Contexte général :
Les agents pathogènes représentent un enjeu majeur chez l’homme et l’animal, du fait de leurs impacts économiques et sur la santé. Parmi les agents pathogènes, beaucoup d’études se sont intéressées aux parasites, celles-ci montrant qu’il existe une très forte hétérogénéité individuelle des infestations au sein même d’une population. Jusqu’à présent, de nombreuses études se sont focalisées sur la compréhension des facteurs individuels, populationnels et environnementaux pouvant influencer le parasitisme (Body et al., 2011; Bourgoin et al., 2021). Il est aujourd’hui bien identifié que la distribution spatiale des infections parasitaires dépend de facteurs comme les caractéristiques du climat, de la végétation et du sol qui interagissent avec la biologie du parasite et de l’hôte, l’hétérogénéité spatiale pouvant affecter l’immunité et le parasitisme dans un large éventail de systèmes d’étude (Musella et al., 2011; Albery et al., 2019). Néanmoins, cela a surtout été évalué au cours du temps et/ou à large échelle spatiale (Musella et al., 2011). Peu d’études se sont focalisées sur l’aspect spatial du parasitisme chez les animaux sauvages, au sein même d’un site, et encore moins en prenant en compte des informations sur l’utilisation de l’habitat par l’hôte (e.g., zones d’alimentation) à de courte échelle de temps (Albery et al., 2020). Pourtant, il est connu que les habitats et ressources sont utilisés de façon hétérogène entre les individus, influençant le risque parasitaire. De plus, le statut parasitaire des individus influe sur leur prise alimentaire et leur comportement spatial, on peut donc s’attendre à observer des relations entre le statut parasitaire des individus et leur utilisation de l’espace dans le temps. Cette étude se situe dans un contexte d’écologie du parasite, de l’hôte mais également d’épidémiologie du paysage.
Objectifs du stage :
C’est dans ce contexte général que nous souhaitons étudier l’influence de l’habitat et du comportement spatio-temporel des ongulés sauvages sur leur parasitisme. L’étude sera focalisée sur le chevreuil (Capreolus capreolus) comme hôtes d’endoparasites (nématodes, coccidies). Le parasitisme est étudié depuis plus de 10 ans sur le chevreuil et des animaux sont suivis à l’aide de colliers GPS sur Chizé et Trois-Fontaines, deux sites aux habitats contrastés.
A l’aide des données déjà disponibles, l’étudiant(e) devra : (1) évaluer la présence ou non d’une structure spatiale du parasitisme à l’échelle des sites d’études ; (2) identifier des variables d’habitat (e.g., végétation, exposition) pouvant influer directement ou indirectement sur le parasitisme ; et (3) identifier les liens entre utilisation spatio-temporelle de l’habitat et parasitisme.
Informations pratiques :
• Maîtres de stage : Sonia Saïd (Office Français de la Biodiversité), Gilles Bourgoin (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive – Université Lyon 1).
• Durée du stage : 6 mois, début en janvier ou février
• Lieu de stage : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive – Université Lyon 1 (69) et/ou OFB – Birieux (01)
• Gratification : 577,50 €/mois

Profil recherché :
– Autonomie, rigueur et motivation
– Niveau avancé en analyses statistiques et dans l’utilisation du logiciel R pour la manipulation d’objets spatiaux
Pour candidater :
CV et lettre de motivation à envoyer aux encadrants de stage aux adresses mail suivante : [email protected] ; [email protected]

Bibliographie :
Albery, G., Becker, D., Kenyon, F., Nussey, D. and Pemberton, J. (2019). The Fine-Scale Landscape of Immunity and Parasitism in a Wild Ungulate Population. Integrative and comparative biology 59,. doi: 10.1093/icb/icz016.
Albery, G. F., Kirkpatrick, L., Firth, J. A. and Bansal, S. (2020). Unifying spatial and social network analysis in disease ecology. Journal of Animal Ecology 1365-2656.13356. doi: 10.1111/1365-2656.13356.
Body, G., Ferté, H., Gaillard, J.-M., Delorme, D., Klein, F. and Gilot-Fromont, E. (2011). Population density and phenotypic attributes influence the level of nematode parasitism in roe deer. Oecologia 167, 635–646. doi: 10.1007/s00442-011-2018-9.
Bourgoin, G., Portanier, E., Poirel, M.-T., Itty, C., Duhayer, J., Benabed, S., Cockenpot, A., Callait-Cardinal, M.-P. and Garel, M. (2021). Reproductive females and young mouflon (Ovis gmelini musimon × Ovis sp.) in poor body condition are the main spreaders of gastrointestinal parasites. Parasitology 148, 809–818. doi: 10.1017/S0031182021000329.
Musella, V., Catelan, D., Rinaldi, L., Lagazio, C., Cringoli, G. and Biggeri, A. (2011). Covariate selection in multivariate spatial analysis of ovine parasitic infection. Preventive Veterinary Medicine 99, 69–77. doi: 10.1016/j.prevetmed.2010.11.012.

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