Contexte du stage

Dans un contexte d’accélération de la fragmentation du paysage à l’échelle globale, la conservation de la nature nécessite une meilleure compréhension des mouvements d’animaux et des flux de gènes à travers les paysages.

Les lois Grenelle ont initié la création de schémas régionaux de cohérence écologique (SRCE) dont le but est de mettre en place une politique de gestion de l’environnement à l’échelle de chaque région. Celui de Rhône-Alpes mentionne la nécessité d’améliorer nos connaissances sur la connectivité écologique des domaines skiables.

Dans ce contexte, Irstea (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l’environnement et l’agriculture) a initié un projet d’évaluation de la connectivité des zones humides des domaines skiables en utilisant une méthode basée sur la génétique du paysage avec pour espèce modèle la Grenouille rousse (Rana temporaria). Elle consiste à prélever du matériel génétique (œufs / têtards) en différents endroits de plusieurs domaines skiables afin de déterminer s’il existe des différences génétiques entre ces points de prélèvement. Une différence génétique entre deux points implique l’existence d’une barrière génétique entre eux, donc une faible connectivité.

Un travail de terrain de prélèvement de matériel génétique a été mené en 2016 et 2017. Les échantillons de 2016 ont déjà été analysés mais ceux de 2017 restent à traiter.

Missions

Le/la stagiaire aura pour mission de :
• Effectuer le travail de laboratoire sur les échantillons de 2017 (extraction d’ADN, PCR, analyse de marqueurs moléculaires) en utilisant le protocole éprouvé sur ceux de 2016
• Utiliser un logiciel adapté pour analyser la structure génétique des populations (probablement STRUCTURE)
• Interpréter les résultats : spatialisation des données dans un SIG et détection de barrières écologiques

Informations pratiques

• Le stage est mis en place conjointement par Irstea Grenoble et le CNRS de Montpellier et encadré par un étudiant en thèse
• Travail dans les locaux du Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), laboratoire CNRS de Montpellier
• Rémunération légale (environ 550 € mensuels)
• Début souhaité en janvier 2018
• Durée de 5 à 6 mois

Profil recherché

• Etudiant-e en biologie des populations / écologie / biologie moléculaire ou tout autre domaine en rapport. Niveau master I ou II (ou équivalent type école d’ingénieur) ou césure.
• Connaissances théoriques et/ou pratiques en génétique : extraction d’ADN, PCR, marqueurs moléculaires
• Capacité à travailler proprement en laboratoire (environ la moitié de la durée du stage se fera en labo), encadré puis petit à petit en autonomie
• Intérêt pour travailler dans la recherche
• Rigueur
• Autonomie
• Connaissance minimale en SIG
• Une connaissance de logiciels spécifiques (Genemapper, STRUCTURE, R) est un plus mais pas indispensable
• Compréhension de l’anglais écrit

Pour toute candidature (CV et lettre de motivation demandés) ou demande d’informations, envoyer un message à [email protected]

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