Contexte
Les méthodes de suivis de l’abondance des populations animales ont fait l’objet de nombreux développements méthodologiques et statistiques dans les années 70/90 avant que la plupart des efforts se reportent sur l’estimation des paramètres démographiques à l’origine des variations d’abondance. Aujourd’hui, de nouveaux développements voient le jour avec l’idée qu’il n’est pas forcément nécessaire de marquer les animaux d’une population pour être capable d’estimer les processus à l’origine de la variance d’échantillonnage qui rend les estimations d’abondance (et de tendance) souvent imprécises et biaisées. Ces modèles permettent de découpler abondance et variance d’échantillonnage en modélisant les probabilités de détection des animaux et d’émigration temporaire de la zone échantillonnée. Ils ont cependant encore une histoire récente (Royle 2004) et ont été très peu utilisés dans un contexte de suivi et de gestion des populations d’ongulés. L’objectif de ce stage sera d’appliquer les dernières avancées de ces modèles (et notamment l’approche de Hostetler & Chandler 2015) sur 4 espèces d’ongulés (chamois, cerf, chevreuil et mouflon) à l’échelle de 14 sites répartis sur 800 000 ha.

Données disponibles
Le stagiaire travaillera sur une base de données constituée de 14 sites sur lesquels entre 1 et 4 espèces sont suivies depuis plus de 10 ans. Les données sont des comptages répétés réalisés selon un protocole spécifique à chaque espèce. Le stagiaire aura la possibilité de participer à certaines opérations de terrain, mais l’ensemble des données analysées sont d’ores et déjà disponibles.

Compétences requises
Nous recherchons une personne avec le profil suivant :
– Très fort intérêt en modélisation statistique et analyse des données écologiques (modèles hiérarchiques [espace-état, mixtes, dit de mélange]). Des connaissances en statistiques bayésiennes peuvent être un réel plus ;
– Maîtrise du logiciel R (toutes les analyses seront réalisées avec ce logiciel à travers notamment l’utilisation du package unmarked) ;
– Intérêt et connaissances pour la biologie et l’écologie des grands mammifères ;
– Intérêt pour la recherche appliquée ;
– Aptitudes pour le travail en groupe et pour maintenir des collaborations à distance ;
– Rigueur, capacité de rédaction et de communication des résultats.

Lieu et conditions de travail
– Le stage se déroulera au sein de l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS: http://oncfs.gouv.fr), au département de recherches appliquées de l’Unité Ongulés à Gières (Isère, 38) pour une durée de 6 mois°;
– Période du stage : 1er semestre 2016 ;
– Le stage sera rémunéré à hauteur de 554,40 € mensuels ;
– Les frais de déplacements associés au stage seront pris en charge.

Encadrement-contact
Le stage sera encadré par :
– Maryline PELLERIN (ONCFS—Unité Cervidés-Sanglier) ;
– Mathieu GAREL (ONCFS—Unité Faune de Montagne) ;
– Thierry CHEVRIER (ONCFS—Unité Cervidés-Sanglier) ;
– Jacques MICHALLET (ONCFS—Unité Cervidés-Sanglier).

Pour contact et renseignements, envoyez un courriel à :
Mathieu GAREL ([email protected]) et Maryline PELLERIN ([email protected]) avec «°stage N-mixture°» en objet.
Tél. : 06 16 09 66 57 / 06 30 24 89 93

Littérature
Hostetler, J. A. & Chandler, R. B. Improved state-space models for inference about spatial and temporal variation in abundance from count data Ecology, 2015, 96, 1713-1723.
Royle, J. A. N-mixture models for estimating population size from spatially replicated counts Biometrics, 2004, 60, 108-115.

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Pout toute autre question, vous pouvez contacter [email protected].