Laboratoire d’accueil : Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris, équipe Biogéographie et diversité des interactions du sol, Faculté des Sciences et Technologie de l’Université Paris Est Créteil.

Responsable du stage :
Nom : Lise DUPONT
Tél : 0145171664
Email : [email protected]

Références dans le domaine :
• Dupont L, Grésille Y, Richard B, Decaëns T & Mathieu J (2015) Fine-scale spatial genetic structure and dispersal constraints in two earthworm species. Biological Journal of the Linnean Society, 114, 335-347.
• Torres-Leguizamon M, Mathieu J, Decaëns T & Dupont L (2014) Genetic structure of earthworm populations at a regional scale: inferences from mitochondrial and microsatellite molecular markers in Aporrectodea icterica (Savigny 1826). Plos One, 9, e101597
• Dupont L (2009) Perspectives on the application of molecular genetics to earthworm ecology. Pedobiologia, 52, 191-205.

Description du stage

Dans les paysages urbanisés, les espaces verts (ou microréserves) tels que les parcs, jardins privés, ronds-points, pied d’arbres peuvent permettre de retenir en ville une partie de la biodiversité et notamment celle du sol (Vandergast et al. 2009). Ayant généralement des capacités réduites de dispersion, les espèces de la faune du sol risquent de disparaître plus rapidement dans ces microréserves que des espèces capables de se déplacer dans toute la matrice urbaine. En effet, l’isolement des populations mène généralement à une augmentation de la divergence génétique et à une perte de variabilité génétique au sein des fragments. La perte de variabilité génétique couplée à une augmentation de la consanguinité dans les petites populations isolées peut mener à des réductions significatives de survie et de succès reproducteur ainsi qu’à une perte de potentiel adaptatif (Reed & Frankham 2003). Les petites populations isolées sont aussi plus susceptibles d’extinction stochastique avec peu de chance de recolonisation active à partir des autres populations. Les activités humaines peuvent néanmoins être des vecteurs de dispersion passive permettant les échanges entre fragments et pouvant éventuellement mener à l’homogénéisation génétique des populations. Sans ce rôle joué par les activités humaines, la perte de populations et la diminution de diversité génétique peuvent potentiellement mener au déclin de l’entière métapopulation.
L’objectif de ce stage est d’étudier la connectivité entre populations d’espèces de vers de terre, ces derniers jouant un rôle clef dans le fonctionnement du sol et étant les garants de nombreux services écosystémiques (Lavelle & Spain 2001; Edwards 2004).
Pour cela, un échantillonnage sera réalisé dans différents espaces verts de Paris (début du printemps), des marqueurs moléculaires microsatellites seront optimisés (février-mars) et utilisés pour génotyper les individus (avril-mai). Des approches de génétique des populations et de génétique du paysage seront utilisées pour tester les différentes hypothèses de dispersion (diffusion via la dispersion active ou dispersion par sauts via la dispersion passive).

Edwards CA (2004) The importance of earthworms as key representatives of the soil fauna. In: Earthworm ecology (ed. Edwards, C.A.), pp. 3-11. CRC Press.
Lavelle P & Spain AV (2001) Soil Ecology Kluwer Academic Publishers, London.
Reed DH & Frankham R (2003) Correlation between fitness and genetic diversity. Conservation Biology, 17, 230-237.
Vandergast AG, Lewallen EA, Deas J, Bohonak AJ, Weissman DB & Fisher RN (2009) Loss of genetic connectivity and diversity in urban microreserves in a southern California endemic Jerusalem cricket (Orthoptera: Stenopelmatidae: Stenopelmatus n. sp « santa monica »). Journal of Insect Conservation, 13, 329-345.

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