Caractérisation du pan, core et variable microbiome de l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris dans des conditions contrastées d’élevage à l’échelle du Pacifique (Projet COMISTYL)

Encadrantes : Nolwenn Callac ([email protected]) Nelly Wabete ([email protected])

Lieu : IFREMER Unité de Recherche LEAD NC
Station de Saint Vincent
Boulouparis BP 2059
98848 Nouméa Cedex Nouvelle Calédonie
(Station située « en brousse », à 80 km au nord de Nouméa)

BUT : L’objectif de ce stage est de caractériser la structure et la diversité par des approches de métabarcoding ainsi que l’abondance par qPCR des communautés microbiennes actives de l’hémolymphe des géniteurs de L. stylirostris élevés dans des conditions contrastées d’élevage : (1) bassin de terre et (2) en eau claire.

SUJET : Le projet COMISTYL vise à caractériser chez L. stylirostris, l’abondance et la diversité du microbiote (procaryotes et protistes) hébergé dans l’hémolymphe et le milieu d’élevage ainsi que le statut immunitaire de l’hôte. Cette approche intégrée sera mise en oeuvre sur des conditions contrastées d’élevage, eutrophes et oligotrophes, en Nouvelle-Calédonie et Polynésie française. Ce projet a pour objectif de comprendre les interactions, microbiote, statut immunitaire et conditions d’élevage, en lien avec les performances d’élevage (survie et croissance).

Ce projet de stage a pour ambition de caractériser pour la première fois chez l’espèce L. stylirostris de manière concomitante l’abondance et la diversité des communautés microbiennes hébergées dans l’hémolymphe et dans le milieu d’élevage. Cette caractérisation intégrative se fera dans des milieux contrastés, soumis à des pressions biotiques et abiotiques : eutrophes et oligotrophes, correspondant respectivement à un élevage en bassin de terre (mode de production classiquement utilisé en Nouvelle-Calédonie et Polynésie Française, caractérisé par un renouvellement en eau de 15% / 24 h provenant du lagon et une certaine densité microbienne) versus élevage en eau claire, en bac (renouvellement d’eau de 100% / 24 h et faible densité microbienne).
Deux cycles expérimentations ont été réalisés en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie française : une en saison chaude et une en saison fraîche ; un 3éme cycle d’expérimentation aura lieu en saison chaude (Janvier-Février 2020). Pour cela, des géniteurs femelles de crevettes L. stylirostris âgées d’environ 9 mois et produites selon le même protocole d’élevage (ensemencement de bassins de terre avec des post-larves élevées pendant un mois en écloserie/nurserie), sont élevées en bassins de terre ou en bacs d’eau claire sur les deux sites. Les communautés bactériennes totales (« pan-microbiome »), communes (« core-microbiome ») aux types d’élevage et aux deux territoires (Nouvelle-Calédonie et Polynésie Française) ainsi que celles spécifiques (variable-microbiome) des sites de production (Nouvelle-Calédonie versus Polynésie Française), du type d’élevage, ou de la saison d’échantillonnage, seront caractérisées par métabarcoding via le séquençage de l’ADNc du gène codant pour les petites sous unités ribosomales (16S), pour la mise en évidence des procaryotes métaboliquement actifs et de leur quantification par qPCR. L’ensemble des analyses du microbiote sera réalisé par une analyse en individuel afin d’évaluer la variabilité inter individuelle et de gagner en puissance statistique. De plus, un suivi des performances biologiques des animaux (survie et croissance) et des paramètres physico-chimiques et microbiologiques des eaux sera réalisé lors des élevages.

Les objectifs de ce stage sont donc multiples et visent à :
1) Analyser la diversité et la dynamique des communautés microbiennes actives dans
l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris via l’analyse des données issues du séquençage haut débit de la région V4 de l’ADNr 16S après rétro-transcription de l’ARNr 16S)
2) Analyser l’abondance des communautés microbiennes actives totale et spécifique (taxa
d’intérêt) dans l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris par qPCR
3) Mettre en évidence le pan, core et variable microbiome (bio-statistique) de l’hémolymphe de Litopenaeus stylirostris selon le type d’élevage, la saison et le lieu d’élevage (Nouvelle-
Calédonie).

A son arrivée, compte tenu du temps nécessaire au séquençage des échantillons (séquençage de la région V4 de l’ADNr 16S), l’étudiant(e) aura à disposition le jeu de données de métabarcoding à traiter issu des expérimentations réalisées en saison chaude et fraîche. L’étudiant(e) sera impliqué(e) dans la 3eme expérimentation qui correspondra à la seconde analyse de la saison chaude.

Profil de candidature souhaité :
Le/la candidate devra être en Master 2 recherche en écologie microbienne/microbiologie avec des compétences souhaitées en bio-informatique, bio-statistique et devra posséder des connaissances approfondies en biologie moléculaire.

Niveau formation souhaité : Master Recherche 2ème année / Ingénieur 3ème année

Période : Janvier-Juillet Durée : 5mois

Hébergement (O/N) : Oui, un logement est possible (selon disponibilité) sur le site du laboratoire, qui est relativement isolé : Station Aquacole de Saint-Vincent – Boulouparis

Financement Ifremer (O/N) : Oui, indemnité en vigueur selon niveau de formation ; mais billet
d’avion à la charge du candidat retenu.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].