niveau: stage de master 2 (ou équivalent master 2)
durée du stage: 5 mois (printemps 2018)
gratification : 554,40 euros / mois
structure d’accueil : UMR GQE-Le Moulon, Ferme du Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette, France

Titre du stage:
Influence des facteurs socio-économiques et réglementaires sur l’évolution du niveau de diversité génétique en blé tendre en France entre 1980 et 2015

Responsables de stage et adresses:
Isabelle Goldringer, UMR 0320 GQE – Le Moulon, Gif-sur-Yvette
Rémi Perronne, UMR 0874 UREP, Clermont-Ferrand
Juan Fernandez-Manjarres, équipe TESS, UMR 8079 ESE, Orsay
Stéphane Dupas, équipe DEEIT, UMR EGCE, Gif-sur-Yvette

Adresse, téléphone et email:
Isabelle Goldringer
UMR GQE – Le Moulon, INRA, Univ Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, F-91190, Gif-sur-Yvette, France
+33 (0)1 69 33 23 70
[email protected]
Rémi Perronne
UMR 0874 UREP, INRA, Unité de Recherche sur l’Ecosystème Prairial, 5 chemin de Beaulieu, F-63039, Clermont-Ferrand, France
+33 (0)4 43 76 16 23
[email protected]

Introduction et contexte scientifique:
L’intensification de l’agriculture française au cours de la seconde moitié du XXème siècle a conduit à une réduction de la diversité génétique en blé tendre dans plusieurs régions agricoles françaises entre 1980 et 2006 (Perronne et al. 2017). Les variétés cultivées au cours de la période récente sont par ailleurs génétiquement plus proches que les variétés plus anciennes (Perronne & Goldringer en révision). Cette réduction constante de la diversité génétique en blé tendre a été principalement observée dans le nord et le bassin parisien, deux importantes zones de production de blé tendre en France.
De nombreux facteurs ont pu affecter l’évolution de la diversité génétique en blé tendre, parmi lesquels plusieurs facteurs socio-économiques et réglementaires connus pour avoir évolué depuis 35 ans (Perronne et al. 2016). Cependant, jusqu’à présent, aucune étude ne s’est intéressée à l’influence de ces facteurs sur l’évolution du niveau de diversité génétique du blé tendre. Sur la base de ces constats, nous souhaitons étudier l’influence potentielle de trois causes sur la réduction de la diversité génétique en blé tendre dans certaines régions agricoles, à savoir: (1) le processus de sélection variétale, (2) les critères de choix des variétés par les acteurs de la filière et (3) les exemptions au Certificat d’Obtention Végétale .

Synthèse du projet de recherche:
L’objectif de ce projet de recherche est avant tout méthodologique. Il vise à développer, par une approche inter-disciplinaire s’appuyant sur la génétique des populations, les statistiques, l’agrornomie, l’écologie et les sciences sociales, une procédure d’analyse générique de l’influence des règles institutionnelles de gouvernance d’un système semencier sur le niveau de diversité cultivée au sein de ce système.
Nous nous appuierons sur une collaboration entre plusieurs laboratoires de l’IDEEV (GQE – Le Moulon, ESE, EGCE), sur des données déjà disponibles dans le cadre d’un précédent projet financé par le LabEx BASC (ANR-11-LABX-0034) et des données en cours d’acquisition dans le cadre du projet DivWheat financé par l’IDEEV (également financeur de ce stage). Certaines données devront être complétées dans le cadre de ce stage.

Approches méthodologiques:
Nous nous baserons sur une approche statistique largement utilisée en écologie fonctionnelle (dites trait-based null model, voir Perronne et al. 2017b pour une revue) afin de traiter notre question de recherche. Cette approche statistique sera complétée d’analyses déjà réalisées sur une partie du jeu de données suivant la procédure présentée dans Perronne et al. (2017a) afin de caractériser l’évolution de la diversité génétique. Cette approche reposera sur (1) la définition de listes de variétés de référence sur lesquelles pourront être appliquées les procédures de permutation, (2) le calcul d’une ou plusieurs métriques de diversité et (3) l’application d’une procédure de permutation. Lors de cette étape d’analyse, il sera d’abord nécessaire de caractériser finement la filière afin d’adapter la méthode d’analyse aux spécificités du modèle d’étude. Ensuite, l’approche statistique autorisant la définition de différentes listes de référence, métriques de diversité et procédure de permutation, il sera possible de tester différentes hypothèses de travail supposant un rôle plus ou moins important et hiérarchisé (ou non) des différents acteurs potentiellement impliqués dans le choix des variétés par les agriculteurs à échelle départementale. La phase d’analyses nécessitera des connaissances de base en statistique tandis que la phase de caractérisation de la filière et d’interprétation des résultats obtenus sur la base des différents scénarios s’appuiera avant tout sur des connaissances en sciences sociales. Lors de cette dernière phase, des échanges avec des chercheurs en sciences sociales sont prévus.

Principales questions de recherche:
(1) étape préliminaire, décrire l’évolution de la diversité génétique cultivée entre 2007 et 2015 suivant la même procédure que celle appliquée par Perronne et al. (2017a) sur la période 1980-2006.
(2) objectif principal du stage, étudier l’influence relative des listes de références proposées par les différents acteurs de la filière sur l’évolution du niveau de diversité génétique cultivée dans les zones géographiques présentant une réduction constante de cette diversité au cours du temps.

Compétences recherchées:
Ce projet fera appel à des connaissances de base en agronomie et/ou génétique des populations et de solides connaissances en statistique. Il reposera essentiellement sur de l’analyse statistique via le logiciel R. La maîtrise des bases pour l’utilisation du logiciel R est fortement souhaitée. Des connaissances en sciences sociales sont également bienvenues.

Références bibliographiques:
Perronne, R., Hannachi, M., Lemarié, S., Fugeray-Scarbel, A. & Goldringer, I. 2016. L’évolution de la filière blé tendre en France entre 1980 et 2006 : quelle influence sur la diversité cultivée ? Notes et études socio-économiques 41: 83-113.
Perronne, R., Munoz, F., Borgy, B., Reboud, X. & Gaba, S. 2017b. How to design trait-based analyses of community assembly mechanisms: Insights and guidelines from a literature review. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics 25: 29-44
Perronne, R., Makowski, D., Goffaux, R., Montalent, P. & Goldringer, I. 2017. Temporal evolution of varietal, spatial and genetic diversity of bread wheat between 1980 and 2006 strongly depends upon agricultural regions in France. Agriculture, Ecosystems & Environment 236: 12-20
Perronne, R. & Goldringer I. en révision. Using a partitioning procedure based on Rao quadratic entropy index to analyze the temporal evolution of in situ varietal and genetic diversity: the case of bread wheat in France over the period 1981-2006. Theoretical and Applied Genetics

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