Stage M2: Diversité fonctionnelle et morphologique du zooplancton marin

Période: Janvier – Juin 2017 (6 mois)
Mot clefs: Océanographie – Ecologie Marine – Diversité fonctionnelle – Biostatistiques

Encadrants:
Jean-Olivier Irisson, Maître de conférences UPMC au LOV [email protected], +33 (0)4 93 76 38 04
Sakina-Dorothée Ayata, Maître de conférences UPMC au LOV [email protected]

Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (LOV) UMR 7093 UPMC/CNRS Observatoire Océanologique de Villefranche (OOV)
181 Chemin du Lazaret, 06230 Villefranche-Sur-Mer, France http://www.lov.obs-vlfr.fr

# Contexte scientifique

La biodiversité englobe l’ensemble des variations du vivant, des gènes aux écosystèmes, et possède plusieurs facettes : selon le type de variations observées on distingue ainsi la diversité taxinomique, fonctionnelle, phylogénétique, ou encore génétique (Naeem et al., 2012). La diversité fonctionnelle est définie comme la composante de la biodiversité qui influence le fonctionnement des écosystèmes (Diaz et Cabido, 2001 ; Petchey et Gaston, 2006 ; Villéger et al., 2008). Plusieurs indices ont été définis ces dernières années pour la quantifier (e.g., Villéger et al., 2008 ; Laliberté et Legendre, 2010). Ces indices permettent ainsi d’estimer la richesse, la régularité, ou encore la divergence fonctionnelle des assemblages d’espèces. Ces méthodes reposent en particulier sur la définition de traits fonctionnels, définis comme des caractéristiques phénotypiques individuelles influençant la valeur sélective des organismes et le fonctionnement des écosystèmes (Violle et al., 2007). Les traits fonctionnels regroupent par exemple la taille, le régime trophique, la stratégie d’acquisition des ressources, les capacités d’évitement des prédateurs, ou le mode de reproduction.

Les données d’imagerie du plancton marin (comme celles issues du ZooScan ; Gorsky et al., 2010) donnent accès à une grande quantité d’information sur la morphologie des organismes planctoniques et les séries à long terme permettent d’étudier la dynamique du plancton marin de l’échelle saisonnière à pluriannuelle. Dans ce contexte, l’objectif de ce stage est d’appliquer des mesures de diversité fonctionnelle aux données d’imagerie du zooplancton afin de décrire la diversité morphologique des communautés planctoniques et de quantifier l’impact des conditions environnementales sur cette diversité.

# Objectifs du stage

Le ou la stagiaire travaillera à partir des données récoltées au point B dans la rade de Villefranche-sur-Mer de 2004 à 2017 au filet WP2 et analysées au Zooscan. A partir des données morphométriques mesurées, il ou elle devra appliquer des méthodes d’analyses multivariées pour décrire la variabilité morphologique des communautés de zooplancton en lien avec les conditions environnementales. Il ou elle appliquera également à ces données morphologiques des mesures classiquement utilisées pour estimer la diversité fonctionnelle (e.g., Mouillot et al., 2013). Des méthodes d’ordination contraintes pourront également être appliquée pour quantifier l’impact des conditions environnementales sur ces différentes mesures de diversité morphologique. Ces travaux permettront ainsi de répondre aux questions suivantes : la diversité morphologique des communautés planctoniques varie-t-elle à l’échelle saisonnière et/ou annuelle ? Quels sont les principaux facteurs environnementaux responsables de ces variations ? Comment ces variations pourraient-elles impacter le fonctionnement de l’écosystème pélagique ? En fonction des résultats obtenus pendant le stage de M2, ceux-ci pourraient donner lieu à une publication.

# Profil recherché

La personne retenue aura une formation au niveau Master en océanographie, en écologie, ou en biostatistiques. Elle devra avoir des connaissances de base en statistiques multivariées (ACP, RDA, analyse de série temporelle) et un intérêt pour l’écologie marine et l’étude du plancton marin. Elle devra également savoir utiliser le logiciel de statistique R pour manipuler des fichiers de données, réaliser des analyses statistiques simples, et produire des figures. Des connaissances sur le plancton marin seront appréciées mais non indispensables. Un bon niveau d’anglais scientifique est nécessaire. Un esprit de synthèse, de la curiosité scientifique, et de bonnes compétences rédactionnelles sont des pré-requis indispensables.

# Moyens à disposition

Ce stage s’inscrit dans le cadre des projets FunOmics et ModelOmics de Sakina-Dorothée Ayata et de la valorisation des données acquises au point B par le service d’observation RadeZoo de l’Observatoire Océanologique de Villefranche. L’étudiant(e) disposera d’un accès aux données d’imagerie du point B et pourra interagir avec les membres de l’équipe PEPS du LOV. Le ou la stagiaire sera basé(e) au LOV où il/elle disposera d’un ordinateur pour son travail. Un logement à l’Observatoire Océanologique de Villefranche pourra être demandé dans la limite des places disponibles. Ce stage sera gratifié selon le barème en vigueur.

# Candidature

Si ce stage vous intéresse, envoyez par mail aux deux encadrants ([email protected] et [email protected]) votre CV, une lettre de motivation, et les contacts d’au moins une personne référante (précédent responsable de stage ou enseignant de master), avec pour titre « Stage M2 diversité morphologique du zooplancton ». Votre lettre de motivation devra faire ressortir votre intérêt pour la recherche et pour la thématique scientifique du stage. Elle devra également expliciter vos compétences et expériences passées en relation avec le profil recherché. N’oubliez pas de préciser si vous souhaitez demander un hébergement à l’OOV. Les premières candidatures reçues seront évaluées à partir du 20 novembre 2017.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].