Contexte de travail 
Dans le cadre de l’ANR Labcom Microscale, l’UMR 6553 ECOBIO et l’entreprise Cellenion développent l’analyse de cellules bactériennes uniques (‘single cell’). Dans sa globalité, ce projet vise à mettre en place de nouvelles recherches sur l’isolement et l’analyse génomique et transcriptomique de cellules bactériennes uniques, ainsi qu’à développer des kits de préparation et de traitement du matériel biologique et des outils bioinformatiques pour une valorisation commerciale des résultats. Dans ce cadre, la personne recrutée devra prendre en charge le volet bioinformatique du projet et développer les pipelines numériques pour l’analyse des données de séquençage générées. Ces outils constituent une ressource essentielle au projet et visent à faciliter l’interprétation des gros jeux de données obtenus ouvrant l’approche ‘single cell’ des microbiotes à un public large et peu expérimenté en termes d’analyse bioinformatique.

Activité principales 
– Analyse bioinformatiques (curation, assemblage, annotation) des données de séquençage de génomes et transcriptomes de cellules microbiennes uniques (‘single cell’)
– Développer une solution automatisable de traitement et d’exploitation des données de séquençage ‘single cell’  de micro-organismes
– Mettre en place un pipeline automatisé
– Apporter des conseils méthodologiques et une assistance technique pour la manipulation, l’analyse, le partage et la sauvegarde des données de séquencage

Activités associées
– Effectuer des présentations et des formations afin d’assurer le transfert des connaissances et des compétences aux utilisateurs
– Assurer et mettre à jour la documentation, la maintenance et la publication des méthodes et outils développés

Connaissances (toutes ou parties)
– Méthodes et outils de mapping et d’assemblage de génomes et de transcriptomes
– Méthodes et outils de curation et d’annotations des séquences
– Banques de données (gènes, génomes, protéines, voies métaboliques…)
– Langages de programmation : perl, python ou java ,
– Format de données de séquences, d’alignements et d’annotation de génome et transcriptomes
– Outils et méthodes pour la représentation graphique des résultats
– Outils de virtualisation (Docker) et de gestion de packages et d’environnements (Conda) de distribution, pipeline Galaxy ou équivalent
– Connaissances en génomique microbionne et des méthodes de séquençage
– Langue anglaise : écrit et oral

Compétences opérationnelles (toutes ou parties)
– Identifier et évaluer les outils bioinformatiques pertinents pour l’analyse des données.
– Installer et utiliser les outils bioinformatiques dans différents environnements informatiques (cluster de calculs, serveur Galaxy, environnements virtualisés)
– Concevoir et développer les scripts pour manipuler les grands volumes de données de séquençage
– Intégrer les outils bioinformatiques dans des pipelines et des workflows paramétrables, reproductibles et automatisables
– Mettre à disposition les outils bioinformatiques sur les plateformes de développement et les données produites dans les banques de données
– Rédiger la documentation pour les utilisateurs, transmettre des connaissances et utiliser les techniques de présentation
– Réaliser une veille dans le domaine d’activité
– Animer une réunion

Aptitudes
– Autonomie, sens de l’organisation et disponibilité
– Rigueur, fiabilité
– Capacité à travailler en équipe

Envoyez votre candidature avec CV, lettre de motivation et lettre(s) de recommandation à Cécile Monard et à Philippe Vandenkoornhuyse avant le 24 janvier 2022.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

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