Stage de M2 ou de césure: (stage de 5-6 mois en 2022)

Laboratoire d’accueil : laboratoire EDB (Evolution et Diversité Biologique) et laboratoire LEFE (Ecologie Fonctionnelle et Environnement), Université Toulouse 3 Paul Sabatier, Toulouse, France

Responsable(s) de stage : Joël White & Lisa Jacquin (MCF EDB), Quentin Petitjean
(postdoctorant LEFE)
Collaborateurs : Séverine Jean (MCF LEFE), Pascal Laffaille (PR ENSAT)
Courriel : [email protected], [email protected]

Contexte : Les changements globaux peuvent avoir des effets complexes sur les interactions hôte-microbiote, avec des effets en cascade sur la santé des organismes, notamment en populations sauvages soumises aux stress multiples (Petitjean et al. 2019). Ainsi, les contaminants et les parasites peuvent fortement affecter les communautés bactériennes du microbiote intestinal, qui jouent un rôle central dans la santé des organismes (immunité, comportement etc). Cependant, les effets des stress environnementaux sur le microbiote sont encore très peu explorées, et les déterminants de la diversité et de la structure des communautés bactériennes de l’intestin en lien avec la santé des organismes sont encore mal compris.

Problématiques et objectifs : Ce stage aura comme objectif de tester les effets d’une exposition expérimentale à des contaminants métalliques et/ou à un challenge immunitaire mimant une attaque parasitaire sur le microbiote intestinal de goujons Gobio occitaniae, un poisson sauvage exposé aux stress multiples dans les rivières anthropisées du Sud-Ouest de la France. Les poissons (5 populations ont été prélevés dans le milieu naturel) et exposés pendant 2 semaines à des stress simples ou multiples en laboratoire et sur le terrain (encagement en rivière), et un ensemble de mesures physiologiques, comportementales ont été collectées, ainsi que le microbiote intestinal avec du séquençage ARN16S.

Tâches : Les expériences et le traitement bioinformatique ont déjà été réalisées par le postdoctorant Quentin Petitjean. Le/la stagiaire aura pour tâche d’analyser statistiquement les données microbiennes issus de metabarcoding 16S afin de tester un ensemble de questions par exemple sur 1. Les effets des stress simples et combinés sur la diversité et la structure des communautés bactériennes de l’intestin, 2. La variabilité du microbiote entre populations sauvages (plusieurs populations testées) 3. Les liens entre microbiote et santé du poisson. D’autres hypothèses peuvent être explorées en lien avec ce jeu de données. Il s’agit donc essentiellement d’un stage d’analyse de données. Cependant, une participation à des expérimentations en cours en 2022 est prévue au cours du stage pour se familiariser avec les techniques de prélèvement et de mesures de physiologie, comportement et les prélèvements bactériens en laboratoire et sur le terrain sur diverses espèces de poissons. La rédaction d’un article en collaboration est prévue à l’issue du stage.

Compétences recherchées: intérêt pour l’analyse de données sous R, analyses multivariées, rigueur, travail en équipe et en autonomie.

candidature : merci d’envoyer CV+ lettre de motivation à [email protected] et [email protected] avant le 22 novembre 2021

Références:
Petitjean Q, L Jacquin, L Riem, M Cousseau, A Perrault, P Laffaille, S Jean. 2021. Intraspecific variability of responses to metal contamination and immune challenge across wild gudgeon populations. Environmental Pollution, 272: 116042
Petitjean Q, Jean S, Gandar A, Côte J, Laffaille P, Jacquin L. 2019. Stress responses in fish: From molecular to evolutionary processes. Science of the Total Environment, 684: 371-380
Teyssier, Rouffaer, Hudin, Strubbe, Matthysen, Lens, White 2018. Inside the guts of the city: urban-induced alterations of the gut microbiota in a wild passerine. Science of the Total Environment 612, 1276-1286

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