Mots clés : écologie évolutive, biologie moléculaire, bioinformatique, génomique

Contexte & objectif : La co-adaptation entre les génomes nucléaire et mitochondrial est un processus clé chez les espèces eucaryotes, intervenant des mécanismes sub-cellulaires jusqu’au processus évolutifs. Elle joue en effet un rôle crucial dans le maintien de l’homéostasie cellulaire, la physiologie, la capacité des organismes à répondre aux changements environnementaux, et selon certaines études, dans la spéciation. Dans une population de gastéropode d’eau douce Physa acuta, nous avons récemment découvert l’existence d’un génome mitochondrial très divergent (bien au-delà des niveaux classiquement attendus) du génome mitochondrial « classique » sans modification apparente du génome nucléaire. Cette découverte est en contradiction avec la théorie de co-adaptation mitonucléaire mais ouvre de nombreuses perspectives pour explorer les mécanismes et les conséquences de cette co-adaptation. L’objectif du stage est de déterminer si ce génome mitochondrial divergent existe dans d’autres populations de P. acuta, si oui, à quelle fréquence ? et existe-t-il différents haplotypes ?

Contenu du stage : Le stage consistera à analyser en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR, lectures) les gènes mitochondriaux (16S, CO1) d’échantillons issues de différentes populations de la vallée du Rhône. Le stagiaire pourra également participer aux échantillonnages de terrain si nécessaire. Il sera également possible de travailler sur des données de séquençage afin de rechercher la présence éventuelle de différents haplotypes mitochondriaux (alignement et comparaison de séquences) et reconstruire leur histoire évolutive (arbres phylogénétiques).

Profil recherché : intérêt particulier pour la biologie moléculaire (extraction ADN, PCR) et l’analyse de données génomiques (phylogénie, bioinformatique).

Encadrants : Cyril Dégletagne – Emilien Luquet – Sandrine Plénet
UMR CNRS 5023 – Université Lyon 1
04 72 43 28 93
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