Dans le cadre d’une collaboration entre le CIRAD (La Réunion et Montpellier) et le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN Paris), nous recherchons un(e) candidat(e) compétent(e) et motivé(e) pour effectuer une thèse sur le sujet suivante : Apport de l’ADN ancien dans l’étude de l’émergence et de l’évolution des bactéries pathogènes des cultures.

Afin de mieux contrôler les maladies actuelles des cultures et prévenir les épidémies futures, il est indispensable de comprendre les facteurs contrôlant l’émergence, l’adaptation et la diffusion des agents pathogènes. Dans ce contexte, de récents progrès dans les technologies de séquençage permettent désormais de reconstruire les génomes historiques de microorganismes datant des siècles passés. L’originalité de ce projet de thèse réside dans l’application des concepts novateurs de la paléogénomique aux échantillons de plantes issus de collections d’herbiers dans le but de reconstruire l’origine géographique ainsi que les voies de propagation de plusieurs bactéries pathogènes des cultures. L’étudiant(e) aura accès à une collection de plantes symptomatiques récoltées dans une dizaine d’herbiers internationaux et pourra compléter cette collection lors de plusieurs missions. Tout en ciblant une question scientifique précise, ce projet associe différentes disciplines (biologie moléculaire et évolutive, bioinformatique et génomique des populations), et représente en ce sens une formation complète et diversifiée. Les recherches allieront expérimentations au laboratoire (extraction et séquençage d’ADN bactériens anciens via des approches moléculaires innovantes), utilisation d’outils bioinformatiques (analyse de données NGS) et analyses de type génétique des populations (inférences phylogénétiques, génomique comparative…).

Cette thèse débutera entre septembre et décembre 2018 et sera financée via un projet ANR, qui pourra être complémentée par une demi-bourse de l’école doctorale du MNHN. L‘étudiant(e) rejoindra l’équipe « génomique et épidémiologie des agents pathogènes émergents » de l’UMR PVBMT localisée au sein du Pôle de protection des plantes (3P) à Saint-Pierre de la Réunion (https://umr-pvbmt.cirad.fr). Ce projet sera réalisé en proche collaboration avec l’UMR IPME/BGPI à Montpellier et l’UMR ISyEB à Paris. Des échanges/interactions fréquentes avec ces laboratoires ainsi que des missions de courtes/moyennes durées seront effectués.

En plus de qualités telles l’enthousiasme, la curiosité et la créativité scientifique, le/la candidat(e) devra montrer de l’intérêt et disposer de compétences en lien avec au moins l’un des 3 axes suivants (1): Extraction d’ADN dégradé et préparation des bibliothèques pour séquençage NGS (biologie moléculaire), (2): Analyse bioinformatique de données NGS, (3): Analyses de type génomique comparative/génétique des populations.

Pour candidater, envoyez CV, lettre de motivation ainsi que le contact d’au moins un référent scientifique à [email protected], [email protected] et [email protected] dès que possible. N’hésitez pas à également nous contacter pour toute autre demande de renseignements. Le sujet ayant été retenu pour le concours de l’Ecole Doctorale du MNHN, nous examinerons en priorité les candidats nous ayant transmis leur intérêt avant le 11 Mai.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Il leur appartient notamment de fournir les éléments pratiques tels que date, lieu, coordonnées de contact, etc. Cela est d'ailleurs précisé sur la page de dépôt des offres. Les modérateurs de SFEcodiff n'ont pas accès à ces informations.

Pout toute autre question, merci de contacter [email protected].