Le contexte scientifique ou technologique:

En Polynésie Française, l’aquaculture de l’huître perlière, P. margaritifera, est dédiée à la production d’une gemme: la perle. La perliculture représente la seconde ressource économique de la Polynésie française après le tourisme. Aujourd’hui, on dénombre 536 producteurs, répartis dans 26 îles et atolls couvrant une surface maritime d’exploitation totale de 7800 hectares. Techniquement, la production de perles de culture est réalisée au travers d’une greffe impliquant 2 individus: une huître donneuse et une huître receveuse. C’est sur l’huître donneuse, sacrifiée, qu’est prélevée une portion du manteau minéralisateur, appelé greffon. Ce dernier est placé dans la gonade d’une huître receveuse, conjointement avec un nucléus sphérique. Les cellules du greffon forment alors la poche perlière minéralisatrice, qui au bout de 15 à 22 mois de culture, produira la perle par dépôts de couches successives d’aragonite autour du nucléus. A la récolte, la qualité de la perle est définit par toute une gamme de caractères incluant: 1) son poids/diamètre, 2) ses défauts de surface (nombre de piqûres), 3) son lustre (mat ou brillant), 4) sa classification commerciale (qualité dit A, B, C, D ou rebut), 5) ses composantes de couleur, foncitude (« dark », « light ») et pigmentation principale et 6) sa forme. La qualité d’une perle est conditionnée par un ensemble très complexe de facteurs intrinsèques (génétiques) et extrinsèques (environnementaux, au sens large). Les premiers résultats sur la sélection génétique familiale pour le caractère « qualité de la perle » montrent l’existence d’un effet famille sur la couleur (Ky et al., 2014a) et sur les variations du dépôt perlier (Blay et al., 2014). D’autres facteurs, tels que l’acte de greffe et de surgreffe (Ky et al., 2015b; Demmer et al., 2015) et la saison au cours de laquelle cette greffe est réalisée constituent aussi des facteurs clefs régulant le succès des greffes (Ky et al., 2014b) ainsi que la forme des perles produites (Ky et al., 2015c). De plus, les variations de la qualité de la perle ont été associées avec l’interaction de facteurs environnementaux, et du génotype (GxE), laissant suggérer une réponse plastique non négligeable impliquée dans le phénotype de la perle (Ky et al., 2015d). Finalement, des travaux récents, à travers l’utilisation de huîtres donneuses de geffon d’origine sauvage (Tayale et al., 2012; Ky et al., 2017) ou issues d’écloserie (Ky et al., 2013 ; 2015a), ont par ailleurs révélé que la donneuse joue une part importante dans le déterminisme du phénotype de la perle.
La sélection génétique de P. margaritifera, en Polynésie Française, n’en est qu’à ses prémices à l’inverse des autres espèces d’huître perlière que sont P. fucata, et P. maxima. La ressource abondante en nacres sauvages dans les lagons de Polynésie (Lemer et al., 2011; Lemer et Planes, 2012), a, indirectement, freiné le développement des écloseries et conjointement la sélection génétique associée à ce mode de propagation artificielle. Toutefois, la diminution de la ressource et la surproduction de perles au détriment de sa qualité, et donc l’impact environnemental associé, ont fait prendre conscience de la nécessité d’une gestion durable des productions perlicoles. L’identification et l’analyse de l’expression des gènes associés à la croissance et la qualité des perles produites (Joubert et al., 2010 ; Joubert 2011), permettent aujourd’hui de disposer d’un panel de gènes cibles de la biominéralisation. Ces outils moléculaires permettent d’apporter les premières indications des processus adaptatifs impliqués dans les interactions biotiques ou abiotiques et de leurs conséquences sur la filière (Joubert et al., 2014) . Si ces approches types « gènes candidats » ont su montrer une base génétique conduisant à la formation de la perle, elles n’ont en revanche pas permis d’apporter une réponse d’un point de vue de la sélection de lignées et du « trade off » potentiel lié.
Le projet de thèse se propose d’apporter des outils pratiques et théoriques pour la sélection génétique de l’huître perlière P. margaritifera, et de son potentiel en tant que donneuse de greffon, en partenariat avec la SCA Regahiga, premier écloseur de Polynésie Française (archipel des Gambier), la DRMM et le CRIOBE (CNRS/ EPHE). Plus spécifiquement, les objectifs de la thèse sont de :
– 1-estimer le niveau de differentiation génétique inter-lots et établir des suivis de parentées intra-lots (pontes multi-parentales), à l’aide de marqueurs SNPs (le panel de SNPs a été sélectionné dans le cadre du projet AmeliGEN). Le génotypage automatisé des lots permettra d’optimiser les croisements pour maintenir un niveau de diversité génétique et de déterminer les valeurs familiales (gestion de la diversité génétique en écloserie)
– 2- poser les bases nécessaires à la mise en place d’un schéma de sélection de l’huître perlière, au sein d’une écloserie de production, au travers de l’analyse comparée du potentiel en greffe de lots d’individus, issus du collectage naturel (sauvages S), de premier (G1) ou second (G2) cycle de sélection. Ces comparaisons permettront d’estimer le progrès génétique réalisé et d’évaluer les composantes non-génétiques impliquées dans la transmission du phénotype « perle », dans le cadre de tests pluri-annuels et bi-localisés. Il s’agira d’évaluer l’importance des interactions génotypes-environnement.
– 3- identifier et étudier l’expression des gènes clefs impliqués dans le potentiel de croissance des huîtres perlières et le phénotype « perle » associé, au travers d’une approche d’analyse du transcriptome (RNA-Seq) des lots d’huîtres perlières.

