Contexte :
Dans le cadre d’une thèse menée par le Muséum national d’Histoire naturelle à Paris, l’université de Greifswald (Allemagne) et le bureau d’études Naturalia environnement à propos des impacts autoroutiers sur les déplacements de chauves-souris, un stagiaire est recherché afin de finaliser et tester un outil permettant de détecter automatiquement les chauves-souris sur des enregistrements de caméra thermique.

Cette thèse s’intéresse en partie sur l’efficacité des chiroptéroducs. Il s’agit de passages supérieurs spécifiquement créés pour les chauves-souris afin d’assurer leur franchissement au dessus de la route en toute sécurité. Il en existe cinq en France et quatre ont été suivi. Deux méthodes ont été utilisées afin d’évaluer l’efficacité de cette mesure : (i) enregistrements acoustiques pour chauves-souris et (ii) suivis à la caméra thermique (Flir T640bx). Au total, c’est plus de 100 heures d’enregistrements vidéos qui ont été réalisé.

Travail du stagiaire :
Le stagiaire s’appuiera sur un premier travail qui a déjà été réalisé par un stagiaire ingénieur en bio-informatique tel que le débruitage, la détection des objets en mouvement, la soustraction de fond, la détection des contours, le calcul du centre de masse, la constitution des trajectoires, le calcul de distance entre objets sur des vidéos en format MPEG4. Ce travail a permis d’exporter en format CSV, la localisation en X et Y la position de toutes les trajectoires présentes sur la vidéo (chauves-souris, oiseaux, insectes, véhicules…).
Le travail réside donc à manipuler sous R ces données afin d’isoler les trajectoires de chauves-souris du reste des trajectoires et d’en déterminer les types de comportements (transit, chasse, transit/chasse, demi-tour…). Différents algorithmes de sélection et de classification seront testés via la visualisation d’échantillons des vidéos.

Le stagiaire sera encadré par Yves Bas (post-doc) et Fabien Claireau (doctorant).

Le profil recherché du stagiaire est :
– niveau master (de préférence en écologie)
– s’intéressant à l’analyse de données
– maîtrisant les bases du logiciel R (manipulation de données)
– autonomie
– notions en langage Python appréciées

Rémunération : respect de la législation en vigueur

Lieu du stage : Nantes (44)

Date de stage : stage de 3 à 6 mois (flexible sur la date de début)

Les candidatures (CV et LM au format pdf) sont à envoyer à :
– Fabien Claireau ([email protected])

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].