Responsables scientifiques: Dr. LE LUYER Jérémy & Dr. KY Chin-Long

Organisme d’accueil: Centre Ifremer du Pacifique, Vairao BP 49, 98179 Taravao, Tahiti, Polynésie française

Durée: Janvier – Juin 2018 (6 mois)

Contexte scientifique : En Polynésie Française, l’aquaculture de l’huître perlière, P. margaritifera, est dédiée à la production d’une gemme: la perle. La perliculture représente la seconde ressource économique du territoire après le tourisme. Aujourd’hui, on dénombre 536 producteurs, répartis dans 26 îles et atolls couvrant une surface maritime d’exploitation totale de 7800 hectares. Techniquement, la production de perles de culture est réalisée au travers d’une greffe impliquant 2 individus: une huître donneuse et une huître receveuse. La qualité d’une perle est conditionnée par un ensemble très complexe de facteurs intrinsèques (génétiques) et extrinsèques (environnementaux, au sens large). On sait aujourd’hui à travers une série de greffes expérimentales et l’analyse de gènes candidats, que l’huître donneuse à un effet majeur sur la qualité de la perle. Si ces approches types « gènes candidats » ont su ainsi montrer une base génétique conduisant à la formation de la perle, elles n’ont en revanche pas permis d’apporter une réponse d’un point de vue global (transcriptome complet) nécessaire à la sélection de lignées potentielles. Avec l’accessibilité grandissante des outils de séquençage haut-débit, type RNA-seq, il est aujourd’hui possible d’établir un lien fonctionnel entre l’expression de l’ensemble des gènes et le phénotype des individus comme celui de la détermination de couleur de la perle.

Objectifs du stage : Le stage vise à évaluer et identifier les gènes clefs impliqués dans l’expression d’un phénotype de coloration de chair chez Pinctada margaritifera: la mutation de chair orange ORA (les individus sauvages S présentant une chair noire). Les huîtres perlières de chair orange, utilisées comme donneuses de greffon lors du processus de greffe, permettent d’obtenir (comme pour celles de chair noire), des perles multicolores, mais dont le niveau de foncitude sera très atténuée et à dominante largement pastel. Les mécanismes moléculaires responsables de l’expression de ce phénotype (chair orange), transmis aux perles de culture (lot pastel) demeurent inconnus chez cette espèce à ce jour.

Etapes:
1) Identifier les marqueurs clefs contrôlant les gènes responsables de la couleur de la chair et des perles pastel correspondantes à l’aide des outils bioinformatiques. Pour cela, un échantillonnage d’individus ORA et S a été conduit en Juin 2017 au niveau : 1) de l’animal entier au stade juvéniles (3 mois) et 2) du manteau minéralisateur de sujets adultes. L’ARN des individus a été extrait et séquencé sur HiSeq 4000 Illumina 150 pb PE;
2) Valider l’expression des gènes identifiés et estimer leurs rôles dans l’expression de la couleur pastel au niveau des poches perlières d’une greffe expérimentale réalisée en décembre 2016 (Gambier) et combinant les 4 combinaisons de greffe ORA x S en tant que donneuse et receveuse.

Expertises développées au cours du stage :
– Développement de compétences en analyse de données du transcriptome (RNA-seq) et en analyses bioinformatiques ;
– Développement de compétences en biologie moléculaire (extraction ARN, qPCR) ;
– Participations aux expérimentations sur le terrain (prélèvements tissulaires, biométrie des huîtres perlières) ;
– Implication dans la thématique de l’unité de recherche en soutien à la filière perlicole.

Expériences souhaitées :
– Expérience en biologie moléculaire ;
– Connaissances en statistique (logiciel R) ;
– Notions en analyses bionformatiques (programmation en bash serait un plus) ;
– Notions de biologie et de physiologie des mollusques ;
– Autonomie, polyvalence, organisation, esprit d’initiative et sens du contact et du travail en équipe.

Pour candidater, merci d’envoyer un CV + une lettre de motivation à : [email protected]

Publications:
1. Ky C-L, et al. (2013) Family effect on cultured pearl quality in black-lipped pearl oyster Pinctada margaritifera and insights for genetic improvement. Aquat Living Resour 26(2):133–145.
2. Blay C, et al. (2014) Influence of nacre deposition rate on cultured pearl grade and colour in the black-lipped pearl oyster Pinctada margaritifera using farmed donor families. Aquac Int 22(2):937–953.
3. Ky C-L, et al. (2017) Macro-geographical differences influenced by family-based expression on cultured pearl grade, shape and colour in the black-lip ‘pearl oyster’ Pinctada margaritifera: a preliminary bi-local case study in French Polynesia. Aquac Res 48(1):270–282.
4. Ky C-L, Okura R, Nakasai S, Devaux D (2016) Quality trait signature at archipelago scale of the cultured pearls produced by the black-lipped pearl oyster (Pinctada margaritifera Var. cumingi) in French Polynesia. J Shellfish Res 35(4):827–835.
5. Tayalé A, et al. (2012) Evidence of donor effect on cultured pearl quality from a duplicated grafting experiment on Pinctada margaritifera using wild donors. Aquat Living Resour 25(3):269–280.
6. Marie B, et al. (2012) Different secretory repertoires control the biomineralization processes of prism and nacre deposition of the pearl oyster shell. Proc Natl Acad Sci 109(51):20986–20991.

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