Stage Master 2 : Impact du calcul dynamique des spécialisations à l’habitat sur les calculs d’indicateurs de tendance des communautés d’oiseaux communs

Unité et équipe d’accueil : UMR7204, Equipe Vigie-Nature

Localisation : Centre d’Écologie et des Sciences de la Conservation (UMR 7204)
Muséum national d’Histoire naturelle
CP 135 – 43 rue Buffon – 75005 Paris
Encadrant principal : Benoît Fontaine – [email protected]
Encadrant supplémentaire : Romain Lorrillière – [email protected]

1) problématique
Le programme STOC-eps est le plus ancien observatoire de Vigie-Nature. Lancé en 1989, il repose sur la participation d’observateurs volontaires, ornithologues confirmés, qui collectent chaque année des données d’abondance d’oiseaux communs selon un protocole et un effort d’échantillonnage standardisés. Les données collectées permettent de calculer chaque année des indicateurs de tendance temporelle des espèces, indispensables aux évaluations de leur statut de conservation, ainsi que des indicateurs agrégés, et en particulier les indicateurs basés sur les spécialisations à l’habitat des oiseaux communs.
Ces indicateurs revêtent une importance particulière pour communiquer sur la crise de la biodiversité, puisque c’est eux qui permettent d’affirmer, par exemple, que les oiseaux communs spécialistes des milieux agricoles ont décliné de près de 30% en 30 ans. Les espèces incluses dans les groupes de spécialistes d’un habitat (espèces spécialistes des milieux agricoles, forestiers, urbains, espèces généralistes) le sont à dire d’expert. Il serait intéressant d’utiliser les données du STOC pour se passer du dire d’expert et attribuer les espèces à tel ou tel groupe en fonction de leur fréquence dans les différents habitats, telle que mesurée sur le terrain lors des sessions STOC. Cela permettrait notamment de mesurer non plus les tendances d’un groupe figé d’espèces, mais d’une communauté, éventuellement mouvante année après année, qui intégrerait uniquement les espèces dont la dépendance à un habitat est mesurée.
Il s’agira donc de concevoir une méthode de calcul de la dépendance aux habitats des espèces à partir des données du STOC, puis de mesurer l’impact de cette nouvelle définition des classes de spécialisation sur les résultats des tendances nationales.

2) méthode
Le travail sera réalisé en plusieurs étapes. Tout d’abord il s’agira, à partir des données d’abondance des espèces dans les différents habitats décrits par les observateurs, de proposer une méthodologie de calcul de la prévalence des espèces dans les habitats principaux (agricole, urbain, forestier, aquatique) ainsi qu’une méthode permettant de définir une espèce généraliste. Cette étape s’appuiera sur l’expertise du laboratoire, sur les travaux préliminaires réalisés sur le sujet ainsi que sur une recherche bibliographique.
Ensuite, une étude des variations annuelles de ces prévalences permettra de documenter des changements dans le temps des degrés de spécialisation.
Il s’agira enfin d’effectuer une analyse statistique de l’effet de l’ajout des spécialisations mesurées sur les tendances des groupes de spécialistes, avec différents seuils de spécialisation, au moyen de modèles statistiques multivariés mixtes.

Les données de présence dans les différentes classes d’habitat sont disponibles dans la base de données postgres du STOC-EPS

3) faisabilité
Les données du STOC sont disponibles, et les scripts de calculs de tendance sont utilisés en routine. L’étudiant disposera donc de tous les éléments nécessaires pour tester l’impact de l’intégration des données de répartition sur les sorties des modèles.

Compétences particulières requises :
Ce stage est centré sur de la méthodologie et de l’analyse de grandes bases de données. Il requiert un stagiaire déjà efficient en manipulation de données spatiales appliquées à l’écologie.
– Compétences et intérêt pour la manipulation de données et les analyses de données;
– Maitrise de R, postgres, postgis ;
– Connaissances ou intérêt pour l’ornithologie et les réseaux naturalistes ;

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

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