Contexte & sujet du stage :
L’huître creuse, Crassostrea gigas, assure sa croissance principalement en consommant certaines espèces de phytoplancton présentes naturellement dans les assemblages qui se développent successivement au sein des écosystèmes littoraux. Parmi ces espèces, certaines peuvent contribuer de manière plus ou moins importante à la croissance et d’autres peuvent avoir des effets nuisibles voire toxiques, sans que la cause ne soit toujours bien connue (Boglino, 2008 ; Bourlès et al., 2009 ; Alunno-Bruscia et al., 2011 ; Thomas et al. 2016). Par ailleurs, le compartiment phytoplanctonique présente des évolutions à long terme, sous l’effet du changement climatique, qui sont aujourd’hui documentées avec notamment une augmentation de la proportion des dinoflagellés au détriment des diatomées (e.g. David et al., 2012 ; Hernández-Fariñas et al., 2014 ; Brito et al., 2015). D’autres évolutions sont observées, spécifiques des écosystèmes. Elles entraînent des effets sur les fonctions physiologiques des mollusques filtreurs qui commencent également à être étudiés : modifications de l’activité de filtration (Hardenbicker et al., 2015), retards de ponte (David et al., soumis) par exemple.
Depuis de nombreuses années, l’Ifremer opère deux types de réseaux qui suivent pour le premier l’abondance et la composition spécifique du microphytoplancton dans les écosystèmes littoraux français, le REPHY (Réseau d’Observation et de Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie dans les eaux littorales ; http://envlit.ifremer.fr/surveillance/phytoplancton_phycotoxines), et pour le second la croissance et la reproduction de l’huître creuse dans les principaux secteurs d’élevage français, RESCO et VELYGER (Réseau d’Observations Conchylicoles ; http://wwz.ifremer.fr/observatoire_conchylicole/ ; http://wwz.ifremer.fr/velyger/). A l’heure actuelle, l’analyse croisée des informations issues de ces deux types de réseaux utilise uniquement les grands paramètres de biomasse phytoplanctonique (abondance de la flore totale et biomasse chlorophyllienne, e.g. Pouvreau et al., 2016) et aucune analyse n’a été conduite en utilisant les compositions spécifiques.
Dans ce contexte, les objectifs du stage sont de relier les patterns de croissance ostréicole observés au sein du réseau d’observations conchylicoles avec la présence de certaines espèces de microphytoplancton sur l’ensemble des sites (6-8) et des années disponibles (2009-2017). Pour cela, des analyses statistiques (e.g. tendance, multivariées) seront appliquées à la base de données ainsi constituée. Une revue bibliographique orientera et complètera cette approche de façon à aboutir, in fine, à l’identification d’espèces phytoplanctoniques clés pour la croissance de l’huître sur les côtes françaises. Dans un second temps, ces espèces seront caractérisées (taxon, morphologie, taille, comportement, qualité) afin de fournir des premiers éléments de compréhension.

Le plan de travail comprend les étapes suivantes :
– Constitution de la base de données croissance – abondances phytoplanctoniques par espèce la plus complète (sites x années). L’ensemble des données sont bancarisées dans l’application Quadrige 2 (facilement extractibles) ou stockées sous forme de tableurs Excel.
– Conduite de plusieurs types d’analyses statistiques de cette base sous R.
– Synthèse bibliographique sur les espèces de phytoplancton clés pour la croissance de l’huître et leurs caractéristiques.

Ce travail s’inscrit dans l’action ECOSCOPA, pilotée par l’Ifremer et qui a pour objectif de produire des descripteurs pertinents du cycle de vie de l’huître creuse tout en assurant la pérennité des séries temporelles de référence acquises depuis plusieurs années (Fleury et al., 2016).

Compétences recherchées :
Programmation R
Goût pour les statistiques
Capacités de synthèse et de rédaction

Contacts :
Aline Gangnery
Tél. : 02 31 51 56 19
[email protected]
Stéphane Pouvreau
Tél. : 02 98 89 29 43
[email protected]

Références citées :
Alunno-Bruscia, M., Bourlès, Y., Maurer, D., Robert, S., Mazurié, J., Gangnery, A., Goulletquer, P., Pouvreau, S. A single bionergetics growth and reproduction model for the oyster Crassostrea gigas in six Atlantic ecosystems. Journal of Sea Research, 66: 340-348.
Boglino, A. 2008. Les espèces phytoplanctoniques majeures des côtes atlantiques françaises sont-elles équivalentes pour l’ingestion et la croissance de l’huître creuse (Crassostrea gigas) ? Réponse par le biais d’une approche expérimentale. Rapport de stage de Master 2 Sciences de l’Univers Environnement Ecologie.
Bourlès, Y., Alunno-Bruscia, M., Pouvreau, S., Tollu, G., Leguay, D., Arnaud, C., Goulletquer, P., Jooijman, S.A.L.M. 2009. Modelling growth and reproduction of the Pacific oyster Crassostrea gigas: Advances in the oyster-DEB model through application to a coastal pond. Journal of Sea Research, 62: 62-71.
Brito, A.C., Moita, T., Gameiro, C., Silva, T., Anselmo, T., Brotas, V. 2015. Changes on the phytoplankton composition in a temperate estuarine system (1960 to 2010). Estuaries and Coast, 38: 1678-1691.
David, V., Ryckaert, M., Karpytchev, M., Bacher, C., Arnaudeau, V., Vidal, N., Maurer, D., Niquil, N. 2012. Spatial and long-term changes in the functional and structural phytoplankton communities along the French Atlantic coast. Estuarine Coastal and Shelf Science, 108: 37-51.
David, V., Maurer, D., Neaud-Masson, N., Auby, I., Bernard, I., Cassou, C., Savoye, N., Del Amo, Y., Bachelet, G., Lesur-Irichabeau, G., Péreau, J.-C., Pouvreau S. Oysters facing climate variability : reproduction anomalies caused by food quality alteration. Soumis.
Fleury, E., et coll. 2015. ECOSCOPA Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel 2015. Convention DPMA ‐ IFREMER 14/1211577/F. http://archimer.ifremer.fr/doc/00334/44511/
Hardenbicker, P., Weitere, M., Fink, P., Hillebrand, H. 2015. Effects of temperature on the interaction between phytoplankton communities and benthic filter feeders. Fundamental and Applied Limnology, Archiv für Hydrobiologie, 187: 87-100.
Hernández-Fariñas, T., Soudant, D., Barillé, L., Belin, C., Lefebvre, A., Bacher, C. 2014. Temporal changes in the phytoplankton community along the French coast of the eastern English Channel and the southern Bight of the North Sea. ICES Journal of Marine Science, 71: 821-833.
Pouvreau S. et coll. 2016. Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2015. R.INT.BREST RBE/PFOM/PI 2016-1. http://archimer.ifremer.fr/doc/00334/44533/
Thomas, Y., Pouvreau, S., Alunno-Bruscia, M., Barillé, L., Gohin, F., Bryère, P., Gernez, P. 2016. Global change and climate-driven invasion of the Pacific oyster (Crassostrea gigas) along European coasts: a bioenergetics modelling approach. Journal of Biogeography, 43: 568-579.

Stage de Master II, durée = 6 mois.
Indemnités de stage : Rémunération conformément à la grille en vigueur à l’Ifremer.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].