Contexte du stage : Le stage s’inscrit dans le cadre d’une thèse dont le résumé est fourni ci-dessous

Le coralligène est un habitat endémique de la Mer Méditerranée, qui se développe pour de faibles niveaux d’irradiance et dont la base est construite par différentes espèces d’algues rouges calcaires formant une strucutre complexe. Cette structure permet le développement de différentes communautés d’organismes, c’est pourquoi le coralligène constitue un hot spot de biodiversité en Méditerrannée regroupant plus de 1600 espèces. Contrairement à l’herbier de Posidonie il est très peu étudié, et le manque de connaissances sur son fonctionnement écologique constitue une des principales limites à sa protection.

Le but de cette thèse est d’améliorer notre compréhension de son fonctionnement écologique, de sa capacité de résilience en établissant les patterns de biodiversité et de connectivité entre différentes localités et conditions environnementales. Cela permettra de fournir des informations pertinentes pour la mise en place d’Aires Marines Protégées et de méthodes de suivis.
Pour cela, nous allons combiner la génétique des populations et l’écologie des communautés, l’écologie microbienne ainsi que l’océanographie physique sur un ensemble commun d’échantillons prélevés dans des conditions d’environnement connues (29m de profondeur, différentes orientations, différentes pentes, et différentes rugosités). Cette démarche multidisciplinaire se décompose en quatre tâches principales :

1. Etablir la composition taxonomique des algues rouges constructrices.
2. Etablir la composition spécifique des communautés par une approche de meta-barcoding.
3. Déterminer la structure des populations pour deux espèces participantes à la bio-construction : une algue rouge Lithophyllum spp. et un bryozoaires Myriapora truncata.
4. Synthèse et comparaison : proposer de nouveaux indicateurs du bon état écologique des habitats coralligènes

Tâches proposées :

– Extraction d’ADN et PCR sur un bryozoaire (M.truncata) à l’aide de kit d’extractiion et utilisation d’un robot.
– Conditionnement puis extraction d’ADN d’échantillons de « sol marin » en vue d’analyse de meta barcoding ultérieures.

NB : Selon la motiviation et la disponibilité du candidat les tâches proposées sont suceptibiles de varier.
Stage non rémunéré

Contacts :

CHENUIL Anne : [email protected]
DE JODE Aurélien : [email protected]

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