L’introduction de poissons dans les lacs d’altitude (initialement apiscicoles) est susceptible d’avoir d’importants effets directs et indirects sur la structure des réseaux trophiques et l’état écologique de ces écosystèmes. Toutefois, il n’existe pas à l’heure actuelle de connaissances généralisables concernant les réponses de ces lacs à l’introduction des différentes espèces de Salmonidae. Le projet SALMOPALEO propose d’évaluer l’effet de l’introduction de Salmonidae sur le statut écologique et la biodiversité des lacs alpins par le biais d’une approche paléolimnologique multi-proxy (plage temporelle considérée ~ 200 ans). Un premier volet de la thèse consistera à finaliser certains outils moléculaires complémentaires d’autres méthodes paléolimnologiques déjà mises en oeuvre. Ces outils permettront, via l’analyse de l’ADN préservé dans les sédiments, de retracer la présence et les proportions relatives de 6 espèces de Salmonidae. Ils seront ensuite couplés à d’autres biomarqueurs sédimentaires déjà utilisés (i.e. analyse des macro-restes, pigments, diversité et proportion des groupes algaux estimés par qPCR et séquençage) pour produire des reconstitutions des communautés biologiques et des réseaux trophiques lacustres. Les objectifs seront d’une part, de produire une reconstitution de la biodiversité lacustre la plus exhaustive possible, notamment via des techniques de séquençage massif, sur un ensemble restreint de lacs (4 à 5 lacs) présentant des enjeux particuliers en termes de gestion et de conservation. Il s’agira ici d’identifier la sensibilité d’une large variété de groupes d’organismes lacustres à l’introduction de Salmonidae. D’autre part, une approche de reconstitution de « biodiversité allégée » sera déployée en se focalisant sur les principaux groupes fonctionnels des réseaux trophiques (e.g. zooplancton, Chironomidae, grands groupes algaux) mais en considérant un plus grand nombre de lacs d’altitude (~ 30 lacs), afin d’identifier des réponses écologiques typiques, plus largement généralisables, de l’effet des introductions des Salmonidae.
Afin d’éviter l’influence d’effets confondants, les conditions climatiques et les caractéristiques des bassin-versants (e.g. occupation des sols, pression pastorale) seront quantifiées afin de partitionner leurs effets de celui des Salmonidae.
Les acquis de ce projet fourniront des connaissances en écologie fondamentale (forçage descendant de l’introduction de prédateurs apicaux sur des réseaux trophiques complexes) et appliquée (hiérarchisation des forçages locaux /globaux sur la trajectoire écologique des lacs), et trouvera un écho fort auprès des gestionnaires afin d’orienter la gestion piscicole des lacs d’altitude et maintenir leurs services écologiques parfois conflictuels (préservation de la biodiversité, qualité de l’eau, pratiques agropastorales, utilisation récréative).

Contact : Victor Frossard ([email protected])

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