Responsables scientifiques : Dr. Vaihiti TEANINIURAITEMOANA (Ifremer)
Co-encadrants : Dr. Camille CLERISSI (Criobe), Dr. Denis SAULNIER (Ifremer)
Durée : 6 mois (février-mars à juillet/août)
Localisation : Centre Ifremer du Pacifique (Vairao, Tahiti, Polynésie française)

Contexte scientifique :
Les coraux scléractiniaires sont menacés par le changement global, et particulièrement par les augmentations de température. Ces augmentations thermiques peuvent causer des évènements de blanchissement massif (Miller et al., 2009), qui résultent d’une dissociation de l’interaction entre les coraux et les Symbiodiniaceae. Afin de prédire la façon dont l’holobionte corail répondra aux futures augmentations de température, il est important de comprendre la façon dont cet holobionte répond aux changements actuels. Le changement saisonnier est un excellent modèle de changement thermique subit par les coraux chaque année, car il constitue la plus grande variation thermique dans le milieu naturel. Il a l’avantage également de permettre un suivi des mêmes individus dans un contexte réaliste (naturel, à l’opposé d’expériences en aquarium). C’est dans ce contexte que le projet LabEx pluridisciplinaire (microbiologie, chimie, écologie, bioinformatique) HOPODA vise à étudier la réponse de l’intégralité des acteurs formant l’holobionte corail (hôte, protistes, procaryotes, virus) aux changements environnementaux (changement saisonnier en l’occurrence) ; et ce grâce aux technologies à haut-débit de séquençage (transcriptomique, metabarcoding, métagénomique) et d’analyses des métabolites secondaires (métabolomique). Cette approche intégrative permettra d’observer l’effet du changement environnemental sur la diversité taxonomique et fonctionnelle de l’holobionte, mais aussi sur les interactions qui y siègent.
Inscrit dans ce projet, ce stage se propose d’étudier la réponse transcriptionnelle de l’hôte corail P. acuta face au changement saisonnier en Polynésie française et de mettre en lumière des marqueurs transcriptomiques spécifiques des saisons et associés aux réponses des autres constituants de l’holobionte. Ce stage permettra ainsi de participer à la compréhension des interactions au sein de l’holobionte et leurs dynamiques face au changement de saison (changement thermique).

Objectifs du stage :
i) Traiter les données brutes issues du séquençage (nettoyage, alignement sur génome de référence et annotation fonctionnelle des transcrits) ;
ii) Analyser l’expression différentielle des transcrits afin d’identifier des biomarqueurs transcriptomiques des saisons chez P. acuta ;
iii) Intégrer les réponses au niveau de l’holobionte.

Expertises développées au cours du stage :
– Bioinformatique
– Analyses de biologie moléculaire (extraction ARN, qRT-PCR)
– Valorisation scientifique (article, présentation orale)

Expériences souhaitées :
– Compétence en biostatistique
– Compétences en commande linux
– Capacité d’initiative et de travail en autonomie

Pour candidater, merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation et vos derniers bulletins de notes à : [email protected] avant le 30 novembre 2021.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].