Sujet de Thèse Financé par INRAE (UMR 042 CARRTEL – Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et les Ecosystèmes Limniques)

Date limite de candidature : Lundi 27 Septembre 2021
Contacts : David ETIENNE – [email protected] ; Emilie LYAUTEY – [email protected] ; Isabelle DOMAIZON (HDR) – [email protected]

Tite de Thèse : Réponses des communautés microbiennes aux changements environnementaux : approche paleomicrobiologique en lacs/ Responses of microbial communities to environmental changes: a paleomicrobiological approach in lakes

Les changements globaux actuels entrainent de nombreux effets sur les conditions climatiques et les habitats induisant une perte de biodiversité perturbant le fonctionnement des écosystèmes et les services associés. Tandis que les pertes en espèces, communautés et habitats pour les organismes « supérieurs » sont largement documentés, les effets de ces changements globaux sur les microorganismes (micro-eucaryotes, bactéries et archées) ne sont généralement pas ou peu abordés, alors qu’ils représentent une diversité clé permettant d’assurer de nombreux processus biogéochimiques et donc le fonctionnement des écosystèmes. Dans les écosystèmes lacustres, comprendre l’impact de l’anthropisation sur les communautés microbiennes est un enjeu majeur, puisque des modifications de la diversité et des fonctions associées supportées par ces microorganismes, affecteront, théoriquement, la résilience des écosystèmes et de l’ensemble des organismes qu’ils abritent. Les sédiments lacustres offrent l’opportunité de reconstituer les assemblages biologiques passés, dont les microorganismes planctoniques, via l’ADN archivé fournissant ainsi des informations inédites sur leur dynamique à long-terme. Toutefois des micro-organismes actifs sont également hébergés dans les sédiments, représentant une partie du signal ADN extrait des sédiments. Dans cette thèse, la stratégie d’étude simultanée des archées, bactéries et eucaryotes, en discriminant les fractions microbiennes inactives-archivées et actives, permettra d’étudier les assemblages microbiens et leurs dynamiques sur une large échelle temporelle en intégrant des questions clefs d’écologie microbienne et de paléo-génomique centrées sur les communautés aquatiques et terrestres archivées dans le compartiment sédimentaire.

Long-term understanding of past environmental conditions and past biological communities is a key challenge to predict how future environmental changes will affect ecosystem properties and biological diversity. In lake ecosystems, understanding the impact of anthropogenic stresses on microbial communities is a major challenge because changes in microorganism diversity are likely to affect associated functions and will impact the resilience of these environments. Although multiple paleo-limnological studies have already been developed on lake ecosystems, the analysis of subfossil DNA preserved in lake sediments is currently identified as one of the most promising developments in paleoecology, expanding the range of biological data that can be extracted from lacustrine sediments studies. While the use of genomic approaches has been successfully developed and applied for reconstructing long-term dynamics of microbial eukaryotes, few similar application has yet been applied on the whole assemblages of microorganisms (micro-eukaryotes, bacteria and archaea), although they may represent valuable indicators of global and local environmental changes affecting the lake ecosystem. This thesis aims to develop a paleolimnological approach to understand the long-term dynamics of microbial communities (in the three domains of life). In this project, the strategy is therefore to simultaneously study archaea, bacteria and micro-eukaryotes, deciphering the active microbial fractions (alive in sediments) and the archived fractions (past- microbial communities). This will integrate questions relevant in microbial ecology and paleogenomic focused both on the aquatic and terrestrial communities archived in lake sediments.

Conditions de Recrutement : Le contrat doctoral fixe une rémunération principale, indexée sur l’évolution des rémunérations de la fonction publique : depuis Septembre 2021, elle s’élève à 2300 euros bruts mensuels pour une activité de recherche seule. Des heures d’enseignements peuvent être effectuées dans la limite de 64 heures équivalent TD par année universitaire après autorisation du président de l’université et rémunérées au taux fixé pour les travaux dirigés en vigueur. D’autres activités complémentaires au contrat doctoral sont prévues par l’article 5 du décret n° 2009-464 du 23 avril 2009 modifié. La durée totale des activités complémentaires aux activités de recherche confiées au doctorant dans le cadre du contrat doctoral ne peut excéder un sixième du temps de travail annuel.
Le recrutement du doctorant sera effectif pour l’année 2021, avec une affectation au sein du laboratoire CARRTEL et plus spécifiquement sur le site universitaire du Bourget-du-Lac (INRAE/USMB).

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: [email protected]

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