le nombre de mâles. Comme dans cette étude, on considérera qu’un point d’écoute représente une surface échantillonnée de 1km², ce qui permettra d’arriver à l’estimation d’une densité de mâles puis à une extrapolation nationale sur l’ensemble du couvert forestier. Il conviendra de quantifier la précision de cette estimation en donnant un intervalle de confiance qui prenne en compte les différents degrés d’incertitude liés à ce calcul.
L’autre partie du stage sera consacrée à l’analyse des tendances démographiques dans le temps et dans l’espace, c’est-à-dire aux changements d’effectif et de distribution des mâles reproducteurs depuis 30 ans. L’étudiant sera amené à utiliser des modèles tenant compte de variables d’habitat, climatiques, ainsi que des dépendances spatiales et temporelles entre les points. Ces modèles permettront de cartographier les changements d’effectifs dans le temps et dans l’espace.
Une dernière partie du stage sera consacrée à la rédaction d’un article scientifique présentant les résultats dans une revue internationale à comité de lecture (évaluation par des pairs).

Profil attendu
L’étudiant devra avoir des connaissances approfondies en statistiques appliquées, notamment des bases solides sur les modèles de régression et avoir des connaissances en analyse de données spatiales et/ou temporelles. Une expérience en analyse de ce genre de données serait d’ailleurs un avantage. Il devra maîtriser parfaitement les fonctionnalités de base du logiciel R et être autonome dans son utilisation. Il sera amené à utiliser le module R-INLA qui permet d’estimer certains modèles complexes qui tiennent compte de la structure spatio-temporelle des données (par exemple, par l’ajout d’un effet aléatoire spatialement et temporellement structuré).
La maîtrise d’un logiciel de SIG est également un pré-requis essentiel à l’analyse de données spatialisées.
Des connaissances générales en écologie et en biologie des populations sont indispensables. Des connaissances plus spécifiques en démographie des populations seraient un plus.
La personne retenue sera amenée à lire de nombreux articles scientifiques en anglais et devra être capable d’en rédiger un elle-même sur les résultats de son stage.

Structure d’accueil : Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage – Direction de la Recherche et de l’Expertise – Unité Avifaune Migratrice, Station de Nantes (44)
Responsable de stage : Kévin Le Rest
Période : 6 mois entre janvier et septembre 2018
Gratification : selon le barème en vigueur (environ 550€/mois)
Date limite de candidature : 19 novembre 2017

Pour tout renseignement, vous pouvez contacter Kévin Le Rest
Mail : [email protected]
Téléphone : 02.51.25.03.96

Bibliographie
Ferrand Y. (1985) Analyse de 6 années d’observations de Bécasses des bois (Scolopax rusticola) à la croule. Gibier Faune Sauvage 2, 39–57.
Ferrand Y. (1987) Reconnaissance acoustique individuelle de la Bécasse des bois (Scolopax rusticola) à la croule. Gibier Faune Sauvage 4, 241–254.
Heward C.J., Hoodless A.N., Conway G.J., Aebischer N.J., Gillings S. & Fuller R.J. (2015) Current status and recent trend of the Eurasian Woodcock Scolopax rusticola as a breeding bird in Britain. Bird Study 62, 535–551,
Hoodless A.N., Inglis J.G., Doucet J-P. & Aebischer N.J. (2008) Vocal individuality in the roding calls of Woodcock Scolopax rusticola and their use to validate a survey method. Ibis 150, 80–89.
Hoodless A.N., Lang D., Aebischer N.J., Fuller R.J. & Ewald J.A. (2009) Densities and population estimates of breeding Eurasian Woodcock Scolopax rusticola in Britain in 2003. Bird Study 56, 15–25.

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