Les maladies tropicales négligées, groupe diversifié de maladies transmissibles dont fait partie la Leishmaniose cutanée, touchent plus d’un milliard de personnes principalement dans des régions tropicales. Les cycles de transmission de ces maladies restent souvent difficiles à caractériser, notamment lorsque celles-ci sont causées par un agent pathogène généraliste, qui peut être hébergé et transmis par plusieurs espèces hôtes et vectrices. De plus, l’étude de ces cycles peut être compliquée par les activités anthropiques qui provoquent la modification des écosystèmes et la perte de la diversité biologique. Ces communautés d’hôtes et de vecteurs et les relations qui existent entre elles sont ainsi soumises à plusieurs niveaux de déterminants écologiques de large échelle comme de grandes entités biogéographiques, et à des déterminants plus locaux. Dans le cas de la leishmaniose cutanée, la diversité des communautés de mammifères et de phlébotomes, les abondances respectives des espèces, leur niveau de tolérance aux modifications d’environnement, la sélectivité ou au contraire l’opportunisme des femelles hématophages pour aller se nourrir sur un spectre d’hôtes plus ou moins large, influencent la complexité de réseaux trophiques. La modification de la structure des réseaux a alors un effet direct sur le cycle de transmission des maladies.

En Guyane, seulement une espèce de mammifères et 4 espèces de phlébotomes ont un rôle avéré dans le cycle de la leishmaniose cutanée, mais de récents travaux tendent à montrer que d’autres espèces de vecteurs et de mammifères seraient impliquées dans le maintien et la transmission de cette maladie. L’objectif du stage sera de mieux caractériser les communautés de mammifères sauvages selvatiques et de phlébotomes, et les réseaux trophiques reliant ces deux communautés pour une meilleure connaissance du cycle de la leishmaniose. Le stage portera sur les déterminants écologiques de grande échelle (typologies forestières, unités géomorphologiques, gradients climatiques) intervenant sur le cycle. Il complètera d’autres travaux en cours au laboratoire sur l’importance de considérer aussi des échelles plus fines comme les degrés de perturbations anthropiques (exploitation forestière, zones de lisière, couverture forestière…).
Le projet comprendra deux volets principaux : 1. l’étude des communautés de vecteurs (phlébotomes) et des mammifères sauvages hôtes potentiels, et l’évaluation de la prévalence en Leishmania dans ces communautés. 2. la caractérisation des réseaux trophiques, à partir des repas sanguins des femelles phlébotomes.

Ces deux volets seront traités à partir de matériel biologique échantillonnés sur l’ensemble du territoire guyanais. La description des communautés de mammifères impliquées dans le cycle de la leishmaniose sera réalisée par biologie moléculaire à partir de 700 échantillons de rate et foie, appartenant à plus de 80 espèces. La diversité des communautés de phlébotomes sera réalisée par métabarcoding, la présence de leishmanies dans ces communautés et la description de repas sanguins des femelles phlébotomes gorgées seront faites par séquençage à haut débit. Ces repas sanguins permettront d’identifier les préférences des différentes espèces de phlébotomes, par une approche en réseaux trophiques . La richesse des communautés, leurs relations, et les prévalences parasitaires, seront étudiées sous l’angle de l’influence de différents écosystèmes forestiers sur les modalités de transmission du parasite.
L’essentiel du matériel biologique (échantillons : organes de mammifères, phlébotomes) nécessaire à la réalisation du sujet sera acquise en début du stage. Une partie des analyses aura été effectuée avant le début du stage.

Techniques :
Biologie moléculaire (extractions ADN, PCR), analyses bioinformatiques, séquençage haut débit, SIG, statistique avec le logiciel R, possibilité de participer aux sessions de terrain.

Conditions d’accueil :
Le billet d’avion Aller-Retour pour la Guyane est à la charge de l’étudiant.
Des logements sont disponibles pour 200 euros par mois sur le campus de l’Institut Pasteur de la Guyane.

Contact :
Benoit de Thoisy (Dr vétérinaire, PhD) : [email protected]
Agathe Chavy (doctorante) : [email protected]

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