Durée 5 mois (GRATIFICATION = 554,40 €/mois)

Structures d’accueil :
CEFE (34293 Montpellier) et ONCFS-UPFS (34990 Juvignac)

Lieu du stage :
CEFE, 1919 route de Mende, 34293 Montpellier 5

Responsables du stage :
CEFE : Aurélie Coulon (courriel : [email protected] ; site internet : aureliecoulon.net)
ONCFS : Jérôme Letty (tél : 04 67 10 75 20 ; courriel : [email protected])

Mode de candidature :
Envoyer un CV et une lettre de motivation aux deux encadrants.

Contexte et objectif

La dynamique spatiale des populations d’une espèce animale est assurée par la dispersion d’individus reproducteurs entre les différentes entités démographiques de cette espèce. Cette dispersion se traduit ainsi par des flux géniques qui vont influer sur la structuration génétique des populations et généralement résulter en une corrélation entre distance génétique et distance géographique entre les individus ou populations considérés (isolement génétique par la distance géographique). Cette structuration génétique peut être également modelée par la géographie physique du territoire et les types de paysage auxquels les individus sont confrontés, ces facteurs pouvant altérer la capacité de dispersion des individus selon le comportement, l’écologie et les aptitudes de l’espèce considérée (niche écologique, « perméabilité » des milieux, barrières géographiques). D’éventuelles « barrières » peuvent en effet limiter voire empêcher la dispersion et les échanges d’individus entre populations et finalement induire une distorsion de l’effet d’isolement par la distance. L’analyse des distances génétiques entre individus permet ainsi d’étudier l’effet des facteurs paysagers sur la dispersion des individus et la dynamique des populations.

Le sujet proposé vise à comparer chez deux espèces de lièvres les effets des éléments du paysage sur leurs flux de gènes. Les deux espèces vivent en parapatrie dans les Alpes françaises, l’une plutôt de plaine, le lièvre d’Europe (Lepus europaeus), et l’autre plutôt alpine, le lièvre variable (L. timidus). Il existe toutefois une zone de contact entre les deux espèces, approximativement entre 1000 et 2000 m d’altitude, dans laquelle elles peuvent s’hybrider occasionnellement. Si ces deux espèces sont potentiellement capables de disperser sur quelques kilomètres, il est vraisemblable qu’elles présentent des patrons de structuration spatiale opposés pour des raisons biogéographiques (le lièvre d’Europe préférant les zones tempérées de basse altitude, le lièvre variable les zones alpines d’altitude élevée). Dans les Alpes, on peut s’attendre à un effet très marqué de l’altitude du fait de la géographie de la chaîne (larges vallées profondes séparant des massifs élevés, seulement reliés entre eux par des lignes de crête et des cols). Conjointement, ces deux espèces peuvent aussi être confrontées à des milieux qui ne leur sont pas favorables, voire à des barrières très difficilement franchissables (autoroutes, fleuves, forêts, falaises et reliefs trop pentus).
Outre le fait qu’une meilleure connaissance des flux géniques et de la dynamique des populations de ces espèces est importante pour leur gestion et leur conservation, ces deux espèces constituent un système intéressant à étudier dans un contexte de réchauffement climatique.

Il s’agira donc de réaliser des analyses de génétique des populations et de génétique du paysage afin de déterminer si les deux espèces sont ou non contraintes par les mêmes « barrières » dans leur zone de coexistence parapatrique. Une attention particulière sera portée sur l’effet de l’altitude et du relief à l’aide d’un modèle numérique de terrain (MNT), mais aussi sur celui des autres éléments du paysage.
Les analyses s’appuieront sur un jeu de données constitué de 120 lièvres variables et 138 lièvres échantillonnés dans la zone des Alpes françaises et génotypés sur 10 à 12 marqueurs microsatellites.

Bibliographie

– Avril, A., Léonard, Y., Letty, J., Péroux, R., Guitton, J.-S. & Pontier, D. 2011. Natal dispersal of European hare in a high-density population. Mammalian Biology 76: 148–156.
– Beugin, M.-P., Letty, J., Kaerle, C., Guitton, J.-S., Muselet, L., Queney, G. & Pontier, D. 2017. A single multiplex of twelve microsatellite markers for the simultaneous study of the brown hare (Lepus europaeus) and the mountain hare (Lepus timidus). Ecology and Evolution 7: 3931-3939.
– Dahl, F. & Willebrand, T. 2005. Natal dispersal, adult home ranges and site fidelity of mountain hares Lepus timidus in the boreal forest of Sweden. Wildlife Biology 11: 309-317.
– Hall, L.A. & Beissinger, S.R. 2014. A practical toolbox for design and analysis of landscape genetics studies. Landscape Ecology 29:9 1487-1504.
– Jansson, G., Thulin, C.-G. & Pehrson, Å. 2007. Factors related to the occurrence of hybrids between brown hares Lepus europaeus and mountain hares L. timidus in Sweden. Ecography 30: 709-715.
– Manel, S., M. K. Schwartz, G. Luikart, and P. Taberlet. 2003. Landscape genetics: combining landcape ecology and population genetics. Trends in Ecology and Evolution 18:189-197.
– Manel, S., and R. Holderegger. 2013. Ten years of landscape genetics. Trends in Ecology & Evolution.
– Thulin, C.-G., Stone, J., Tegelström, H. & Walker, C.W. 2006. Species assignment and hybrid identification among Scandinavian hares Lepus europaeus and L. timidus. Wildlife Biology 12: 29-38.
– van Strien, M. J., R. Holderegger, and H. J. Van Heck. 2015. Isolation-by-distance in landscapes: considerations for landscape genetics. Heredity 114:27-37.

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