I. CONTEXTE

Le développement de dispositifs d’enregistrement de données biologiques en temps réel (« bio-loggers ») offre désormais la possibilité d’enregistrer en continu et de façon simultanée des informations sur la localisation d’un animal, ses comportements et les variations de son environnement physique jusqu’à 600 – 800 fois par seconde. Le déploiement de ces unités sur des animaux libres de leurs mouvements est devenu courant dans le domaine de l’écologie. Cependant, la manipulation et l’interprétation de telles données (« big data ») sont complexes ce qui limite souvent leur analyse par des biologistes.
Un programme est en cours de développement depuis 2016 à l’IPHC-CNRS. Ce dernier vise à faciliter la manipulation, la transformation et la visualisation de données issues de différents types de capteurs (ex. accélèromètre-3D, magnétomètre-3D, gyroscope-3D, pression, température, lumière …). Ce programme permet entre autre de labelliser des données cinématiques, de produire des statistiques descriptives à l’échelle d’un comportement ou d’un pas de temps donné, d’appliquer un éthogramme accélérométrique et d’obtenir un budget-temps.
L’objectif actuel, auquel participera la personne recrutée, est donc de poursuivre le développement de ce logiciel, en corrigeant les erreurs apparaissant au fil de l’eau, en produisant de nouveaux outils d’analyse et en optimisant l’interface graphique existante (ex. amélioration des sorties logiciel, interactivité des fenêtres …).

II. DESCRIPTION DE L’OFFRE

Profil recherché: Un(e) (futur) ingénieur ou chercheur bio-informaticien disposant d’une base solide en informatique et désireux de l’appliquer à la résolution de problèmes biologiques, dans le cas présent le développement d’outils de visualisation et le traitement d’importants jeux de données. Une certaine culture et ouverture d’esprit informatique est indispensable pour aborder les nombreuses technologies impliquées, de même qu’un niveau d’autonomie suffisant pour interagir avec une équipe majoritairement composée de biologistes. Une expérience passée en développement logiciel (dans un contexte professionnel ou non) et un attrait particulier pour les questions d’optimisations logicielle et algorithmique serait un plus.

Compétences recherchées:
– Expérience significative en R indispensable. Le(la) candidat(e) devra être à l’aise avec l’utilisation de vecteurs et la gestion d’un important parc de fonctions rassemblées en un outil cohérent. Une expérience passée impliquant l’écriture de packages R ou la création d’interfaces graphiques en Tcl-tk serait un plus.
– Maitrise des bonnes pratiques du développement logiciel fortement recommandée (structuration du code source, commentaires et documentation, programmation orientée-objet).
– Maitrise minimale du langage SQL recommandée.
– Maitrise minimale de git ou d’un autre logiciel de suivi de version recommandée.
– Une quelconque expérience avec les langages C et MATLAB serait appréciable mais non-essentielle.

Savoir-être :
– Forte motivation,
– Attrait pour les sciences appliquées,
– Rigueur,
– Attentif

Le (la) candidat(e) retenu(e) doit faire preuve de discrétion professionnelle à l’égard des tiers pour tous les faits, informations données ou documents dont il a connaissance dans l’exercice ou à l’occasion de l’exercice de ses fonctions.

III. MODALITES PRATIQUES

Emplacement : IPHC-CNRS, Département d’Ecologie, Physiologie et Ethologie, 23 rue Becquerel, 67087 Strasbourg Cedex, France

Niveau de recrutement : stage M2 (M1) ou personne titulaire d’une Licence (Bac+3) ou d’un Master (Bac +5) en bio-informatique.

Rémunération selon le niveau de stage : gratification de stage, niveau Assistant Ingénieur (1495€ net / mois, Licence) ou Ingénieur d’Etude (1673€ net / mois, Master)

Durée : variable selon le type de contrat et l’adéquation profil – cahier des charges, le stage pourra déboucher sur une prolongation en CDD à plein temps ou à mi-temps.

Pour obtenir des renseignements sur le poste :
Yves HANDRICH, chargé de recherche (03 88 10 69 32)
[email protected]

Marie-Amélie FORIN-WIART, chercheur post-doctorant (03 88 10 69 16)
[email protected]

Merci d’envoyer un CV détaillé ainsi qu’une lettre de motivation.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].