Nous proposons un stage pour un étudiant de master sur la génétique de la conservation de populations de Noronhia de Madagascar. L’étudiant devra essentiellement compléter et analyser des données de type microsatellites et/ou RAD-Seq. Le travail se focalisera sur une espèce des plateaux (N. lowryi) mais pourrait être élargi sur d’autres espèces.

Description : La conservation des espèces requiert d’identifier les taxons et leur diversité génétique (incluant leur ploïdie). Noronhia est un groupe hautement diversifié à Madagascar (et les archipels voisins), avec 87 espèces décrites, en particulier dans le Nord de l’île (Perrier de la Bâthie 1952; Hong-Wa 2016). Ce groupe a une origine relativement récente, puisque la lignée a migré à Madagascar depuis l’Afrique vers la fin de l’Oligocène (Hong-Wa & Besnard 2013), avant de se diversifier dans différents types de milieux depuis les forêts côtières humides ou sèches jusqu’aux savanes des hauts plateaux (Hong-Wa & Besnard 2014; Hong-Wa 2016). Une grande partie des espèces de Noronhia (>50%) ont une aire de répartition restreinte à quelques localités (micro-endémiques), et de ce fait sont fortement menacées par les changements globaux (Hong-Wa 2016). Dans le cadre d’un projet EraNet-Biodiversa (INFRAGECO), l’impact de la fragmentation de l’habitat sur la dynamique des populations de différentes espèces sera étudié afin de définir des stratégies optimales de gestion de la biodiversité. Ici, l’étude se focalisera sur la seule espèce de Noronhia de milieux ouverts que l’on trouve sur les hauts plateaux quartzites (N. lowryi; taxon considéré comme hautement menacé « EN »; Hong-Wa 2016). Dans ces milieux, le feu est un élément, a priori en partie naturel (Vorontsova et al. 2016), qui impacte fortement la croissance des plantes arbustives. Une stratégie de type « géophyte » peut permettre de survivre dans ce type de milieu (Bond 2016) avec une possibilité de croissance clonale (multiples rejets d’une même souche). On caractérisera la diversité génétique des populations de N. lowryi et on tentera de tester l’importance de la croissance clonale tout en vérifiant la ploïdie du taxon (e.g. Baali-Cherif & Besnard 2005; Besnard et al. 2008). Environ 80-90 pieds ont été collectés sur quatre sites sur les massifs de l’Itremo et de l’Ibity (au Sud-ouest d’Antsirabe). Des marqueurs microsatellites nucléaires et chloroplastiques ont été développés pour, d’une part, permettre l’identification de génotypes (pour tester la présence d’éventuels clones), et d’autre part, mesurer la différentiation génétique (et patrons d’isolement par la distance) entre populations sur des marqueurs transmis par les 2 parents ou que par la mère. Par ailleurs, ces marqueurs sont transférables sur toutes les espèces de Noronhia, et devraient permettre des études comparatives avec des espèces forestières (et l’identification de taxons polyploïdes). Nos résultats sur N. lowryi permettront déjà de mieux comprendre la dynamique de ses populations et de proposer des stratégies appropriées de gestion (dans les programmes de conservation et de restauration déjà en cours sur les massifs de l’Itremo et de l’Ibity) en accord avec les objectifs de l’EraNet. Pour la suite de ce projet, nous souhaitons étudier la démographie passée de plusieurs espèces diploïdes (en cours d’échantillonnage) du Nord de Madagascar en s’appuyant sur des données de type RAD-Seq. En 2018, nous souhaitons présenter un candidat à notre école doctorale pour le financement d’une thèse.

Références:
Baali-Cherif D, Besnard G (2005) Ann. Bot. 96, 823-830;
Besnard G et al. (2008) Ann. Bot. 101, 25-30;
Bond WJ (2016) Science 351, 120-122;
Hong-Wa C (2016) Boissiera 70, Conservatoire et Jardin Botanique, Genève, Switzerland;
Hong-Wa C, Besnard G (2013) Mol. Phylogenet. Evol. 67, 367-378;
Hong-Wa C, Besnard G (2014) Bot. J. Linn. Soc. 174, 141-161;
Perrier de la Bâthie H (1952) Oléacées (Oleaceae). In: Humbert (Ed.), Flore de Madagascar et des Comores, 166ème famille, Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris;
Vorontsova MS et al. (2016) Proc. Roy. Soc. Lond. Ser. B 283, 2015226.

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