Bonjour,

Nous recherchons un stagiaire de M2 (ou équivalent) pour travailler sur le thème « Analyse de la sectorisation et de la saisonnalité des contacts intra-spécifiques chez le bouquetin du Bargy » Ce stage aurait pour objectif l’analyse des interactions dynamiques entre bouquetins du massif du Bargy à l’aide de données GPS collectées sur cette espèce. Des détails sur ce stage sont donnés ci-dessous:

**** Problématique de brucellose du bouquetin du Bargy en 2016

La présence d’un foyer sauvage de brucellose à B. melitensis biovar 3 a été confirmée en 2012 chez les bouquetins du massif du Bargy suite à la découverte d’un foyer humain puis bovin (Hars et al. 2015). Trois années de suivi GPS et programme de surveillance de cette population (2013-2016) ont permis de mettre en évidence une forte sectorisation de la séroprévalence, supposée représentative du risque d’exposition à la brucellose. Cette structure en secteur correspond à la présence de sous-groupes de femelles relativement étanches (Marchand et al. in prep.). Les secteurs les plus touchés sont aussi ceux qui ont été historiquement touchés par le piétain dans les années 1990 (D. Gauthier Com. Pers.) et présentant actuellement la plus forte séroprévalence vis-à-vis de Mycoplasma agalactiae (Gilot-Fromont in prep.). Cette structure spatiale du risque suggère des différences de patrons de contact entre ces cinq secteurs pouvant influencer la transmission de maladies contagieuses, et notamment de la brucellose, au sein de sous-groupes de femelles et jeunes bouquetins. Afin de confirmer cette hypothèse, nous proposons une analyse des interactions dynamiques entre bouquetins équipés de GPS dans chaque secteur, en estimant la durée du contact entre animaux à l’aide d’une méthode similaire à la méthode des ponts brownien biaisés de Benhamou et al. (2011), modifiée de façon à permettre l’étude de ces interactions (e.g. cf. Sollier 2014). Cette analyse des interactions dynamiques tiendra également compte de la composition en âge/sexe des cinq secteurs de bouquetins (observés sur le terrain lors de comptages, Petit et Toigo in prep.), et servira de base pour proposer une hiérarchisation des voies de transmission (classement des périodes, secteurs et groupes d’animaux les plus à risque).

***** Objectifs du stage de master

Modélisation des trajets (GPS) des bouquetins équipés de GPS et estimation des durées de « contacts » entre paires d’individus dans le but d’analyser la variation des contacts intra-spécifiques chez le bouquetin entre secteurs et périodes
Proposer une hiérarchisation des voies de transmission

***** Organisation du stage

– Revue bibliographique sur voies de transmission et durée de survie des brucella en milieu extérieur
– Consolidation du jeu de données GPS
– Apprentissage et développement des outils statistiques
– Analyse des données GPS
– Discussion des résultats d’analyse en lien avec variation de composition des groupes
– Proposer une hiérarchie des voies de transmission
– Rédaction du rapport de stage et préparation soutenance

***** Cadre administratif du stage

– Financement du stage : ONCFS, DRE, unité sanitaire de la faune
– Encadrant principal ONCFS : Clément Calenge
– Pilotage scientifique : Sophie Rossi (ONCFS), Carole Toigo(ONCFS), Pascal Marchand (ONCFS), Anne Thébault (Anses), Emmanuelle Gilot-Fromont (LBBE)
– Durée du stage : 6 mois
– Périodes de stage : flexible ; le début du stage peut être fixé à n’importe quelle date entre le 15 septembre 2016 et le premier février 2017
– Lieu de stage : ONCFS, St Benoist, 78610 Le Perray-en-Yvelines
– Déplacements ponctuels : à préciser. Indemnité de stage et indemnités kilométriques pris en charge
– Logement : possibilité d’hébergement à St Benoist.
– Niveau de stage : master 2 ou équivalent
– Pièces à fournir : CV, lettre de motivation
– Contacts :
[email protected]
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