Contexte général:

Le projet Comodo s’intéresse aux traits d’interactions qui contrôlent la structure de deux réseaux trophiques parallèles en milieu prairial: le réseau plante-herbivore, qui exerce un fort contrôle sur la production primaire, et le réseau litières – détritivores, qui contrôle la décomposition, les cycles des nutriments et donc la fertilité des sols. Il est donc basé su la connaissance des régimes trophiques des organismes consommateurs (herbivores et détritivores), et sur la mesure des traits d’interaction qui relient ces organismes à leurs ressources.
Dans ce cadre, l’évaluation du régime alimentaire de Criquets est en cours d’analyse sur des individus récoltés sur notre site expérimental du Larzac, grâce à des techniques de metabarcoding sur les déjections de ces organismes. L’objectif est de lister les espèces de plantes consommées vertes par ces organismes. Le même type de mesure sera réalisé avec des organismes du sol se nourrissant de litières.

Sujet de stage :
Afin d’affiner les résultats obtenus pour les orthoptères via le metabarcoding, une collection de séquences génétiques des plantes présentes sur le site est nécessaire. Ainsi, les séquences identifiées dans les crottes des animaux seront comparées avec les séquences de cette collection de référence. Plus de 100 espèces végétales ont donc été échantillonnées. Le stagiaire aura comme objectif d’établir la collection de référence (essentiellement extraction ADN et PCR)) et de contribuer à l’analyse des données de métabarcoding sur les crottes à partir de cette collection.

Pour candidater, envoyer CV et lettre de motivation à:
[email protected] ; [email protected]

Localisation du stage : CEFE Montpellier
Durée : 8 à 10 semaines ; Début : à discuter avec le (la) candidat(e) selon disponibilité
Cadre: Projet Ec2Co Comodo (COnnecter les MOndes verts et bruns: Ecologie trophique des Détritivores et des phytOphages en prairie permanente)
Encadrement Sylvain Coq, Johanne Nahmani, avec une forte part de l’activité au sein de la plateforme « Service de Marqueurs Génétiques pour l’Ecologie » du CEFE.
Stage avec gratifications
Compétences souhaitées : Extraction ADN, PCR

Mots clés :
DNA-metabarcoding, Collection de référence, Réseaux trophiques, traits d’interaction, herbivores, Régime alimentaire.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].