Détection de signatures de sélection chez les populations sauvages de Coffea canephora en Afrique tropicale

Responsable de stage : V. Poncet
Tel : 04 67 41 62 51 (V. Poncet)
Mails: [email protected]

Laboratoire d’accueil
UMR DIADE Centre IRD de Montpellier BP 6450134394 Montpellier CEDEX 5
(UMR CEFE en collaboration)

Directeur du Labo : A. Ghesquière
Equipe d’accueil : DYNADIV
http://www.diade-research.fr/pages/equipes-de-recherche/

Résumé :
La distribution spatiale de la diversité génétique des espèces reflète et interagit avec les écosystèmes et les environnements où les espèces sont naturellement distribuées. La connaissance des phénomènes sous-jacents générant cette diversité génétique, et notamment les bases moléculaires des mécanismes impliqués, permettent de comprendre les phénomènes d’adaptation locale d’une espèce.
L’objectif du projet est de détecter des signatures de sélection dans les populations naturelles de C. canephora réparties dans toute l’aire de distribution de l’espèce (du Libéria à l’Ouganda) [1, 2]. L’évolution naturelle des populations, échantillonnées dans des environnements écologiquement contrastés, a pu favoriser des variants adaptés aux conditions climatiques locales, notamment pluviométriques. On peut détecter l’histoire évolutive de l’adaptation au niveau moléculaire en recherchant des signatures de balayage sélectif sur le génome.
Le but du stage sera, dans un premier temps, de caractériser le polymorphisme génétique des individus séquencés par GBS (Genotyping-By-Sequencing) tels que les marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) en utilisant la séquence du génome de référence [3]. Dans un deuxième temps, l’étudiant utilisera des modèles linéaires mixtes pour corréler le polymorphisme génétique aux variables climatiques extraites des couches environnementales WorldClim (disponibles) afin de détecter des locus potentiellement sous sélection climatique. Les modèles utilisés tiendront compte des effets confondants de la détection du signal de sélection comme la structure génétique ou l’apparentement génétique. Les résultats seront confrontés à ceux obtenus par d’autres approches génétiques basées par exemple sur l’identification de locus présentant une valeur extrême en termes de différentiation (« outliers »).
Le stage sera réalisé au laboratoire DIADE de l’IRD de Montpellier (campus Agropolis) et l’étudiant travaillera sous la supervision de V. Poncet (CR1 DIADE) et S. Manel (DE EPHE) en étroite collaboration avec R. Tournebize (doctorant 2ème année) Y. Vigouroux (DR DIADE) et avec le plateau bioinformatique de l’IRD (http://bioinfo.mpl.ird.fr/).

Mots clefs
Génétique du paysage, détection de sélection, système d’information géographique (SIG), forêt tropicale humide, biodiversité génétique, Afrique

Références (de l’équipe)
1. Pegard, M., et al. Genetic Diversity Of Coffea Canephora And Selection Of Genotypes Potentially Resilient To Climatic Changes. in 25th International Conference on Coffee Science Sept. 8-13. 2014. Armenia (Colombia)
2. Gomez, C., et al., Current genetic differentiation of Coffea canephora Pierre ex A. Froehn in the Guineo-Congolian African zone: cumulative impact of ancient climatic changes and recent human activities. BMC Evol Biol, 2009. 9: p. 167.
3. Denoeud, F., et al., The Coffee Genome Provides Insight into the Convergent Evolution of Caffeine Biosynthesis. Science, 2014. 345(6201): p. 1181-1184.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].