Contexte
Les syrphes constituent l’une des plus grandes familles de diptères avec près de 6700 espèces répertoriées dans le monde (Dunn et al. 2020) et 564 espèces connues en France. Les adultes des insectes sont des polinisateurs de nombreuses espèces de plantes (Larson et al. 2001) et jouent ainsi un rôle essentiel dans le fonctionnement des écosystèmes naturels et des agrosystèmes (Rader et al. 2016; Klecka et al. 2018). Par ailleurs, les larves de certaines espèces sont prédatrices de ravageurs de cultures, contribuant ainsi fortement aux services écosystémiques dans les milieux cultivés (Dunn et al. 2020).
Certains traits écologiques des espèces, tels que la taille des individus, leurs capacités de dispersion ou leur niveau de spécialisation, vont fortement conditionner leurs réponses à la disponibilité en ressources, la structure des paysages (Moquet et al. 2018) ou encore certaines pressions anthropiques telles que la fragmentation des habitats (Schweiger et al. 2007). La compréhension du lien entre la présence ou l’abondance des espèces et les éléments du paysage est donc importante pour mieux appréhender le rôle des syrphes dans le fonctionnement des écosystèmes. Néanmoins, les études de structure des communautés prenant en compte les traits écologiques des espèces sont rares chez ce groupe d’espèces en raison d’un manque de données disponibles (Moquet et al. 2018).
La base de données et le protocole « Syrph the Net » (Speight 2017) contient des données sur les traits écologiques des espèces de syrphes et propose de les utiliser comme bio-indicateur de l’intégrité écologique des habitats (Speight 2017; Vanappelghem et al. 2020). En France, des données ont été collectées depuis 12 ans sur plus de 80 sites, dont 43 réserves naturelles, selon ce protocole animé par Réserves naturelles de France (RNF) (Vanappelghem et al. 2020). Ce protocole consiste à inventorier l’ensemble des espèces de la communauté d’un site, piégées au moyen de tentes Malaise. La liste d’espèces observées sur un site est ensuite comparée à une liste d’espèces « attendues » dépendante de la localité
du site et des habitats présents sur ce site. Les espèces manquantes sont alors utilisées pour identifier les compartiments ou processus de l’écosystème faisant a priori défaut.
La capacité du protocole « Syrph the Net » à recenser toutes les espèces présentes sur un site reste cependant sujet à questionnement, alors que l’interprétation de l’indicateur d’intégrité écologique repose sur une hypothèse d’exhaustivité. On peut ainsi suspecter que, selon l’effort déployé, certaines espèces rares ou faiblement détectables (MacKenzie et al. 2002) échappent aux inventaires. Les gestionnaires d’espaces naturels utilisant actuellement le protocole se questionnent ainsi sur le niveau de complétude des inventaires (c’est-à-dire la proportion de richesse observée sur les sites par rapport à la richesse réelle) obtenus via cette approche (Moreno & Halffter 2000). Le travail proposé dans ce stage vise spécifiquement à travailler sur cette question de la complétude des inventaires afin de formuler des recommandations en termes d’échantillonnage (nombre de tentes, durée de pose…). Trois questions seront traitées par le/la stagiaire :
1/ Quel est le niveau de complétude des inventaires réalisés ?
2/ Quelles sont les variables qui influencent ce niveau de complétude (traits de vie des espèces, habitats…) ?
3/ Comment optimiser le plan d’échantillonnage (nombre de tentes, durée de pose etc.) pour assurer un niveau de complétude satisfaisant ?
Pour répondre à ces objectifs, RNF a sollicité l’appui du Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE) dans le cadre d’une coopération entre l’Office Français de la Biodiversité (OFB) et le CNRS. Plus d’informations sur cette coopération sont disponibles ici : https://professionnels.ofb.fr/fr/node/400

Données mobilisables
Liste des espèces observées par pièges et par sessions, a minima, sur 45 sites (Réserves naturelles et autres espaces protégés). A l’heure actuelle, les données d’une vingtaine de sites ont été regroupées, totalisant 15 000 données et 62 000 individus identifiés. Une grande partie des données restantes sera intégrée en cours d’hiver.
Base de données avec traits de vies et paramètres d’habitats larvaires des espèces
Cartographie des habitats des sites (format SIG)
Localisation des tentes Malaise

Missions confiées au stagiaire
– Préparation du jeu de données
– Modélisation du niveau de complétude des inventaires à l’aide de modèles d’accumulation (e.g. Moreno & Halffter 2000) ou de modèles d’occupation de sites multi-espèces (approche bayésienne) (e.g. Mourguiart et al. 2020)
– Optimisation du protocole actuel : examen du nombre de tentes nécessaire par site (tests de puissance), comparaison de la détection des espèces selon les périodes (prise en compte de la phénologie des espèces) ;
– Selon le temps disponible et motivations de l’étudiant, participation à la collecte de données.

Déroulement du stage
Durée : 6 mois (début entre février et mars 2022)
Lieu d’accueil et partenariat : UMR5175 Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (Montpellier), équipe HAIR. Collaboration étroite avec le CEN Haut de France et Réserves Naturelles de France.
Encadrement : Thibaut Couturier, ingénieur de recherche CNRS et Aurélien Besnard, maître de conférences EPHE, avec l’appui de Cédric Vanappelghem, chargé de mission CEN Hauts-de-France.
Indemnité de stage : tarif légal en vigueur au moment du stage. Quelques déplacements sur le terrain et réunions avec les partenaires seront à prévoir (frais pris en charge par le CEFE).

Compétences demandées
– Niveau Master 2 en Ecologie, orientation professionnelle ou recherche ;
– Bon niveau et appétence pour les statistiques : Maîtrise du langage R. Analyses multivariées (ACP, AFC), modèles mixtes (GLMM), site-occupancy ; des connaissances de base en analyses dans le cadre bayésien seraient un plus.
– SIG : Qgis et/ou SIG sous R ;
– Connaissances naturalistes (entomofaune notamment) appréciées.
Envoi des candidatures (CV, lettre de motivation) par mail avant le 12 novembre à Thibaut Couturier : [email protected]
Entretiens à prévoir la semaine du 15 novembre.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

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