MOTS-CLES : analyse statistique, données accélérométriques, classification supervisée, comportement, Pteropus niger.
DURÉE : 6 mois (début entre janvier à mars 2022)
LIEU : Groupe Chiroptères Océan Indien, 180 chemin de Ligne, 97422 La Saline (La Réunion)
RÉFÉRENTS : Gildas MONNIER (GCOI) et Thomas CORNULIER (Université d’Aberdeen)

CONTEXTE : La Roussette noire – Pteropus niger – espèce endémique des Mascareignes est accusée de détruire les cultures de producteurs de fruits de l’île Maurice. Pour faire face à cela, le gouvernement mauricien a acté plusieurs campagnes d’abattage entre 2015 et 2018, réduisant ainsi la population de Roussettes noire de l’île Maurice d’environ 50 %, soit plus de 50 000 individus abattus. À l’île de La Réunion, cette espèce a disparu à la fin du 18ème siècle probablement en raison de sa surexploitation et de la déforestation. Quelques individus ont été de nouveau observés depuis le début des années 2000. Le suivi régulier effectué par le Groupe Chiroptères Océan Indien depuis 2016 permet de mieux connaître cette population de quelques dizaines d’individus.
Des études préliminaires sur l’écologie alimentaire de l’espèce sont menées depuis 2018. Des Roussettes noires ont été équipées de balises GPS afin d’enregistrer leurs déplacements sur le territoire. Ces balisent, intègrent également des capteurs accélérométriques (similaires à ceux présents dans un smartphone) afin d’obtenir des données inertielles permettant de décrire finement leurs comportements (types de déplacements, alimentation, repos, etc…).
Jusque là, une classification non supervisée des données inertielles a déjà permis un premier niveau de classification des comportements (différents types de déplacements, repos, activité dans les arbres), mais l’absence de données de calibration sur des individus observés reste limitante pour discriminer les comportements plus fins, tels que l’alimentation et autres comportements statiques, qui permettraient de mieux comprendre l’écologie alimentaire de l’espèce (localisation des sites d’alimentation pour déterminer le régime alimentaire).

OBJECTIF : L’objectif de ce stage est (1) de collecter des données de calibration pour la classification des comportements, en observant directement des individus captifs porteurs de capteurs accélérométriques, et (2) de décrire les comportements de la Roussette noire selon une classification supervisée des données afin d’identifier les comportements d’alimentation.

MÉTHODES : La stratégie d’analyse visera d’abord à obtenir des données en captivité de comportements fins, par l’observation directe et la prise de vidéos sur des individus porteurs de balises. Ces données seront d’abord classifiées visuellement en types de comportements d’intérêt, formant ainsi un jeu de données d’entrainement du modèle de classification. Apres la calibration et validation du modèle, celui-ci sera appliqué aux données acquises depuis 2018 dans le cadre de l’étude de cette espèce à La Réunion, afin de comprendre où les animaux se nourrissent par rapport à leur gîte diurne, et la fréquence d’utilisation de différentes essences d’arbres.

DONNÉES : Les données à acquérir pour établir les patterns de référence seront récoltées lors d’une mission soit à l’île Maurice, soit en France métropolitaine, durant le 2ème mois de stage.
Les données à analyser par classification supervisée sont acquises par des balises RadioTag-14 (®MILSAR) déployées sur des individus de Roussette noire à La Réunion depuis 2018 (A l’heure actuelle nous disposons de plus de 13 millions de données sur individus en liberté, correspondant à 625 jours et 7500 heures d’enregistrement).

CADRE DU STAGE : Le stage s’inscrit dans le projet CoCoPniger (Connaissances et Conservation de la Roussette noire – Pteropus niger – à La Réunion) financé par l’Union européenne au travers du FEDER et par la Région Réunion, coordonné par le Groupe Chiroptères Océan Indien. Le/la stagiaire participera aux opérations de capture et d’équipement de nouvelles Roussettes noires, à la récupération des données sur le terrain. Il/elle devra être investi/e dans l’organisation et la mise en œuvre de la session de récolte des données avec observations directes sur des individus en captivité. Le/la candidat/e aura l’opportunité de se familiariser avec le comportement naturel de l’espèce à travers des observation d’individus en activité de nuit, sur le terrain. Une communication des résultats obtenus sera organisée à l’intention des partenaires locaux et régionaux. La rédaction d’une publication scientifique pour une revue internationale est envisageable, selon l’intérêt du candidat.

PROFIL VISÉ : Master 2 ou diplôme de fin d’études d’école d’ingénieur en biostatistiques, modélisation des systèmes écologiques, ou écologie avec une motivation forte pour l’analyse statistique. Une expérience pratique préalable de programmation avec le logiciel R est nécessaire. Une expertise approfondie du langage R n’est pas attendue des candidat(e)s, mais une volonté de fortement développer une expertise en manipulation et analyse de données sous R est indispensable. Le/la candidat/e bénéficiera du travail et des programmes R développés précédemment dans le cadre de ce projet, sur lesquels il/elle pourra s’appuyer pour développer son propre travail. Rigueur, autonomie et expérience des voyages seront appréciées. La pratique régulière d’une activité naturaliste est un plus mais ne constitue pas un élément déterminant. Le/la stagiaire sera amené(e) à effectuer des prospections de terrain et doit être à l’aise en terrain escarpé. Une connaissance sur les Chiroptères et/ou les milieux tropicaux serait un plus. Le/la candidat/e bénéficiera du soutien de l’équipe du GCOI sur le terrain, pour la conduite du stage et pour l’interprétation des données. Il/elle bénéficiera de l’appui d’un écologue statisticien pour l’analyse des données.

CANDIDATURES : Lettre de motivation et CV à envoyer à M. Jean-Charles BOURDEAU, président du GCOI ([email protected]) en précisant l’objet « Stage M2 CoCoPniger ». Merci de bien cibler votre candidature sur l’intérêt que vous portez à ce stage particulier, en étant précis(e) sur votre motivation et vos compétences utiles à ce stage.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

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