Stage M1/L3

Responsables de stage
Stéphanie MANEL
Marco ANDRELLO
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https://sites.google.com/site/marcoandrello/

Tel : 04 67 61 32 35 (S. Manel)
Mails: [email protected]
[email protected]

Laboratoire d’accueil
CEFE, 1919 Route de Mende, Montpellier
http://www.cefe.cnrs.fr/fr/

Résumé
Le stage se situe dans le cadre d’un programme de recherche pluriannuel qui vise à doubler les rendements agricoles des betteraves sucrières (Beta vulgaris subsp. vulgaris) d’ici 2020 à travers des améliorations génétiques. La recherche génétique s’oriente vers les taxa de la section Beta, qui inclut les autres variétés cultivées de betterave (betterave rouge, betterave fourragère et betteraves à feuille) et les variétés et espèces sauvages proches génétiquement des variétés cultivés (B. vulgaris subsp. maritima ; B. vulgaris subsp. adanensis ; B. macrocarpa ; B. patula).

Le projet mené au CEFE par l’équipe de S. Manel a pour objectif de caractériser la diversité génétique neutre et adaptative de la section Beta. Nous disposons de séquences du génome entier (34 individus) et de marqueurs génétiques de type SNP pour 1500 individus distribués sur toute l’aire de distribution de la section. L’objective du stage sera de participer à l’inférence de la diversité génétique de la section Beta à travers l’analyse bio-informatique et statistique de ces données, en collaboration avec les autres chercheurs impliqués dans le projet. Plus spécifiquement, le stagiaire sera impliqué dans les actions suivantes :
-Action principale : Simulations génétiques pour étudier l’influence de la taille de l’échantillon sur le polymorphisme génétique
-Actions secondaires fonction des compétences: réalisation de cartes SIG (rendement, variables climatiques) ou phasage d’haplotypes

Compétences
Génétique des populations
Utilisation des systèmes UNIX/Linux, Bioinformatique
Compétences en statistiques, système informatifs géographiques (SIG) et utilisation de l’environnement R appréciées
Attitude au travail en équipe
Autonomie

Références
Andrello M, Henry K, Devaux P, Desprez B & Manel S (in press) Taxonomic, spatial and adaptive genetic variation of Beta section Beta. Theroetical and applied genetics.
Andrello M. and S. Manel (2015) MetaPopGen: an R package to simulate population genetics in large size metapopulations. Molecular Ecology Ressources. 15: 1153-1162.
Manel S, Holderegger R (2013) Ten years of landscape genetics. Trends in Ecology and Evolution. 28:614-621.

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