MUSEUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE
CESCO/CBNBP

Offre de stage
Analyse des changements globaux à travers l’analyse des données issues du suivi standardisé de la flore de Bourgogne

ETABLISSEMENT : Muséum National d’Histoire Naturelle
SERVICE : CESCO UMR 7204/Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien
LIEU : Paris (75)
SPECIALITE : Biodiversité/Écologie/Evolution
FONCTION : STAGE MASTER 2 BEE

PREAMBULE
Le Centre d’Ecologie et des sciences de la Conservation (CESCO) est un laboratoire de recherche dont l’objectif est de mieux connaitre les relations entre activités humaines / biodiversité. Dans cet objectif, il a acquis une expertise dans la mise en œuvre et la valorisation de suivis à long terme de la biodiversité.

Le Conservatoire botanique national du Bassin parisien (CBNBP) est un service scientifique du Muséum national d’Histoire naturelle. Son agrément porte sur les régions Île-de-France, Centre Val-de-Loire et les parties Bourgogne de Bourgogne-Franche-Comté et Champagne-Ardenne pour Grand-Est. Le siège du Conservatoire ainsi que la délégation Île-de-France se trouvent à Paris, au Jardin des Plantes.

DESCRIPTION DU STAGE
L’ « Observatoire de la Flore de Bourgogne » est un dispositif mis en place en 2006 dans toute la Bourgogne. Les objectifs de l’observatoire sont de mettre en évidence et d’enregistrer les tendances d’évolution de la biodiversité floristique, en particulier de la flore commune, face aux changements globaux et aux pressions qui s’exercent sur les milieux (artificialisation, fragmentation, eutrophisation, …) afin d’évaluer et de suivre l’impact des différentes politiques sectorielles, agricoles, forestières, aménagement du territoire, environnementales (http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ressources/protocoles.jsp).
Pour ce faire, le dispositif a été conçu de la façon la plus robuste possible scientifiquement et statistiquement et prévu pour répondre à des échelles infrarégionales. Le plan d’échantillonnage combine approches systématiques et stratifiées afin d’obtenir une pression d’observation acceptable et une distribution représentative de la diversité de la Bourgogne. Ce sont au total 179 mailles de 2×2 Km (un peu plus de 1200 placettes échantillons) qui se répartissent dans les différentes unités géomorphologiques de Bourgogne et qui sont à réaliser sur un cycle de cinq ans par deux botanistes du CBNBP. Un premier cycle de 5 ans ; de 2009 à 2013, a permis d’implanter et de couvrir tout le dispositif. Le second cycle a débuté en 2016 et s’est achevé en 2020.

Le stage aura pour objectif de poursuivre l’analyse statistique des données récoltées lors des deux périodes, suite à un premier stage en 2021. Il s’agira d’approfondir la description des changements de la diversité floristique dans le temps et l’espace sur le territoire étudié. L’intégration des variables environnementales associées au jeu de données fera partie des objectifs 2021. L’autre piste de recherche sera d’envisager les ponts possibles entre la méthode appliquée en Bourgogne et la méthode Vigie-flore. A l’occasion de ces analyses, la robustesse de l’ensemble du jeu de données (biais observateurs, variabilité saisonnière…) pourra être analysée afin le cas échéant de faire évoluer les méthodes d’échantillonnage.
DEROULEMENT DU STAGE
Le/la stagiaire devra décrire les changements temporels et spatiaux de la diversité floristique en Bourgogne sous la direction de Nathalie Machon (MNHN-CESCO), grâce aux analyses statistiques qu’il/elle mettra en œuvre grâce à l’encadrement des chercheures spécialistes en analyse des grands jeux de données du CESCO (Emmanuelle Porcher), du CBNBP (Jeanne Vallet) et d’une collaboratrice extérieure (Gabrielle Martin) et grâce à l’expertise floristique et la connaissance du territoire bourguignons par les botanistes du CBNBP (Luc Berrod, Olivier Bardet).

– Premier mois : revue bibliographique (problématique générale, choix des variables environnementales ; méthodes d’analyse à mettre en œuvre) et familiarisation avec le jeu de données floristique constitué par le CBNBP ;
– Deuxième, Troisième, quatrième et cinquième mois : réalisation des analyses de données à l’aide du logiciel R, en lien avec la structure du territoire. Des analyses de type multivariées et modèle mixtes sont pressenties mais d’autres types d’approches pourraient être envisagés.
– Cinquième et sixième mois : rédaction du rapport de stage et préparation de la soutenance
COMPETENCES RECHERCHEES
– Fort intérêt pour les questionnements de recherche et l’analyse de données ;
– Connaissances en écologie des communautés et du paysage ;
– Très bonne maîtrise de R ; connaissance des logiciels de SIG appréciée (Qgis) ;
– Un intérêt pour la botanique serait un plus.

Le stage permettra au/à la stagiaire de compléter sa formation en statistique et l’analyse de gros jeux de données. Il/elle sera confrontée aux phénomènes de modification de la biodiversité sous l’action des changements globaux.

MODALITÉS DE RECRUTEMENT
Type de contrat : Stage de 6 mois
Période : à négocier entre le 1 Janvier et le 1 Septembre
Localisation du stage: 61 rue Buffon, 75005 Paris

RESPONSABLES DU STAGE* :
MACHON Nathalie (CESCO) Tél : 01.40.79.38.71 Email : [email protected]
CO-Encadrants :
BERROD Luc (CBNBP) Email : [email protected]
MARTIN Gabrielle Tél : 01.40.79.38.71 Email : [email protected]
VALLET Jeanne (CBNBP) Tél : 0 1.40.79.38.71 Email : [email protected]
PORCHER Emmanuelle (CESCO) Email : [email protected]

PROCEDURE DE RECRUTEMENT :
Votre candidature est à envoyer à :[email protected]
. Ce dossier comprendra :
– un curriculum vitae détaillé et tous les travaux susceptibles d’éclairer le jury,
– une lettre de motivation.
Le recrutement se déroulera sur sélection des candidats par CV suivi d’une audition
Date limite de candidature : 15 décembre 2021
*Références dans le domaine
1. Omar M, Barré K, Al Sayed N, Halwani J, Machon N., 2019 Colonization and extinction dynamics among the plant species at tree bases in Paris (France) Ecology and Evolution
2. Joimel S, Schwartz C, Maurel N, Magnus B, Machon N, Bel J, Cortet J 2019 Contrasting homogenization patterns of plant and collembolan communities in urban vegetable gardens Urban Ecosystems
3. Desaegher, J, Nadot, S, Machon, N, Colas, B. 2019 How does urbanisation affect the reproductive characteristics and ecological affinities of street plant communities? Ecology and Evolution https://doi.org/10.1002/ece3.5539
4. Martin G., Devictor V, Motard E, Machon N, Porcher E 2019 Short-term climate-induced change in French plant communities. Biology letters. https://doi.org/10.1098/rsbl.2019.0280
5. Kondratyeva A, Knapp S, Durka W, Kühn I, Vallet J, Machon N, Martin G, Motard E, Grandcolas P and Pavoine S, 2020 Urbanization Effects on Biodiversity Revealed by a Two-Scale Analysis of Species Functional Uniqueness vs. Redundancy. Front. Ecol. Evol., https://doi.org/10.3389/fevo.2020.00073
6. Vallet J., Daniel H., Beaujouan V., Rozé F. & Pavoine S. 2010. — Using biological traits to assess how urbanization filters plant species of small woodlands. Applied Vegetation Science 13 (4): 412–424. https://doi.org/10.1111/j.1654-109X.2010.01087.x

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