Contexte
Le déclin des amphibiens est un phénomène global dont les causes sont multiples (Sillero et al., 2014). Les principaux facteurs de ce déclin sont la destruction et la fragmentation des habitats, les introductions d’espèces invasives, les maladies, le changement climatique ainsi que les activités humaines qui engendrent pollution, exposition accrue aux radiations UV, acidification des eaux et surexploitation (Collins and Storfer, 2003; Cushman, 2006; Hof et al., 2011). Ces effets et leur synergie affectent les populations d’amphibiens avec une ampleur sans précédent, ce qui en fait le groupe de vertébrés le plus menacé.
Dans les territoires urbanisés, l’occupation et l’utilisation du sol conditionnent la modification des milieux terrestres et des zones humides. Cela se traduit notamment par le drainage des zones humides, la transformation de milieux naturels pour l’agriculture et la construction d’infrastructures urbaines (Mushet et al., 2014). L’altération des milieux naturels entraine une perte d’habitat et une modification de sa qualité, avec des répercussions sur la richesse spécifique et la probabilité d’occurrence des amphibiens (Simon et al., 2008). L’alternance des phases aquatiques et terrestres du cycle de vie des amphibiens les rend d’autant plus vulnérables à la perte et la fragmentation de leur habitat terrestre ainsi qu’à la régression des zones humides qui sont indispensables à leur reproduction (Baldwin and deMaynadier, 2009).
Le changement climatique, notamment l’augmentation des températures, la modification des régimes de précipitations ainsi que l’augmentation de la fréquence des évènements climatiques extrêmes, représente un défi pour les populations actuelles d’amphibiens. En effet, ces organismes ectothermes dont la température du corps est influencée par la température extérieure sont particulièrement susceptibles de subir les conséquences délétères des variations importantes de la température (Rohr and Palmer, 2013). Le réchauffement a plusieurs conséquences, plus ou moins variables au niveau local, comme le rallongement des périodes de sécheresse, l’évaporation rapide des plans d’eau, d’importantes variations des précipitations annuelles alors même que celles-ci sont un facteur important régissant la répartition des amphibiens (Girardello et al. 2010). Une vitesse d’assèchement plus rapide des mares et points d’eau ainsi qu’une plus faible disponibilité de ces habitats aquatiques influence négativement les populations d’amphibiens (Carey & Alexander 2003). Ainsi, face au changement du climat, les amphibiens peuvent faire preuve d’adaptations comportementales/physiologiques ou migrer vers des conditions climatiques plus favorables, sous peine d’être voués à l’extinction.
Les modélisations de distribution des espèces (SDM) permettent de mettre en relation des données sur la présence des espèces avec les facteurs de l’environnement tels que l’habitat et le climat.

Objectifs
Le jeu de données rassemble des points de présence d’amphibiens, recueillies entre 2000 et 2017 par le réseau d’acteurs piloté par la Coordination régionale LPO Pays de la Loire et l’UR CPIE Pays de la Loire, dans les 5 départements de la Région Pays de la Loire, ainsi par Vienne Nature dans le département de la Vienne en Poitou-Charentes. Le stage fait partie intégrante d’une thèse d’ampleur nationale pilotée par la RNN du Pinail (86) et les universités de Poitiers et de Tours, faisant appel à une variété d’acteurs et de réseaux naturalistes.
A l’aide du logiciel R, le stagiaire mettra en corrélation des variables de l’habitat avec les points de présence des espèces pour réaliser des modélisations de distribution des espèces. Ce travail permettra d’identifier des patches d’habitat favorables aux différentes espèces dans la région et d’orienter les prospections dans le cadre de l’atlas des amphibiens et reptiles des Pays de la Loire et de l’atlas des amphibiens et reptiles du Poitou-Charentes.

Description de la mission
– Récupérer et mettre en forme les données naturalistes ;
– Récupérer les données cartographiques sur les milieux ;
– Appliquer les modèles de spatialisation testés dans le cadre de la thèse ;
– Identifier les secteurs favorables pour les différentes espèces.
Le stagiaire aura l’opportunité de participer aux suivis naturalistes et notamment des amphibiens sur la RNN du Pinail et aux weekends de prospections et formations proposées par la LPO Anjou.

Mots-clefs
Amphibiens ; base de données ; corrélations ; modèles ; logiciel R ; distribution spatiale.

Profil du candidat
Master 2 en biologie, écologie, modélisation
Ce stage nécessite des compétences en programmation en langage R, de tableurs type Excel ainsi que du Système d’Information Géographique Qgis.
Des connaissances naturalistes notamment en herpétologie seront appréciées

Encadrement et collaborations
Pour candidater, envoyez votre CV et lettre de motivation à Clémentine Préau (RNN Pinail / Université de Poitiers, [email protected]) avec en copie Yann Sellier (RNN Pinail, [email protected]) Benoit Marchadour (Coordination LPO Pays de la Loire – [email protected] ), Francis Isselin-Nondedeu (Université de Tours, [email protected] ) et Frédéric Grandjean (Université de Poitiers, [email protected] ) avant le 15 décembre 2017.

Localisation
Le stage débutera en février/mars selon disponibilité du stagiaire et se déroulera dans les locaux de la Réserve Naturelle Nationale du Pinail, Moulin de Chitré, 86210 Vouneuil-sur-Vienne.

Références bibliographiques
Baldwin, R.F., deMaynadier, P.G. (2009): Assessing threats to pool-breeding amphibian habitat in an urbanizing landscape. Biological Conservation 142: 1628-1638.
Collins, J.P., Storfer, A. (2003): Global amphibian declines: sorting the hypotheses. Diversity and Distributions 9: 89-98.
Cushman, S.A. (2006): Effects of habitat loss and fragmentation on amphibians: a review and prospectus. Biological conservation 128: 231-240.
Hof, C., Araujo, M.B., Jetz, W., Rahbek, C. (2011): Additive threats from pathogens, climate and land-use change for global amphibian diversity. Nature 480: 516-519.
Mushet, D.M., Neau, J.L., Euliss, N.H. (2014): Modeling effects of conservation grassland losses on amphibian habitat. Biological Conservation 174: 93-100.
Rohr, J.R., Palmer, B.D. (2013): Climate change, multiple stressors, and the decline of ectotherms. Conservation Biology 27: 741-751.
Sillero, N., Campos, J., Bonardi, A., Corti, C., Creemers, R., Crochet, P.-A., Isailović, J.C., Denoël, M., Ficetola, G.F., Gonçalves, J. (2014): Updated distribution and biogeography of amphibians and reptiles of Europe. Amphibia-Reptilia 35: 1-31.
Simon, J.A., Snodgrass, J.W., Casey, R.E., Sparling, D.W. (2008): Spatial correlates of amphibian use of constructed wetlands in an urban landscape. Landscape Ecology 24: 361-373.

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