Sujet : Définition d’un protocole d’estimation de la survie adulte des aigles royaux dans les parcs nationaux français à l’aide d’une approche génétique non-invasive.

Equipe d’encadrement : Aurélien Besnard (Maitre de conférences, UMR5175 CEFE), Arzhela Hemery (Doctorante, URM5175 CEFE) et Yoann BUNZ (Chargé de mission, Parc National des Ecrins), en collaboration avec Christian Itty (Association BECOT) et Guillaume Queney (Antagène).

Localisation : UMR5175 Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive – Montpellier

Durée : 6 mois. Début Janvier-Mars 2022. Gratification au montant légal en vigueur au moment du stage, financé par le Parc national des Ecrins.

L’Aigle royal est une espèce emblématique des parcs nationaux français et classé en tête de liste des travaux sur la hiérarchisation des enjeux de conservation avifaunistiques des parcs. Du XIXe siècle jusqu’aux années 1970, les populations d’aigles, comme celles de nombreux autres rapaces, ont connu un fort déclin en France et en Europe (Decorde and Ricau 2009). Craint et considéré comme nuisible, l’Aigle royal a subi de nombreuses persécutions par l’Homme (tirs, empoisonnements et destruction des nids) durant de nombreux siècles. Suite à la protection de l’espèce en France dès 1964, les populations ont connu un fort regain démographique, en particulier dans les parcs nationaux. Pourtant, l’aigle royal est encore exposé à diverses pressions anthropiques comme les collisions avec des câbles électriques ou les électrocutions qui peuvent être à l’origine d’une surmortalité importante. Au-delà de ces risques de collision, l’empoisonnement, le saturnisme, le tir mais également le dérangement lors de la reproduction sont des menaces qui pèsent toujours sur les populations d’aigles, ainsi que sur celles des autres grands rapaces (Grand-duc, Gypaète barbu, etc.).
L’Aigle royal fait l’objet d’un suivi dans les Parcs nationaux depuis les années 1970. Le marquage individuel des jeunes et des adultes étant très difficile, et la relecture de bagues quasiment impossible, les parcs nationaux se concentrent sur un suivi de la reproduction des couples comme indicateur de l’état de santé de la population. Cependant, l’Aigle royal étant une espèce longévive, la survie adulte est le paramètre qui a le plus d’influence sur la dynamique de ses populations. Il est donc primordial d’estimer ce paramètre pour mieux rendre compte de l’état de santé de ses populations. L’estimation de cette survie suppose de pouvoir identifier et suivre les aigles individuellement au cours des années. Envisager un suivi de type Capture-Marquage-Recapture « classique » basé sur la pause de bagues semble bien trop complexe et couteux pour les parcs nationaux français. Une alternative possible repose sur l’identification individuelle à partir de marqueurs génétiques (microsatellites), une méthode qui est de plus en plus utilisée dans les suivis de faune sauvage (Woods et al. 1999, Ernest et al. 2000). Un des avantages de cette technique est qu’elle fournit une méthode d’identification non-intrusive car le matériel génétique peut être récolté dans les nids. Cette technique a été utilisée avec succès chez l’Aigle impérial (Aquila heliaca) en Asie Centrale (Rudnick et al. 2005).
Nous avons débuté, en 2019, une étude pilote visant à évaluer la faisabilité d’un tel suivi non-invasif. L’analyse de plus de 150 échantillons de plumes de différents parcs nationaux sur une vaste zone géographique de l’aire de présence de l’espèce en France a été conduite sur la base de marqueurs microsatellites mis au point spécifiquement pour cette étude par le laboratoire Antagène. Elle a permis de montrer que les plumes collectées dans les nids permettaient bien l’identification individuelle. Le stage proposé ici vise à réaliser une analyse fine des données disponibles pour proposer un protocole précis d’estimation de la survie des aigles à travers cette approche.
Pour mener à bien cette étude, le stagiaire aura notamment pour mission :
– D’analyser la variabilité des marqueurs pour calculer les probabilités d’identité des individus et déterminer ainsi le nombre de marqueurs nécessaires par la suite
– De réaliser des tests de puissance pour déterminer le nombre d’individus à identifier chaque année
– De budgétiser le coût total de l’étude sachant le coût de la collecte et de l’analyse de données (incluant les échantillons qui ne sont pas identifiés avec suffisamment de précision)
– De rédiger un protocole détaillé à destination des parcs nationaux

Profil recherché :
– Bonnes connaissances et appétence pour la génétique des populations
– Bonnes capacités d’analyse statistique et de programmation sous R
– Connaissances naturalistes, notamment ornithologiques, bienvenues.

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