Type: Contrat doctoral

Mots clés: Aquaculture, Bio-essais, Domestication, Modélisation de la niche écologique, Phylogéographie

Directeur; co-directeur: Prof. Pascal FONTAINE (PU); Dr. Thomas LECOCQ (MCF)

Unité de Recherche: Unité de Recherche Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (UR AFPA); Equipe Domestication en Aquaculture Continentale (DAC)

Adresse: UR AFPA, Equipe: Domestication en Aquaculture Continentale (DAC), Université de Lorraine, Faculté des Sciences et Technologies, Boulevard des Aiguillettes BP 70239, F-54506 Vandœuvre-lès-Nancy, FRANCE

Description: Voir la description ci-dessous

Date limite de candidature: 15 juin 2016

Début de la thèse : 1 octobre 2016
Durée: 36 mois

Site: https://www.adum.fr/sujetT?id=12337

Un contrat doctorat (trois ans) financé par le gouvernement français (Ministère de l’Education Nationale, de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche) est vacant à l’Université de Lorraine (ULorraine, Vandœuvre-lès-Nancy, France) au sein de l’Unité de Recherche Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (UR AFPA; équipe Domestication en Aquaculture Continentale). Le doctorant travaillera dans le cadre du projet de recherche DomPop financé par l’ULorraine et la Région. Les candidatures doivent inclure (1) une lettre de motivation, (2) un curriculum vitae et (3) les coordonnées de trois personnes de références. Elles doivent être envoyées en un seul pdf à [email protected]

Contact: Pascal Fontaine et Thomas Lecocq, Unité de Recherche Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux, Domestication en Aquaculture Continentale (DAC), Université de Lorraine, Faculté des Sciences et Technologies, Boulevard des Aiguillettes BP 70239, F-54506 Vandœuvre-lès-Nancy, FRANCE, Tel: ++33 3 83 68 55 96, E-mail: [email protected]

Environnement de travail

L’équipe Domestication en Aquaculture Continentale travaille au développement d’une aquaculture durable. Nos travaux visent à favoriser la diversification des productions aquacoles par la domestication de nouvelles espèces. Nous étudions (1) les conséquences de la domestication sur la biologie des poissons et (2) le processus de domestication par une approche générique au niveau interspécifique et intraspécifique. Nous disposons d’équipement de pointe pour l’analyse ADN et d’une nouvelle plateforme expérimentale en aquaculture (Reseau AquaExcel 2015-2020).

Contexte et positionnement du projet DomPop

La promotion d’une aquaculture durable demande, entre-autres, une diversification de la production grâce à la domestication de nouvelles espèces [1]. Cependant, les programmes de domestication actuels considèrent l’espèce comme un tout homogène. Ils négligent ainsi la différenciation géographique intraspécifique. Pourtant, cette différenciation conduit à des spécificités génétiques, phénotypiques et écologiques [3,4] qui font varier l’aptitude à la domestication et l’attrait socio-économique potentiel entre les populations conspécifiques [2]. Afin de pallier à ce manque, nous développons le projet DomPop (« Délimitation d’unités à fort potentiel pour l’aquaculture: vers une Domestication ciblée des Populations sauvages »). Ce projet a pour objectif de comparer le « potentiel de domestication » entre les populations sauvages afin de définir des « unités à fort potentiel pour l’aquaculture (UFPA) » à privilégier en pisciculture. Nous initierons cette nouvelle méthode de délimitation des UFPA chez Rutilus rutilus et Perca fluviatilis. Le projet se déroulera en deux temps. Nous commencerons par développer une approche intégrative basée sur une phylogéographie multi-marqueurs et des modélisations de niche écologique (MNE) afin de délimiter les groupes de populations sauvages différenciées. Puis, nous comparerons le potentiel de domestication entre ces groupes de populations grâce à des expérimentations en conditions contrôlées sur les fonctions de croissance et de reproduction (c.-à-d. taux de croissance [5], taux de survie aux premiers stades de développement [5], contrôle photo-thermique du cycle de reproduction [6]). Nous ambitionnons de délimiter les unités à fort potentiel pour l’aquaculture à l’intérieur des espèces de poissons.

Thèse

Titre de la thèse: Intégration de la différentiation intraspécifique dans les programmes de domestication de poissons par la délimitation des unités à fort potentiel pour l’aquaculture chez Perca fluviatilis.

Mots clés: Aquaculture, Bio-essais, Domestication, Modélisation de la niche écologique, Phylogéographie

Directeur; co-directeur: Prof. Pascal FONTAINE (PU); Dr. Thomas LECOCQ (MCF)

Tâches: Le doctorant réalisera la délimitation des UFPA chez Perca fluviatilis par une approche intégrative basée sur la phylogéographie et des bio-essais. Elle/il assurera les analyses génétiques (de l’extraction d’ADN au séquençage) et de données (ex: networks, SAMOVA, STRUCTURE; [3,7,8]) nécessaires à la partie phylogéographique du projet (+- 12 mois). Elle/il participera aux analyses de MNE [2] (+/- 4 mois). Elle/il assurera les bio-essais sur les fonctions de croissance et de reproduction dans les conditions contrôlées de notre plateforme expérimentale (ex: [5,6]) (~12 mois). Elle/il viendra en soutien de l’échantillonnage des populations sauvages. Toutes les analyses et expérimentations se dérouleront dans notre laboratoire mais des séjours de courte durée dans d’autres institutions françaises et européennes sont à envisager. A la fin de sa thèse, le candidat aura acquis des compétences en analyses génétiques, MNE et expérimentation sur le modèle poisson.

Profile: Nous recherchons une personne titulaire d’un master en zoologie, biologie évolutive, écologie ou disciplines liées au projet DomPop. Une expérience ou un fort intérêt pour l’analyse ADN en laboratoire est requis. Les MNE demandent des connaissances ou la volonté de maîtriser le langage R et les logiciels de SIG (Q-GIS, ArcGis). Le travail expérimental implique également la gestion des stocks de poissons et la participation à la mise au point des protocoles expérimentaux. Le candidat doit (1) être capable de rechercher, lire et comprendre la littérature scientifique y compris en anglais, (2) avoir l’esprit d’équipe et (3) avoir le sens des responsabilités. Elle/il devra développer ses compétences en statistique et en rédaction scientifique en anglais dès le début de son contrat.

Bibliographie
1. Fontaine P, et al. 2009 Cah d’Agriculture 18: 119–124. 2. Lecocq T, et al. 2015 Conserv Lett in press. 3. Lecocq T, et al. 2013 BMC Evol Biol 13: 263. 4. Lecocq T, et al. 2016 Biol Conserv 195: 169–176. 5. Trabelsi A, et al. 2013 Aquac Res 44: 657–666. 6. Wang N, et al. 2010 Rev Aquac 2: 209–222. 7. Nesbø CL, et al. 1999 Mol Ecol 8: 1387–1404. 8. Larmuseau MHD, et al. 2009 J Fish Biol 75: 332–353.

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