Au sein de l’équipe EGI (Ecologie et Génétique des Insectes) de l’UMR IGEPP (Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes), nous développons des recherches visant à développer des approches agroécologiques de la protection des cultures moins dépendantes du recours aux pesticides de synthèse. Nos travaux portent notamment sur l’identification de leviers d’action pour accroître l’efficacité de régulation des organismes nuisibles aux cultures par leurs prédateurs naturels. Nous développons ainsi depuis de nombreuses années des études portant sur les communautés d’auxiliaires généralistes naturellement présentes en milieux agricoles (araignées, coléoptères carabiques et staphylinidae,…). Les coléoptères carabiques forment notamment un groupe très abondant et diversifié au régime alimentaire très diversifié incluant de nombreux organismes nuisibles aux cultures (insectes et mollusques ravageurs, graines d’adventices,…). A ce titre, ce sont des acteurs majeurs de la fourniture du service écosystémique de contrôle des nuisibles en milieu agricole tempéré. Dans la pratique, les préconisations reposent sur l’existence d’une relation positive entre abondance et diversité des auxiliaires, d’une part, et intensité du contrôle biologique des ravageurs, d’autre part. Cependant, la relation biodiversité-service reste largement conjecturale et ne se vérifie pas toujours dans les faits. Notre hypothèse est que l’incapacité de cette conjecture à rendre compte de la réalité provient de ce qu’elle méconnaît la complexité du réseau d’interactions, notamment du réseau trophique, qui relie les communautés d’auxiliaires et de ravageurs, et plus largement l’ensemble des organismes qui fréquentent les cultures. Ainsi, une augmentation de l’abondance et/ou de la diversité des auxiliaires pourrait parfois se traduire, par exemple, par une généralisation de la prédation intra-guilde (prédation des prédateurs sur d’autres prédateurs) conduisant à une réduction de la pression de prédation sur les ravageurs phytophages et donc du service de contrôle des nuisibles. Afin de mieux décrire et comprendre ces phénomènes nous avons entrepris de conduire des études à large échelle de la structure du réseau trophique liant les arthropodes en milieu agricole avec un focus particulier sur les coléoptères carabiques. En effet, du fait de la difficulté d’observation, le régime alimentaire de ces organismes reste mal connu. Cependant, le développement des approches de séquençage haut-débit et du barcoding moléculaire ouvre de nouvelles perspectives pour aborder cette question.

Le stage proposé ici s’inscrit dans le cadre d’un projet de description des régimes alimentaires d’une communauté d’espèces de carabiques capturées dans des champs de blé (Projet ANR NGB). L’ADN des ressources consommées, présent dans les contenus stomacaux d’individus appartenant à plusieurs espèces, a fait l’objet d’une amplification avec différentes paires d’amorces universelles, puis un séquençage des produits d’amplification a été réalisé. Le travail consistera à analyser les résultats de séquençages de produits obtenus avec des amorces choisies pour amplifier l’ADN végétal. Il comprendra deux étapes :
– La première étape consistera en la constitution d’une base de référence de séquences pour l’ensemble des végétaux supérieurs répertoriés dans la base de données de l’INPN. Les bases de données internationales seront interrogées et les séquences disponibles regroupées dans cette base de référence. La base finale sera analysée, notamment pour identifier son niveau de complétude et le degré de couverture des différentes familles végétales, afin de pouvoir détecter tous les types de végétaux (graines ou autre tissus) consommés par les carabes
– La deuxième étape consistera à comparer les séquences acquises lors du projet à cette base de référence afin d’identifier les espèces végétales dont l’ADN est présent dans les contenus stomacaux des coléoptères carabiques, pour finalement reconstituer la partie végétale du régime alimentaire des carabes présents en milieu agricole.
Lieu de stage et encadrement.

Le stage se déroulera dans les locaux de l’IGEPP à l’INRAe du Rheu. Il sera encadré par Elsa Canard (CR INRAe) et Manuel Plantegenest (Pr Agrocampus ouest). Il sera réalisé en collaboration avec Sebastian Ortiz-Martinez (post-doc) et Ambre Sacco—Martret de Préville (doctorante) qui réalise leurs travaux de recherche dans le cadre du projet NGB.

Période et conditions d’accueil.
Le stage se déroulera pendant la période automne-hiver 2021/22 pour une durée minimale de 4 mois (jusqu’à 6 mois si le stage commence dans l’été). Une indemnité de stage aux conditions ordinaires est prévue (environ 600 euros par mois). Le niveau attendu est au moins niveau Licence, ou Master.

Candidature à transmettre rapidement à
Elsa Canard – [email protected]
Manuel Plantegenest – [email protected]

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