Développement d’un modèle individu centré pour décrire les patrons d’utilisation de l’espace par les chiroptères.

Suite à des développements matériels et logiciels récents, les méthodes d’acoustique passive ont dépassé en performance les méthodes d’échantillonnages traditionnels pour de nombreux taxons (Blumstein et al., 2011). C’est particulièrement le cas des chiroptères qui émettent en permanence des ultrasons lors de leurs déplacements (Newson et al., 2015). Des travaux récents se sont attelés à définir des standards de mesure d’activité permettant d’utiliser ces méthodes acoustiques en écologie et en conservation (Stahlschmidt and Bruehl, 2012). Cependant, du fait de déplacements journaliers importants et dépendants des conditions météorologiques, ces mesures d’activité sont particulièrement sur-dispersées, avec pour les espèces les plus rares une occurrence temporelle souvent faible (20-50% des nuits).
Dans ce contexte, les modèles type « site occupancy » ont souvent été sollicités pour estimer l’occurrence de certaines espèces de chiroptères (Weller, 2008). Ces modèles permettent notamment de modéliser la probabilité de détection des espèces sur un ensemble de sites à partir de réplicats temporels pour obtenir des estimations non-biaisés des taux d’occupation spatiaux. Ces modèles ont aussi été parfois utilisé pour prendre en compte un taux de faux positifs important du fait de difficultés d’identification des espèces (Clement et al., 2014). Chez les chiroptères, les histoires de détection sont cependant plus déterminées par des variations d’activité et de déplacement au sein des territoires que de réelles variations de détectabilité. L’écholocation étant un phénomène continu au contraire des vocalisations à caractère territorial ou social, la quasi-totalité des individus disponibles à la détection (= présent dans le volume de détection) sont effectivement détectés. Dans ce contexte l’utilisation de modèle de « site occupancy » peut apparaître comme abusive (non-respect des hypothèses de base du modèle) et l’évaluation du gain de leur utilisation reste à conduire.
L’objectif du stage proposé ici est de construire un modèle individu centré pour décrire au mieux les patrons d’utilisation de l’espace par les chiroptères. Les patrons générés seront alors utilisés pour comparer les différentes méthodes de modélisation des données d’activité (nombre de minutes positives dans une nuit, site occupancy à l’échelle de la nuit, à l’échelle de sous-unités au sein d’une même nuit, etc) afin de déterminer celles qui décrivent au mieux les processus modélisés. Les modèles seront construits sur la base des connaissances de l’utilisation de l’espace par les chiroptères issues de la littérature (suivis individuels par radiotracking notamment) et de dire d’expert.

Profil souhaité : Goût prononcé pour la modélisation théorique et statistique, connaissances en programmation sous R ou Matlab.

Labo d’accueil : UMR5175 CEFE – 1919 Rte de Mende – 34090 MONTPELLIER

En collaboration avec : CESCO – MNHN – 43, rue Buffon – 75005 PARIS

Encadrants : Aurélien Besnard (UMR5175 CEFE) et Yves Bas (UMR 7204 CESCO –MNHN)

Contacts : envoyez CV et lettre de motivation à [email protected] et [email protected]

Rémunération : Gratifications légales en vigueur au moment du stage (actuellement 530 euros/ mois).

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].