L’originalité et le caractère innovant des recherches:

L’originalité fondamentale et le caractère innovant résident dans la multidisciplinarité des approches (terrain in situ, génétique, génomique moléculaire) et les retombées qui seront à la fois :
1) fondamentales : avec les études de variabilités génétiques des lots produits, de la transmission des caractères phénotypiques étudiés et des interactions génotypes-environnement (ces études ont une incidence directe sur les schémas de sélection) ;
2) technologiques : dont l’aboutissement final serait le développement d’une puce à ADN spécifiques de la croissance et l’automatisation des analyses de variabilité génétique et de parenté à l’aide d’un jeu de marqueurs SNP ;
3) appliquées: avec la mise en place de schéma de sélection adapté à l’espèce, au travers des estimations du progrès génétique sur le phénotype « perle ».
L’originalité et la force de ce projet de doctorat en sélection génétique sur l’huître perlière P. margaritifera repose également sur la collaboration avec une écloserie privée, dont le partenariat éprouvé (projet MOM RikiGEN) est garant d’un bon déroulement. Les infrastructures de l’écloserie sont les seules à garantir la capacité à produire un matériel génétique de choix.

Directeur de thèse : Chin Long Ky (Ifremer)
Co-directeur de thèse: Serge Planes (CNRS)
encadrant scientifique: Le Luyer Jérémy (Ifremer)

– Laboratoire/ unité et adresse:
Centre Ifremer du pacifique, BP 49, 98719 Taravao Tahiti, Polynésie Française.
SCA Regahiga, BP48, 98755 Rikitea Gambier, Polynésie Française.
Centre de Biologie et d’Ecologie Tropicale et Méditerranéenne

Universite de Perpignan, 52 Av. Paul Alduy – 66860 Perpignan cedex, France

– Cofinancement envisagé/ obtenu:
Salaire: Bourse Ifremer
Fonctionnement: Convention de recherche

– Durée: 1er octobre 2017 – décembre 2020

– Profil de candidature souhaitée:
Le candidat devra être issu d’un Master recherche avec comme spécialités : génétique animale, génétique quantitative, génomique fonctionnelle, biologie moléculaire, biostatistique et bio-informatique, génétique des populations. Une expérience sur les bivalves et en particulier l’huître perlière sera appréciée.

The candidate will be MSc graduate, with good knowledge on: animal genetic, quantitative genetic, functional genomics, molecular biology, biostatistics and bioinformatics, population genetic. An experience on bivalves and in particular pearl oyster will be appreciated.

– Pour postuler:
Adresser les candidatures (lettres de motivations + CV + notes M2) par courriel à: [email protected] et [email protected]

Date limite de dépôt des dossiers: 15 août 2017 (pour une audition des 3 candidats les mieux classés prévue pour la seconde quinzaine d’août).

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].