Depuis la découverte des sources hydrothermales profondes à la fin des années 1970, de nombreuses espèces très spécialisées et restreintes à ce type d’habitat ont été décrites. Les modifications morphologiques liées à cette hyperspécialisation rend parfois difficile leur placement taxonomique parmi les espèces présentes dans d’autres environnements. Ainsi des regroupements taxonomiques de haut rang (famille, et même un phylum) ont été créés pour classifier ces espèces avant d’être remises en cause notamment par les données moléculaires issues de l’échantillonnage d’un plus grand nombre d’habitats.
Parmi les organismes spécialisés des sources hydrothermales, la famille des vers à élytres Polynoidae a eu un succès important : avec une soixantaine d’espèces décrites, elle représente en effet environ 10% de toutes les espèces d’invertébrés hydrothermales décrites. Plusieurs sous-familles ont été érigées pour accommoder ces nouvelles espèces hydrothermales mais leur validité n’a pas été testée. Pour cela, il est nécessaire de les replacer à l’aide d’une phylogénie moléculaire au sein des Polynoidae qui constituent une famille très diversifiée avec plus de 900 espèces reconnues et qui occupent une grande variété de niches écologiques souvent très spécialisées. Cette reconstruction phylogénétique permettra de plus de retracer l’origine évolutive de ces espèces hydrothermales.

Objectifs du stage
1) Construire une phylogénie moléculaire robuste des Polynoidae afin de comprendre l’origine et les affinités des espèces hydrothermales avec les autres Polynoidae.
2) Discuter de la pertinence des caractères morphologiques utilisés pour établir les regroupements taxonomiques afin de poser les bases d’une éventuelle révision des sous-familles.

Méthodes et techniques mises en œuvre durant le stage
Analyse et l’interprétation de la phylogénie multi-marqueurs en tutilisant les données disponibles sur cinq marqueurs pour environ 180 espèces de Polynoidae. Ce jeu de données offrec une couverture satisfaisante de la diversité connue et de la diversité des milieux occupés par ces organismes (i.e. hydrothermal, milieux profonds, milieux polaires, milieux côtiers tropicaux ou tempérés, etc…).
Analyser les données en cours d’acquisition par séquençage shotgun d’ADN total sur les taxons manquant dans la matrice. Il s’agira d’extraire de ces données de séquençage massif, les séquences des marqueurs manquants pour certains taxons et ainsi de se familiariser avec la manipulation et l’analyse de données génomiques.
Les données morphologiques seront obtenues soit par le biais des articles publiés, soit par observation directe de spécimens disponibles au laboratoire. Ce retour aux caractères morphologiques permettra d’évaluer la pertinence des caractères qui ont été utilisés pour définir les sous-familles

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