Contexte :

Pour évaluer avec justesse l’ampleur de la crise d’extinction qui caractérise l’anthropocène, de nombreux observatoires de biodiversité sont mis en œuvre. Ces observatoires, qui reposent sur l’investissement de publics variés (institutions, associations, citoyens…), sont confrontés aux lacunes de l’expertise naturaliste. Les erreurs d’identification, nombreuses et diverses, biaisent l’information disponible et faussent l’évaluation de l’état de conservation que l’on peut en tirer. Ce handicap est particulièrement sévère pour les invertébrés en général et les insectes en particulier. Pour ces organismes, « l’écueil taxonomique » limite les possibilités de suivi à un nombre réduit de taxons et remet en question la pertinence des recherches fondées sur des données d’observatoires.
L’observatoire ScaraB’Obs [https://scarab-obs.fr/] est une initiative de recherche élaborée dans le cadre de la thèse de Camila Leandro (CEFE, 2015-18, dir. P. Jay-Robert). Cet observatoire repose sur la valorisation des données ayant permis l’édition de l’Atlas des Scarabaeoidea Laparosticti de France (Lumaret, 1990). Parmi les Laparosticti, le projet ScaraB’Obs cible spécifiquement les espèces coprophages d’Aphodiidae, Geotrupidae et Scarabaeidae. Aujourd’hui enrichie, avec plus de 45000 observations réparties sur tout le territoire métropolitain, cette base de données a vocation à être régulièrement actualisée grâce à un réseau de partenaires et à un portail internet spécifiquement développé par l’OSU-OREME [https://oreme.org/services/observation/ocoa/observatoire-entomo].
De par leur écologie, les espèces coprophages sont de bons indicateurs du fonctionnement des systèmes agropastoraux. L’étude de ces insectes repose sur des observations ponctuelles et sur des échantillonnages standardisés à l’aide de pièges attractifs. L’information analysée concerne donc à la fois des espèces (environ 160 en France métropolitaine) et, à travers l’abondance relative observée dans les pièges, des peuplements. Les données spatio-temporelles sont aujourd’hui suffisamment nombreuses pour envisager d’utiliser des modèles de niche pour estimer la distribution potentielle des espèces les plus communes[1, 2] et pour évaluer l’état de conservation de certains habitats.
Les espèces de Scarabaeoidea coprophages (bousiers) sont identifiées par l’observation de leur habitus et, pour certaines, par l’examen des pièces génitales. Plusieurs espèces, dont des espèces communes, sont difficiles à différencier. On peut faire l’hypothèse que, dans la base de données des Scarabaeoidea Laparosticti, la fiabilité mais aussi la quantité des informations dépend de la facilité d’identification des espèces. Ce double biais, qui peut dégrader significativement la qualité des estimations produites par les modèles, doit pouvoir être quantifié pour a) appliquer une pondération au calcul des modèles et/ou b) exclure les espèces les plus sujettes à « l’écueil taxonomique » de l’évaluation de l’état de conservation.

Objectif :

Coencadré.e par Camila Leandro et Pierre Jay-Robert, le.a stagiaire aura dans un premier temps pour mission de réaliser un inventaire des peuplements, suivant un protocole standardisé prédéfini dans des zones à forte biodiversité du sud de la France. Le travail de terrain et d’identification sera réalisé en binôme avec les encadrants.
Les espèces collectées feront ensuite l’objet d’une caractérisation morphologique (mesures de formes, typologie d’aspect et de couleurs) pour évaluer a priori les difficultés d’identification. En parallèle, le.a stagiaire organisera un exercice d’identification des taxons auprès d’un public non spécialiste de chercheurs et d’étudiants en utilisant les clés numériques développées pour ScaraB’Obs. L’exercice permettra de quantifier le biais d’identification des différentes espèces.
A partir de cette double évaluation, le.a stagiaire pourra a) proposer une méthodologie d’évaluation de l’état de conservation des peuplements fondée sur les espèces dont l’identification pourra être considérée comme fiable et/ou b) élaborer une démarche de formation à l’identification, basée sur les outils numériques, qui tienne compte du degré de difficulté rencontré et permette de structurer l’apprentissage.

Profil recherché :
– Bac +3 à 5
– Expérience en travail de terrain et en identification d’invertébrés
– Autonomie, force de proposition
– Maîtrise des outils : packages office et R

Conditions :
Période : 4 à 6 mois à compter de mars
Lieu : UMR CEFE, Route de Mende, Montpellier
Encadrement : Camila LEANDRO ([email protected]) et Pierre JAY-ROBERT ([email protected])
Gratification : Stage gratifié au taux légal en vigueur
Adresser CV et lettre de motivation aux encadrants (le nom des fichiers doit comprendre nom et prénom ; ex : michel_dupont_CV.pdf).

[1]Dortel E., Thuiller W., Lobo J.M., Bohbot H., Lumaret J.P., Jay-Robert P. (2013) Potential effects of climate change on the distribution of Scarabaeidae dung beetles in Western Europe. Journal of Insect Conservation, 17 (5), 1059-1070.
[2]Hertzog L., Besnard A., Jay-Robert P. (2014) Field validation shows bias corrected pseudo-absence selection is the best method for predictive species distribution modelling. Diversity and Distributions, 20, 1403-1413.

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