Contexte:
Les changements environnementaux, liés aux activités humaines, menacent de plus en plus la biodiversité, de manière directe mais également par des disparitions d’espèces en cascade, via la modification des réseaux d’interaction, et certains services écosystémiques tels que la pollinisation. De ce fait, la structure en réseau des espèces partageant un même écosystème est une donnée nouvelle que l’écologie fondamentale et appliquée s’efforce aujourd’hui de prendre en compte. L’étude des réseaux plantes-pollinisateurs est cruciale en raison des récentes pertes élevées d’espèces parmi les pollinisateurs, notamment Apoïdés (abeilles et bourdons sauvages) et Syrphidés, de leur rôle majeur pour les services écosystémiques de pollinisation des cultures, et comme modèle de réseau mutualiste. Le programme ANR ARSENIC (Adaptation and Resilience of Spatial Ecological Networks to human-Induced Changes, porté par F. Massol au laboratoire EEP) a pour objectif de comprendre les effets des changements globaux sur les réseaux d’interactions, en utilisant une approche liant modèles de coévolution et analyses de données existantes ou collectées dans le cadre du projet.
Dans le cadre de ce projet, nous proposons ce stage en vue de développer des analyses statistiques adaptées aux jeux de données collectés, à savoir de multiples réseaux de visites plantes-pollinisateurs échantillonnés mensuellement pendant 7 mois dans 6 sites différents, répartis dans 3 régions (Occitanie, Normandie, Hauts de France). Environ 6000 Apoïdés et Syrphes butinant les espèces végétales en fleur ont été collectés, chaque interaction a été notée et les réseaux fondés sur ces informations ont été construits.

Objectifs:
Le stage proposé vise à étudier, par le biais de modèles statistiques multivariés, les relations existantes entre variables environnementales, phénologie, traits morphologiques et structuration du réseau de pollinisation sur un gradient latitudinal. En particulier, on cherchera à s’appuyer sur les récentes méthodes de description de réseaux par variables latentes1,2 pour transformer le problème en une partition de variation observée. D’autres approches sont également possibles, notamment via la décomposition des réseaux par blocs (modèles de blocs stochastiques3,4), les dendrogrammes de proximité compositionnelle des communautés5 et/ou des mesures de congruence de classification fondées sur les modules du réseau (approches développées par F. Massol en collaboration avec J. Astegiano, CONICET, Argentine).
Ce stage sera encadré par François Massol et Natasha de Manincor au laboratoire EEP (Univ. Lille/CNRS). Un premier modèle, utilisant la modélisation par équations structurelles a déjà été développé. Ce modèle pourra être utilisé comme point de départ des analyses réalisées durant ce stage. Selon la vitesse d’avancement des travaux et la volonté de l’étudiant, les modèles développés pourront s’appuyer sur des cadres de modélisation statistique variés. L’étudiant(e) devra être motivé(e), avoir de bonnes bases en écologie et en statistiques, et une bonne connaissance du logiciel R.

Bibliographie
1. Rohr, R. P., Naisbit, R. E., Mazza, C. et Bersier, L.-F. Proc. R. Soc. B 283 (2016).
2. Dalla Riva, G. V. et Stouffer, D. B. Oikos 125, 446-456 (2016).
3. Govaert, G. et Nadif, M. Computational Statistics & Data Analysis 52, 3233-3245 (2008).
4. Leger, J.-B., Daudin, J.-J. et Vacher, C. Methods Ecol. Evol. 6, 474-481 (2015).
5. Brooks, A. W., Kohl, K. D., Brucker, R. M., van Opstal, E. J. et Bordenstein, S. R. PLoS Biol. 14, e2000225 (2016).

Candidatures:
Les candidatures se feront par mail aux co-encadrants du stage, avec CV et lettre de motivation, avant le début de l’année 2018:
François Massol : [email protected]
Natasha de Manincor : [email protected]

Responsables du stage : François Massol & Natasha de Manincor
Laboratoire(s) de Rattachement : EEP Lille
Téléphone : 03 20 43 40 76
Université de Lille – Sciences et Technologies – Villeneuve d’Ascq

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement.

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