Contexte et objectifs

Le Calotriton des Pyrénées (Calotriton asper) est un amphibien endémique du massif pyrénéen (Andorre, Espagne et France). Il occupe principalement les cours d’eau de montagne, mais sa présence a été relevée dans la quasi-totalité des milieux aquatiques (e.g. cours d’eau intermittents, lacs, eaux souterraines). Il possède une biologie et une écologie très spécialisées qui en font une espèce très sensible aux pressions d’origine anthropique qui affectent ses habitats, et aux changements climatiques, notamment la modification des températures et des débits. Cette espèce, classée vulnérable sur la liste rouge des amphibiens de France métropolitaine, est localement soumise à un risque élevé d’extinction. En terme de responsabilité patrimoniale, la France a donc un rôle crucial, notamment en raison des menaces existantes, mais également du manque de connaissances tant sur la biologie et l’écologie de cette espèce que sur les facteurs qui l’affectent directement ou indirectement.

Récemment, une méthode de suivi non invasive par capture-marquage-recapture (CMR) a été proposée pour le Calotriton des Pyrénées (Dalibard et al. 2021). Elle consiste à reconnaître les individus grâce à leurs patrons de coloration ventraux qui sont stables dans le temps. Cette méthode ouvre de nouvelles perspectives pour le suivi de populations à long-terme de cette espèce longévive. Elle permet par exemple d’étudier les variations temporelles (e.g. saisonnières, annuelles) de la sélection de l’habitat au niveau individuel qui est généralement liée au stade de développement, au sexe, à la condition corporelle ou encore au statut social. Les mâles et les femelles peuvent utiliser les habitats différemment en fonction des périodes de l’année ou des activités (e.g. reproduction, chasse, parade), conduisant à des patrons de déplacement ou des domaines vitaux différents. La qualité des habitats peut également être à l’origine de certains déplacements. Le suivi par CMR permet aussi de s’intéresser à la composition des populations, en analysant son évolution dans le temps ou dans l’espace. Enfin, il permet d’estimer des paramètres de population comme les densités de population. Il a été mis en évidence dans la thèse de Manon Dalibard (2021) qu’un grand nombre d’individus ne sont jamais recapturés après leur première capture. Des interrogations se posent donc sur l’identité de ces individus et leurs caractéristiques, ainsi que sur leur rôle dans le fonctionnement des populations de Calotriton des Pyrénées (i.e. individus en transit ou appartenant à la population résidente).

L’objectif de ce stage est d’appréhender la question des déplacements et de la sélection de l’habitat du Calotriton des Pyrénées dans trois populations. Des captures d’individus ont été réalisées mensuellement entre juin 2018 et septembre 2020 dans trois tronçons de rivière de 200 m, découpé en 16 sections consécutives, pour lesquelles les habitats ont été caractérisés. Chaque individu capturé a été identifié individuellement via la méthode de CMR par photo-identification. Il a également été sexé, mesuré, pesé, son âge a été estimé et sa section de capture relevée. A partir des données déjà récoltées et à la suite du travail déjà réalisé dans le cadre de la thèse de Manon Dalibard, les objectifs détaillés seront de :
1) Mettre en lien les déplacements inviduels avec les caractéristiques des individus (morphologie, sexe, âge), et celles de l’habitat (substrat, caches, berges, faciès d’écoulement)
2) Etudier l’évolution de la composition en individus dans le cours d’eau, dans le temps et dans l’espace, et la relier aux caractéristiques de l’habitat
3) Affiner les premières estimations de densités de population réalisées dans la thèse de Manon Dalibard en considérant les individus capturés une seule fois dans les analyses

Littérature citée
Dalibard et al. (2021) Can ventral pattern be used for individual recognition of the vulnerable Pyrenean brook newt (Calotriton asper)? Herpetological Journal, 31, 99-110.
Dalibard M. (2021) Etude de l’habitat du Calotriton des Pyrénées (Calotriton asper) : De l’échelle de son aire de distribution en France à celle d’un cours d’eau. Thèse de Doctorat de l’Université de Toulouse.

Résultats attendus
1) Synthèse bibliographique des connaissances sur les stratégies de déplacement et les facteurs susceptibles d’influencer ce type de comportement chez les amphibiens et les espèces aquatiques en général
2) Analyse des données de CMR du Calotriton des Pyrénées récoltées sur les trois sites, via l’utilisation de modèles de capture-recapture et d’autres méthodes statistiques permettant l’étude des historiques de capture-recapture.
3) Rédaction d’un rapport synthétique, présentation des résultats à l’équipe d’accueil et co-rédaction d’un article scientifique

Compétences requises
Niveau Master 2 ou équivalent
Solides connaissances et goût prononcé pour les analyses statistiques et le traitement de données écologiques ;
Solide maîtrise de la manipulation des données sous R
Connaissances des principes de dynamique des populations
Expérience/connaissances appréciée(s) en herpétologie

Unité d’accueil : UMR Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement, Université Paul Sabatier, Toulouse.

Période : entre janvier et août 2022 (5-6 mois)

Encadrants de stage :
Laëtitia Buisson (UPS UMR Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement) (encadrant principal)
Pascal Laffaille (INPT UMR Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement)
Alexandre Riberon (UPS UMR Evolution et Diversité Biologique)

Indemnités de stage : selon la réglementation en vigueur.

Contact pour information et envoi des candidatures :
Laëtitia Buisson : [email protected]

Date limite de candidature : 30/11/2021

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