Contexte scientifique dans lequel s’inscrit ce stage

Les écosystèmes marins côtiers se situant dans les zones géographiques tropicales et équatoriales, dont la Martinique, constitue des hots spots de biodiversité. Ces écosystèmes sont parmi les plus productifs de la planète et sont interconnectés par des interactions physiques, biologiques et biogéochimiques complexes avec les herbiers marins et les mangroves. Ils constituent par ailleurs une zone tampon contre les courants et les vagues et constituent des zones de frais et de nurserie importantes. Au cours de la dernière décennie, les perturbations à la fois compte tenu du changement climatique mais aussi du fait d’actions directes anthropiques comme l’augmentation du tourisme et la croissance économique des zones côtières affectent les communautés benthiques marines des écosystèmes tropicaux. Cependant, la distribution géographique des habitats et des espèces de la Martinique demeurent encore peu comprise et sous-estimée. Les derniers inventaires exhaustifs de la biodiversité marine benthique côtière ont été menés dans les années 1970 et quelques expéditions comme MARRIO ont permis d’étudier des taxons en particuliers comme les éponges. Or la mise en place de plans de gestion et de stratégies de conservation ne peut être réalisée qu’en s’appuyant sur une connaissance approfondie de la biodiversité et des facteurs et processus à l’origine des motifs de distribution des espèces. C’est dans ce contexte que l’expédition Madibenthos a été menée par le Muséum national d’Histoire naturelle afin de renforcer nos connaissances de la biodiversité de la Martinique par un inventaire exhaustif des espèces méconnues : algues, mollusques, crustacés. Lors de cette expédition, tous les types d’habitats ont été échantillonnés (mangroves, estuaires, fonds meubles, herbiers de phanérogames, algueraies calcaires et algues molles, …), et ce sur les deux côtes caraïbe et atlantique, très différentes.
Alors que les approches taxinomiques permettent une évaluation rapide de la biodiversité, son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes est conditionné par la diversité de traits entre espèces1 : les approches fonctionnelles établissent le lien mécanistique entre diversité et environnement et permettent d’identifier les fluctuations2.
L’originalité du projet consiste en la valorisation d’une base de données remarquable par (i) un effort d’échantillonnage exhaustif, (ii) une exploration de taxons négligés en conservation et (iii) un appui local fort (i.e. expertise du MNHN)

Objectifs du stage
Existe-t-il un lien entre l’environnement abiotique, la biodiversité des écosystèmes côtiers de la Martinique et leur fonctionnement ?

En focalisant sur 2 superfamilles finement documentées, Majoidea (crabes) et Muricoidea (gastéropodes marins), le stage apportera des réponses à cette problématique en s’appuyant sur l’utilisation des traits de vie comme approche complémentaire à la seule vision taxinomique.
Démarche expérimentale, méthodes et rôle du stagiaire dans le déroulement du projet
1. Création d’une base de traits de vie depuis la littérature et l’expertise des taxinomistes : Le/la stagiaire devra documenter/bancariser des mesures de traits morpho-, écophysio- et phénologiques des espèces (e.g. taille, dispersion, reproduction) des Majoidea et Muricoidea. La base de données sera réalisée en collaboration avec l’UMS PatriNat pour une bancarisation standardisée et identifiée par Digital Object Identifier (projet base de connaissance « traits de vie »).
2. Caractérisation de la diversité fonctionnelle par calcul d’indices de diversité fonctionnelle : Le/la stagiaire devra identifier, compiler et tester les méthodes d’estimation de diversité fonctionnelle3,4 les plus pertinentes dans le contexte d’étude, et les limitations. L’ensemble des analyses seront réalisées sous R.
3. Caractériser et analyser les variations spatiales de diversité fonctionnelle en lien avec les conditions abiotiques : Le/la stagiaire testera l’influence de l’environnement par étude des liens entre diversité fonctionnelle et conditions abiotiques par approches multivariées d’ordination/classification et par la méthode du 4ème coin pour identifier les typologies de fonctionnement des écosystèmes martiniquais.

Accueil du stagiaire et ressources
Le/la stagiaire sera accueilli au sein de l’équipe SOMAQUA du laboratoire BOREA « Biologie des organismes et écosystèmes aquatiques » à Paris sous la direction de Salomé Fabri-Ruiz (ATER) en collaboration avec Eric Goberville (BOREA) et Guillaume Dirberg (BOREA). La base de données traits de vie sera réalisée en collaboration avec Jeanne De Mazières de l’UMS PatriNat et Laure Corbari de l’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB), qui possède une grande expertise sur les groupes cibles.

Compétences requises :
– Niveau Master II en écologie/écologie marine/océanographie
– Compétences en traitement de données
– Compétences en analyses multivariées
– Maitrise de R et d’un logiciel de SIG
– Rigueur et sens de l’organisation
– Capacité à travailler en équipe

Indemnité de stage : 577,50 euros/mois.

Pour candidater : merci d’adresser par mail un CV, accompagné d’une lettre de motivation à
Salomé Fabri-Ruiz, [email protected]

Début du stage : Début Janvier 2021

Références :
1. Pimiento et al. (2020) Functional diversity of marine megafauna in the Anthropocene. Sci Adv 6(16), eaay7650
2. Cadotte et al. (2011) Beyond species: functional diversity and the maintenance of ecological processes and services. J Appl Ecol 48(5), 1079-1087
3. Laliberté & Legendre (2010). A distance-based framework for measuring functional diversity from multiple traits. Ecology, 91(1), 299 305
4. Villéger et al. (2008). New multidimensional functional diversity indices for a multifaceted framework in functional Ecology. Ecology, 89(8), 2290 2301

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