Le transport sédimentaire provenant des bassins versant vers les océans est essentiel pour l’accomplissement des cycles biogéochimiques (Walling et Fang, 2003) et le maintien de la biodiversité (Vitousek et al., 1997). L’équilibre des flux sédimentaires constitue un élément primordial qui permet de préserver une hétérogénéité des habitats et leur fonctionnement écologique. L’augmentation des usages des cours d’eau lié à la croissance des activités anthropiques au cours des dernières décennies a largement perturbé le transit sédimentaire naturel par les rivières. Compte-tenu des perturbations du transport solide et des divers usages du fleuve, il est apparu la nécessité pour les gestionnaires et politiques de « gérer les sédiments » et leur accumulation. Cette gestion passe par une extraction ou une remobilisation des matériaux lors d’évènements ponctuels par dragages ou vidanges de barrages, afin de satisfaire aux besoins de la navigation, de l’exploitation hydro-électrique, de l’entretien des ouvrages (barrages, vannes) voire de la sécurité des populations contre les risques d’inondations. Néanmoins, la multiplication de ces opérations amène les pouvoirs publics à s’interroger sur les effets de telles opérations sur l’écosystème aquatique, et en particulier sur les peuplements piscicoles.
D’une manière générale, la remise en suspension de sédiments fins peut avoir des impacts significatifs sur la faune aquatique pouvant être groupés en 4 catégories (Kemp et al. 2011, Richard et al., 2014) :
• Perturbation des niveaux trophiques inférieurs ;
• Altération de fonctions physiologiques et de la « performance » individuelle ;
• Modification du comportement (entrave à la migration, évitement des zones à forte teneur en MES, perturbation des parades de reproduction) ;
• Altération des habitats (diminution de la survie embryo-larvaire et des juvéniles).
Au cours de ce travail nous nous focaliserons sur l’impact de la remise en suspension de sédiments fins sur la survie, les modifications morphologiques (histologie des branchies) et la physiologie des poissons à travers l’utilisation de biomarqueurs de stress oxydant (TBARS, activité de la Superoxyde dismutase SOD et de la Catalase) et de génotoxicité (test des comètes).
Faisant suite à des travaux réalisés sur une espèce de salmonidé (Oncorhynchus mykiss) et une espèce de Cyprinidé (Rutilus rutilus) ayant permis d’établir les bases d’une collaboration entre différents instituts et de premières valorisations sur la thématique courant 2018. Nous souhaiterions poursuivre le travail en évaluant les effets que pourraient induire l’exposition des poissons à différentes granulométries ou de nature de MES sur les juvéniles de truites.
Pour cela nous utiliserons un dispositif expérimental développé et précédemment utilisé avec succès sur la truite afin de réaliser une exposition longue (4 semaines) de poissons à différentes concentrations de MES suivi d’une phase de dépuration (2 semaines) afin d’évaluer les capacités de résilience des espèces face à ce stress. L’étudiant mènera donc cette expérimentation, participera à l’échantillonnage, réalisera une partie des dosages biochimiques chez nos collaborateurs à l’Université de Lausanne et au LEHNA à Lyon et sera actif par la suite pour la valorisation des résultats.
Ce travail s’inscrit dans un projet de recherche soutenu par Electricité de France (EDF) et la Compagnie Nationale du Rhône (CNR), en partenariat avec l’UMR CARRTEL à Thonon les Bains, l’Université de Lausanne et l’Université de Lyon (LEHNA). Il sera réalisé au sein de l’équipe d’Ecologie et d’Ingénierie des Systèmes Aquatiques (EISA) possédant une expertise en écologie, écophysiologie et écotoxicologie appliquée aux espèces piscicoles en collaboration avec l’UMR CARRTEL possédant les installations expérimentales.

Période du stage et durée :
Le stage doit démarrer en Février-Mars 2018 et pourra se poursuivre jusqu’en Aout suivant l’intérêt de l’étudiant et son souhait de participer activement à la valorisation des résultats.

Description du travail proposé :
– Réalisation de l’exposition des poissons à l’UMR CARRTEL (INRA – USMB) ;
– Suivi de l’expérimentation, réalisation des prélèvements pour dosages et histologie ;
– Analyse des échantillons au laboratoire;
– Analyse des données et interprétation des résultats ;
– Rédaction d’un rapport de stage et valorisation scientifique via un article scientifique et/ou présentation en congrès.

Connaissances et compétences souhaitées :
– Connaissances de la physiologie des vertébrés ;
– Aptitude au travail en laboratoire et/ou dans des installations aquacoles ;
– Autonomie, grande rigueur lors de l’expérimentation, esprit critique, curiosité, qualités relationnelles et rédactionnelles.

Encadrement et contacts :
– Prof. Franck Cattanéo (hepia) – [email protected] – Tél. : (+41) 22 546 68 46,
– Dr Raphael Santos (hepia) – [email protected]
– Mme Jane O’Rourke (hepia) – [email protected]
Le poste de travail sera partagé entre l’Université des Sciences Appliquées de Genève (Haute école du paysage, d’ingénierie et d’architecture – hepia) et l’UMR CARRTEL à Thonon-les-Bains. Il est donc conseillé à l’étudiant d’être mobile, voire d’avoir son propre moyen de transport. Un défraiement de 600 francs suisses mensuel (soit env. 550 euros) est prévu. De plus nous soumettrons une demande de bourse supplémentaire de 420 Francs suisses mensuel tout en ayant la possibilité d’accueillir l’étudiant dans une chambre localisée à l’INRA.

Références :
Kemp, P., D. Sear, A. Collins, P. Naden, and I. Jones. 2011. The impacts of fine sediment on riverine fish. Hydrological Processes 25: 1800-1821.
Richard, A., Guillard, J. & Cattanéo, F. (2014). Impacts des dragages d’entretien du lit du Rhône sur le peuplement piscicole ‐ Synthèse bibliographique et état des lieux dans le Haut‐Rhône, Rapport pour la Compagnie Nationale du Rhône, 90 p.
Vitousek PM, Mooney HA, Lubchenco J, Melillo JM. 1997. Human domination of Earth’s ecosystems. Science 277 494-499.
Walling D. E. & Fang D. 2003. Recent trends in the suspended sediment loads of the world’s rivers. Global and Planetary Change 39: 1211-1126.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].