L’UMR ECOBIOP INRA-UPPA recrute un chercheur postdoctorant en génétique des populations pour une durée de 15 mois à partir de janvier 2018.

Description du projet :
L’hybridation est un processus biologique naturel faisant partie de l’histoire évolutive de nombreux taxa mais peut également avoir des origines plus contemporaines dans le cas où des perturbations anthropiques conduisent à l’érosion de l’isolement reproducteur entre espèces. Estimer l’importance relative de ces différents facteurs est essentiel dans le cas d’hybridation impliquant des espèces en déclin afin d’évaluer l’impact potentiel de l’hybridation dans la trajectoire démographique des espèces concernées et comprendre les mécanismes conduisant à l’hybridation afin de mieux les prendre en compte dans les plans de gestion des espèces.
Le sujet de recherche du postdoctorant recruté sera d’étudier la dynamique d’hybridation entre la grande alose (Alosa alosa) et l’alose feinte (Alosa fallax) au sein d’un projet de recherche ayant pour objectif de comprendre les facteurs liés à l’effondrement démographique de la grande alose observé depuis une quinzaine d’années. Un premier objectif sera de développer une méthode de génotypage de marqueurs SNP optimisés pour l’identification des hybrides à partir de données génomiques disponibles. Cette méthode sera ensuite appliquée afin de génotyper les principales populations d’aloses préalablement échantillonnées le long de la façade atlantique française. Des méthodes d’analyse de génétique des populations seront ensuite à mettre en œuvre pour quantifier l’hybridation contemporaine et reconstituer l’histoire de la dynamique d’hybridation entre les deux espèces. La détermination de la population d’origine des individus grâce à l’analyse conjointe des données génétiques et d’analyses de la microchimie des otolithes permettront de mieux comprendre le contexte environnemental et spatial de l’hybridation à l’échelle de la métapopulation.

Environnement de recherche :
La personne recrutée sera basée à ECOBIOP (https://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/st_pee/UMR-Ecobiop), une Unité de Recherche Mixte associant l’INRA et l’Université de Pau & Pays Adour, qui étudie le comportement, l’évolution et la dynamique des populations des poissons migrateurs en utilisant plusieurs disciplines complémentaires (physiologie, écologie, génétique des populations, biologie évolutive, et modélisation). Elle travaillera en collaboration étroite avec Olivier Lepais au sein d’un projet de recherche multidisciplinaire autour de la conservation de la grande alose, coordonné par Françoise Daverat (IRSTEA Bordeaux) et associant plusieurs équipes de recherches de l’INRA et de l’IRSTEA. Le lieu d’affectation sera localisé à l’Aquapole de l’INRA de Saint-Pée-sur-Nivelle (situé à une vingtaine de kilomètres au sud de Bayonne et Biarritz).

Qualifications et compétences requises :
Nous recherchons des candidats titulaires d’un doctorat en écologie, biologie évolutive, ou autres domaines approchants avec de solides bases en génétique des populations empirique. Des compétences en biologie moléculaire (travail générale de laboratoire, développement de marqueurs) ainsi qu’un intérêt pour la problématique de l’hybridation sont essentiels. Les candidats devront faire preuve d’autonomie, de créativité et avoir une bonne capacité de communication en français et/ou en anglais.

Période et salaire :
Poste à durée déterminée de 15 mois à temps plein démarrant le 1er janvier 2018, basé à l’UMR ECOBIOP de Saint-Pée-sur-Nivelle. Salaire brut à partir de 2300 €/mois, en fonction de l’expérience professionnelle passée.

Pour postuler :
Envoyer une lettre de motivation, un curriculum vitae détaillé ainsi que l’adresse email de deux personnes référentes à Olivier Lepais ([email protected]) avant le 30 octobre 2017.

A postdoctoral research assistant position in population genetics is available at the Joint Research Unit ECOBIOP “Fish Behavioural Ecology and Population Biology” (INRA – Univ. Pau & Pays Adour).

Project description:
Hybridization is a natural biological process encountered in evolutionary history of numerous taxa but can also have more recent origin in the case of anthropogenic perturbations leading to the loss of reproductive isolation between species. Estimating the relative importance of these different factors is paramount in the case of hybridization involving declining species to evaluate the potential impact of hybridization in the demographic trajectory of species at risk and to understand factors leading to hybridization to better inform management policies.
The research subject of the recruited postdoctoral research assistant will be to study hybridization dynamics between the allis shad (Alosa alosa) and the twait shad (Alosa fallax) within a research project aiming at understanding the causes of the allis shad demographic collapse observed for fifteen years. The first objective will be to develop a genotyping method of SNP markers optimized for identifying hybrids using already available genomic resources for the two species. These methods will then be applied to genotype the main shad populations already sampled across the French Atlantic coast. Population genetics analytical methods will be used to quantify contemporary hybridization and to reconstruct the hybridization dynamic history between the two species. The identification of the population of origin of the individuals combining both the genetic data and microchemistry profiles obtained from the otolith on the same individuals will improve the understanding of the environmental and spatial context of hybridization at the metapopulation scale.

Research environment:
The successful candidate will be based at ECOBIOP (https://www6.bordeaux-aquitaine.inra.fr/st_pee_eng/UMR-Ecobiop), a Joint Research Unit between INRA (the French National Institute of Agronomical Research) and the University of Pau & Pays Adour, that studies migratory fish behaviour, evolution and population dynamics using complementary disciplines (physiology, ecology, population genetics and modelling). The candidate will work in close collaboration with Dr. Olivier Lepais within a multidisciplinary research project focused on allis shad conservation led by Françoise Daverat (IRSTEA Bordeaux) that includes several INRA and IRSTEA research teams. The working place will be located at INRA Aquapole in Saint-Pée-sur-Nivelle (20 km south of Bayonne and Biarritz, France).

Required qualification and skills:
We are looking for candidates with a PhD degree in ecology, evolutionary biology or related relevant fields, with strong background in empirical population genetics. Skills in molecular biology (general laboratory work, molecular markers developments) and interest in scientific questions related to hybridization are essentials. Candidates should be independent, creative, have good communication skills in French and/or in English.

Terms and salary:
The post is a full-time, fixed term from 1st January 2018. The gross salary including benefits starts from 2300 €/month, depending on past professional experience.

Application:
To apply, please send to Dr Olivier Lepais ([email protected]) a cover letter (exposing you background and motivation), a detailed CV and email addresses of two references before the 30th of October 2017.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].