Contexte/Etat de l’art :
L’une des grandes questions écologiques est de comprendre les processus qui gouvernent les assemblages d’espèces à différentes échelles spatiales et temporelles (Schluter et Ricklefs 1993). La composition des communautés dépend à la fois des processus locaux tels que les conditions environnementales locales ou les interactions biotiques entre les espèces (Chase et Leibold 2003), mais aussi des processus régionaux tels que les mécanismes de dispersion ou la composition du pool régional d’espèces (Leibold et al. 2004). Mais ces processus locaux et régionaux varient dans le temps et font, ainsi, varier la composition des communautés, avec un délai de réponse plus ou moins important. Cependant l’approche temporelle est rarement envisagée dans l’étude des communautés végétales aquatiques alors que les processus historiques sont reconnus comme ayant un rôle important sur les assemblages d’espèces (Chase 2003).

A Irstea, de nombreuses données ont été accumulées sur les lacs et plans d’eau du littoral aquitain depuis une trentaine d’années, à la fois sur la composition des communautés de macrophytes, mais aussi sur les conditions environnementales locales. Plus récemment, des données sur l’histoire du paysage des bassins versants ont également complété ces données et ont permis de mieux considérer le rôle de l’histoire des pressions anthropiques sur la diversité des lacs et étangs. Ces données offrent la possibilité de pouvoir étudier l’influence relative à la fois des processus locaux et régionaux avec une approche temporelle et de mesurer si les communautés végétales présentent un éventuel délai de réponse face à ces changements (Tilman et al. 1994, Jackson et Sax 2010).

Références :
Chase, Jonathan M. 2003. « Community assembly: when should history matter? » Oecologia 136 (4):489‑98.
Chase, Jonathan M., et Mathew A. Leibold. 2003. Ecological Niches: Linking Classical and Contemporary Approaches. University of Chicago Press.
Jackson, Stephen T., et Dov F. Sax. 2010. « Balancing biodiversity in a changing environment: extinction debt, immigration credit and species turnover. » Trends in Ecology & Evolution 25 (3): 153 60
Leibold, M. A, M. Holyoak, N. Mouquet, P. Amarasekare, J. M Chase, M. F Hoopes, R. D Holt, et al. 2004. « The metacommunity concept: a framework for multi-scale community ecology. » Ecology Letters 7 (7): 601 13.
Schluter, D., et R. E. Ricklefs. 1993. « Convergence and the regional component of species diversity. » In Species Diversity in Ecological Communities, 230 40. The University of Chicago press.
Tilman, David, Robert M. May, Clarence L. Lehman, et Martin A. Nowak. 1994. « Habitat Destruction and the Extinction Debt. » Nature 371 (6492): 65 66.

Question problématique/Objectif(s) du stage :
Les communautés végétales sont largement utilisées pour évaluer la qualité des milieux afin de répondre non seulement aux directives européennes de la gestion et conservation de qualité des masses d’eau, mais aussi aux différents acteurs du territoire. Comprendre la dynamique temporelle des milieux est donc primordiale car cette connaissance permet de mieux interpréter l’état ponctuel d’un écosystème en évaluant sa tendance et sa dynamique. Les objectifs de ce stage seront de i) mesurer le changement des communautés de macrophytes au cours du temps, ii) quantifier l’importance relative des processus locaux, spatiaux et historiques et iii) mesurer un éventuel délai de réponse des communautés face à ces changements.

Méthodologie/Outils :
Il s’agira dans un premier temps de mesurer les changements de diversité au cours du temps (richesse spécifique, indice de Shannon, beta-diversité temporelle, analyses multivariées) afin d’évaluer la dynamique temporelle des communautés de macrophytes. Puis dans un second temps, de compléter l’information historique sur le paysage des bassins versants des étangs landais de Léon, Turc et Garros. Pour ceci, il s’agira de récupérer les photographies aériennes anciennes disponibles pour certaines dates (1945, 1965, 1985, 2000), de les géoréférencer dans un SIG, et de digitaliser, à partir de ces photos, l’occupation du sol aux différents pas de temps. Enfin, l’importance relative des facteurs locaux, régionaux et historiques sera mesurée par des analyses de variance. Il s’agira pour ce faire de rechercher dans les bases de données les données anciennes sur les conditions environnementales locales (concentration en phosphore, conductivité …).

Les outils utilisés seront donc principalement QGIS et ArcGIS pour la partie cartographie et la digitalisation des fonds bibliographiques, R pour l’analyse des données (analyses multivariées, partition de variance).

Résultats attendus de la part de la/du stagiaire :
Le résultat principal attendu est de compléter les fichiers SIG existants et de mesurer la variation temporelle de diversité des macrophytes. Une étude bibliographique poussée sur le rôle des paysages anciens sur la diversité et en particulier sur la biodiversité aquatique sera également nécessaire, ainsi que sur les indices permettant de mesurer la variation temporelle de la diversité.

Calendrier prévisionnel :
– 4 mois de travail cartographique et bibliographique ;
– 1 mois d’analyses ;
– 1 mois de rédaction.

Date de début du contrat souhaitée :
Février-mars 2018, mais modulable

Durée du stage : 6 mois

Modalités pour candidater :
Envoi du CV et lettre de motivation à [email protected]
avant le 21 décembre 2017

Responsables de l’encadrement du stagiaires:
Co-responsables Irstea (Unité « EABX – Ecosystèmes Aquatiques et changements globaux ») : Aurélien Jamoneau et Vincent Bertrin

Informations complémentaires :
Le stage sera effectué à Cestas (à proximité de Bordeaux).
Possibilité de restauration sur place au tarif préférentiel « stagiaire ».
Le stage sera encadré par une convention entre Irstea et l’organisme de formation du candidat.
Ce stage est doté d’une gratification d’un montant d’environ 500 €/mois selon le temps de présence.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].