L’émergence d’agents infectieux d’origine animale, en particulier de virus, représente un enjeu majeur en terme de santé et de conservation (Daszak et al., 2000). La faune sauvage fait office de « réservoir » d’une grande diversité de virus, dont certains sont actuellement responsables d’épidémies chez l’homme. Les connaissances sur l’écologie des ces virus restent cependant limitées, et les conditions écologiques associées à leur émergence chez l’homme mal comprises. Les migrations animales représentent par exemple un mécanisme déterminant dans la dispersion et la distribution spatiale de nombreux agents infectieux (Altizer et al., 2011). Dans l’océan Indien, la circulation de virus émergents a été mise en évidence dans les communautés d’oiseaux marins (e.g. Lebarbenchon et al., 2015). Les espèces appartenant à la famille des Sternidae pourraient représenter un « réservoir » majeur de nombreux virus dans les écosystèmes insulaires et leur écologie particulière (e.g. longues migrations, fidélité au site de reproduction) pourrait favoriser la transmission et la dispersion virale. Le développement des connaissances sur les déplacements migratoires est donc primordial afin d’estimer le risque de dispersion des virus par ces oiseaux.

L’objectif du stage est d’analyser les patrons de migration de trois espèces impliquées dans l’épidémiologie des virus influenza dans les îles de l’ouest de l’Océan Indien : le noddi brun (Anous stolidus), le noddi à bec grêle (Anous tenuirostris), et la sterne bridée (Onychoprion anaethetus). Des données sur les déplacements migratoires de ces espèces ont été acquises à l’aide d’enregistreurs miniaturisés (GLS : Global Location Sensors). Le stage consistera à analyser ces données à l’aide du logiciel R, afin d’identifier les zones géographiques occupées lors des déplacements, mais aussi d’obtenir des informations sur le comportement des oiseaux (vitesse en vol, contact avec des zones terrestres, temps en vol ou posé sur l’eau etc.). Les résultats seront discutés à la lumière des connaissances actuelles sur les migrations des oiseaux marins, et seront mis en relation avec le risque associé de dispersion de virus dans les écosystèmes insulaires tropicaux.

Altizer, S., et al. 2011. Animal migration and infectious disease risk. Science 331: 296-302.
Daszak, P., et al. 2000. Emerging infectious diseases of wildlife-threats to biodiversity and human health. Science 287: 443–449.
Lebarbenchon C., et al. 2015. Influenza A virus on oceanic islands: host and viral diversity in seabirds in the Western Indian Ocean. PLoS Pathog. 11: e1004925.

Le stage sera basé à l’Université de La Réunion (Saint Denis de La Réunion), au sein de l’UMR écologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien (ENTROPIE) et de l’UMR processus infectieux en milieu insulaire tropical (PIMIT). Pour postuler, envoyer un CV et une lettre de motivation à Camille Lebarbenchon ([email protected]) ET à Audrey Jaeger ([email protected]).

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].