Contexte du stage
Nos paysages ont été et continuent d’être profondément modifiés sous l’effet des changements d’usages du sol et des pratiques de gestion, entraînant une redéfinition des relations entre la biodiversité et ces pratiques de gestion. Cependant, les leviers d’actions pour la conservation de la biodiversité sont souvent raisonnés au niveau local (site ou parcelle), en recherchant des pratiques plus respectueuses de la biodiversité. Cette vision locale n’est pas suffisante pour tenir compte de la dynamique des flux biotiques et abiotiques et des interactions entre les éléments de la mosaïque paysagère, pourtant essentiels au fonctionnement des écosystèmes. Malgré les progrès conceptuels récents de l’écologie des paysages, l’enjeu actuel demeure de passer d’une vision de gestion à l’échelle locale à une vision d’aménagement (à but de conservation) à l’échelle des paysages anthropisés.
Une première approche se base sur l’hypothèse d’un lien positif entre diversité spécifique et hétérogénéité du paysage. Mais les recherches ont montré que l’effet de l’hétérogénéité peut être plus complexe, à savoir non linéaire (hypothèse de l’hétérogénéité intermédiaire) et décalée dans le temps, et qu’il est important de distinguer hétérogénéité de composition et de configuration.
Une deuxième approche, plus analytique, consiste à rechercher quelles proportions et quelles configurations spatiales d’un ou plusieurs type(s) de gestion à l’échelle du paysage permettent de conserver la diversité spécifique, voire de maximiser la diversité gamma (relativement à d’autres paysages). Cette approche va au-delà des différences de diversité entre modes de gestion (diversité alpha, Chaudhary et al., 2016) pour s’intéresser à la complémentarité entre modes de gestion ou au sein d’un mode de gestion (diversité beta et donc gamma).
Ces deux approches sont liées à l’hypothèse du maintien de la diversité spécifique par la diversification des pratiques (ou des conditions écologiques au cours d’un cycle de gestion), une hypothèse jusqu’ici peu testée de façon empirique (et avec des résultats parfois contraires à l’hypothèse, cf. Schall et al., 2020).
De plus, au-delà des différentes échelles de diversité à prendre en compte (α, β, γ), il est important de suivre une approche multi-taxonomique, car les divers groupes d’espèces ne répondent pas tous de la même façon aux gradients étudiés. Enfin, le passage au multi-taxonomique multi-échelle suppose des techniques d’inventaire de la biodiversité innovantes permettant la collecte d’un grand nombre de données fiables à coût réduit. Plusieurs techniques sont en plein développement : l’ADN environnemental par metabarcoding à partir d’échantillons de plantes, de sol ou d’autres substrats, sachant que pour l’utilisation de cette technique n’est pas complètement opérationnelle pour le moment ; (2) l’activité et la diversité acoustique des organismes émetteurs de sons (oiseaux, chauve-souris, mammifères terrestres, amphibiens, orthoptères) ; l’écoacoustique constitue en effet une méthode innovante et particulièrement adaptée pour caractériser la biodiversité à large échelle et (3) le piégeage photographique et l’identification automatique par intelligence artificielle.
Dans un contexte global de perte et de fragmentation des habitats naturels, et de changements d’usages des sols et des pratiques de gestion, le consortium abordera donc les deux questions suivantes :
1- Quelle est le lien entre hétérogénéité de composition et de configuration de la mosaïque paysagère et diversité spécifique et fonctionnelle multi-taxonomique à différentes échelles spatiales ?
2- Comment la diversité spécifique gamma multi-taxonomique est-elle influencée par la configuration et la composition de la mosaïque paysagère et quelles sont les contributions relatives des différents types de gestion (ou des types d’écosystèmes issus de la gestion) à cette diversité gamma ?
Ces questions sont centrales pour comprendre et analyser le rôle des types de gestion sur la biodiversité dans nos paysages anthropisés, et proposer des modes d’organisation du paysage plus favorables à la biodiversité.
Nous proposons d’aborder ces questions selon une démarche empirique, à la fois dans des paysages majoritairement forestiers, des paysages majoritairement agricoles (y compris viticoles), des paysages aquatiques et des paysages mixtes, en essayant de croiser au mieux type de paysage et région biogéographique (atlantique, continental, méditerranéen et alpin). Un consortium composé d’une trentaine de scientifiques répartis dans 11 unités de recherche d’INRA et 2 autres laboratoires s’est organisé pour réfléchir à ces questions et élaborer un projet de recherche au cours de l’année 2022. Il est soutenu financièrement par le méta-programme Biosefair d’INRAE.

Objectif du stage
Le stage consistera à appuyer le consortium pour mener à bien plusieurs réflexions préalables pour aboutir à un projet de recherche à déposer à l’automne 2022. Le stage comprendra les missions suivantes :
(1) une revue bibliographique sur les liens entre biodiversité et hétérogénéité paysagère dans les contextes forestiers, agricoles et aquatiques ;
(2) une revue bibliographique sur les stratégies d’échantillonnage de la diversité gamma et les méthodes innovantes d’inventaire de la biodiversité (ADN environnemental par metabarcoding, écoacoustique, piégeage photographique et identification automatique par intelligence artificielle profonde) ;
(3) une cartographie du paysage européen et international autour des questions scientifiques du consortium ;
(4) un soutien à l’organisation d’un séminaire et de deux ateliers de travail et la rédaction des comptes-rendus de ces réunions ;
(5) selon le cas, l’analyse d’un jeu de données sur biodiversité et hétérogénéité paysagère fourni par une des équipes du consortium.

Profil recherché : Master 2 Écologie ou Géographie
Étudiant-e en Master 2 (ou école d’ingénieur agri/agro) intéressé-e par l’écologie du paysage et les méthodes d’inventaire de la biodiversité.
Un goût pour la recherche et l’analyse bibliographique est indispensable et une connaissance des outils SIG et d’analyse de données (R) est souhaitée.

Structure d’accueil
L’institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public à caractère scientifique et technologique (EPST) placé sous la double tutelle des ministères en charge de la recherche et de l’agriculture.
Le/La stagiaire effectuera son stage sur le campus universitaire de l’Université Grenoble Alpes, au sein du Laboratoire Écosystèmes et Sociétés en Montagne (LESSEM) d’INRAE (2 rue de la papeterie, 38402, Saint Martin d’Hères), qui mène des recherches disciplinaires et interdisciplinaires aux interfaces des écosystèmes et des sociétés.
Le/la stagiaire bénéficiera des moyens de fonctionnement nécessaires à la bonne réalisation de son travail (poste de travail, ordinateur et logiciels, accès aux personnels d’appui à la recherche et aux formations internes et séminaires de l’unité).
Le/La stagiaire sera encadré-e par Laurent Bergès, ingénieur-chercheur écologue.

Conditions
Indemnités : env. 600 €/mois (calculée en fonction du nombre de jours de travail du mois)
Durée prévue : 6 mois
Période prévue : 2022

Candidature
CV et lettre de motivation à envoyer avant le 10 décembre 2021 à : [email protected]

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].