Maître de conférences nouvellement embauché au Muséum National d’Histoire Naturelle recherche un stagiaire M2 pour travailler sur un projet axé sur la diversification des guêpes parasitöides. L’étudiant acquerra des compétences sur la morphologie des insectes et la pose de repères morphométriques ; normalisation et gestion des données scientifiques et des fichiers de données ; utilisation de langage de programmation R ; et des analyses de forme et études phylogénétiques comparatives.

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Descriptif du projet:

Les guêpes parasitoïdes ichneumonides sont l’un des groupes d’organismes terrestres les plus diversifiés et présentent un vaste éventail de stratégies de vie. Les espèces de la famille sont divisées en deux groupes selon leurs mécanismes d’exploitation de l’hôte : les idiobiontes, qui arrêtent le développement de l’hôte au moment de l’oviposition; et les koinobiontes, qui permettent à l’hôte de poursuivre son développement lors du parasitage. Cette distinction entraîne des différences significatives dans plusieurs autres attributs biologiques. La plupart des idiobiontes sont des ectoparasitoïdes et utilisent des hôtes cachés dans les tissus végétaux, les nids ou le sol. Ce sont généralement les derniers stades de développement des insects (nymphes). En revanche, les koinobiontes sont généralement des endoparasitoïdes et ont tendance à être plus spécifiques à l’hôte et attaquent les larves non cachées . Les koinobiontes pondent un grand nombre de petits œufs (stratégie r) tandis que les idiobiontes pondent un plus petit nombre d’œufs relativement gros (stratégie K). Il a été émis l’hypothèse que la diversification des groupes d’idiobiontes est poussée par des changements morphologiques, reflétant la nécessité d’exploiter des hôtes cachés dans divers substrats. La diversification des koinobiontes, quant à elle, serait liée à des changements physiologiques, à cause de l’interaction plus complexe avec le système immunitaire de l’hôte requise par l’endoparasitisme et la spécialisation [1]. Bien qu’intrigante, cette hypothèse n’a pas été l’objet de tests rigoureux. Ce projet vise à tester si les taux d’évolution phénotypique et de disparité morphologique sont plus élevés dans les lignées de parasitoïdes idiobiontes par rapport aux koinobiontes, en combinant des données morphométriques géométriques avec un arbre phylogénomique et des modèles de diversification. Une phylogénie des Ichneumonidae basée sur des éléments génomiques ultraconservés (UCE ; [2]) comprenant plus de 700 espèces est déjà disponible. Cet arbre sera utilisé comme cadre évolutif pour les analyses. Des photographies standardisées de la tête et du thorax pour la plupart des espèces incluses dans la phylogénie sont également déjà disponibles. Le rôle du stagiaire sera de collecter des données à partir d’une série de repères visant à quantifier la diversité morphologique des Ichneumonidae. Il sera ensuite instruit sur l’utilisation de l’environnement R, en particulier les packages geomorph [3] et ape [4], pour effectuer des analyses de morphométrie géométrique dans un cadre phylogénétique. Une suite de techniques de ces packages sera utilisée pour quantifier, tracer et comparer la disparité morphologique entre différents groupes de guêpes, et BAMM v2.0 [5] sera utilisé pour estimer les taux d’évolution phénotypique spécifiques à la branche. Nous prévoyons que cela se traduira par une publication scientifique de haut niveau pour le stagiaire.

Références
[1] Gauld I.D. 1988. Evolutionary patterns of host utilization by ichneumonoid parasitoids (Hymenoptera: Ichneumonidae and Braconidae). Biological Journal of the Linnean Society, 35(4), 351–377.
[2] Faircloth B.C., Branstetter M.G., White N.D. & Brady S. 2015. Target enrichment of ultraconserved elements from arthropods provides a genomic perspective on relationships among Hymenoptera. Molecular Ecology Resources, 15, 489–501.
[3] Adams D.C., Otarola-Castillo E. & Sheratt E. 2014. geomorph: Software for geometric morphometric analyses. R package version 2.0. http://cran.r-project.org/web/packages/geomorph /index.html.
[4] Paradis E., Claude J. & Strimmer K. 2004. APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language. Bioinformatics, 20(2), 289–290.¬¬¬
[5] Rabosky D.L., Santini F., Eastman J., Smith S.A., Sidlauskas B., Chang J. & Alfaro M.E. 2013. Rates of speciation and morphological evolution are correlated across the largest vertebrate radiation. Nature Communications, 4, 1958.
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CONDITIONS :
Le stage sera encadré par Bernardo Santos, docteur en biologie comparée et récemment recruté par le MNHN en provenance des États-Unis.
Le stage sera rémunéré (gratification légale minimale).
Le stage peut se faire en grande partie en télétravail, étroitement surveillé par l’encadrant.
La rédaction d’un rapport de stage est attendue.
Périodes de stage : Stage de 5 mois. De début février à fin juin.

PROFIL
– Il / elle aura l’autonomie et la capacité de rechercher et de filtrer les informations par soi-même.
– Une très bonne capacité d’organisation est indispensable.
– Des connaissances théoriques de base sur la biologie évolutive et la phylogénétique sont attendues.
– Connaissance (au moins de base) de R (ou RStudio) indispensable.
– Connaissance de l’anglais indispensable.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

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