Stage Master 1 / Ingénieur – 2018

Caractérisation du degré de résistance de cépages de vigne à un agent pathogène vasculaire.

Période: Aout-Octobre/Novembre (3 mois)

Résumé:

La vigne cultivée, Vitis vinifera L. est sensible à une vaste variété de maladies, dont les maladies fongiques vasculaires (Bertsch et al. 2013). Ces maladies vasculaires, aussi connues sous le nom de maladies du bois, sont particulièrement dommageables pour la profession vitivinicole. D’une part, l’infection par ces agents pathogènes entrainent l’apparition de nécroses dans le bois mais aussi des symptômes sur les parties herbacées de la plante (feuilles, baies). D’autre part, elle induit la mort prématurée de leur hôte. Bien qu’aucun cépage de vigne ne soit à ce jour identifié comme totalement résistant (interaction non-hôte) aux pathogènes fongiques vasculaires communément rencontrés chez cette espèce, des études montrent que l’incidence des maladies associées varie significativement d’un cépage de vigne à l’autre au vignoble (Bruez et al. 2013; Murolo & Romanazzi 2014). Aussi, il a été montré que la capacité de l’hôte à limiter la progression de certains de ces agents dans les tissus ligneux (résistance quantitative) diffère entre cépages de vigne (Travadon et al. 2013 ; Billones-Baaijens et al. 2014). Les mécanismes sous-jacents à ce phénomène de résistance sont encore partiellement élusifs, des traits anatomiques du xylème tel que le diamètre des vaisseaux de sève jouant vraisemblablement un rôle (Pouzoulet et al. 2014, 2017).

L’objectif de ce stage est d’étudier l’interaction entre différents génotypes de vigne et un champignon pathogène vasculaire Phaeomoniella chlamydospora (Pch) afin de tester si la résistance de la vigne à Pch est variable à l’échelle intra- et inter-spécifique. La sélection de génotypes est composée de (i) cépages commerciaux choisis en fonction de leur diversité génétique, et (ii) de génotypes expérimentaux (descendance interspécifique F2 V. vinifera x V. riparia) choisis en fonction de traits anatomiques de leur xylème. Ce projet permettra d’élargir les connaissances actuelles sur le degré de résistance des cultivars commerciaux à Pch, et de mieux comprendre les relations entre résistance, diversité génétique et certains traits anatomiques du xylème.

L’expérience sera conduite en serre durant l’été 2018 (production des plantes et inoculation de l’agent pathogène), avant l’arrivée de l’étudiant(e). Il ou elle sera en charge de mesurer le degré de colonisation du bois par l’agent pathogène. Ces mesures seront réalisées via la quantification de l’ADN de l’agent pathogène dans le bois par la méthode de PCR quantitative en temps réel (qPCR) suivant la méthode décrite par Pouzoulet et al. (2013,2017). Il ou elle sera donc impliqué(e) dans l’extraction des ADN totaux d’environ 300 échantillons de bois (broyage, purification, quantification), de leurs analyses en qPCR, et de l’analyse statistique des données produites. L’étude de l’anatomie du xylème des génotypes de vigne étudiés (microscopie, analyse automatisée d’image) et l’exploration du lien entre l’agressivité de l’agent pathogène et l’anatomie du xylème pourra aussi être entreprise dans le cadre du stage en fonction de l’avancement général du projet.

Ce stage s’insère dans un projet plus large financé par la Plan National Dépérissement Vignoble (projet Physiopath) et un projet financé par la région Nouvelle-Aquitaine (Xylesca). Le stagiaire sera intégré au groupe de travail de ces deux projets via une participation aux réunions de travail mensuelles.

Profil recherché: Connaissance et intérêt en agronomie/pathologie végétale/biologie moléculaire. Sérieux et rigueur dans la conduite des expérimentations.

Directeurs de stage:
Chloé Delmas & Jérôme Pouzoulet
UMR INRA-Bordeaux Sciences Agro 1065 Santé et agroécologie du vignoble (SAVE)
[email protected] / [email protected]
https://sites.google.com/view/chloedelmas

Laboratoire d’accueil :
UMR INRA-Bordeaux Sciences Agro 1065 SAVE (Santé et agroécologie du vignoble)
71 Rue Edouard Bourlaux CS 20032 33882 Villenave d’Ornon Cedex, France

Références bibliographiques (disponibles sur demande)
Bertsch, C., Ramírez‐Suero, M., Magnin‐Robert, M., Larignon, P., Chong, J., Abou‐Mansour, E., Spagnolo, A., Clément, C. and Fontaine, F., 2013. Grapevine trunk diseases: complex and still poorly understood. Plant Pathology, 62(2), pp.243-265.
Billones-Baaijens, R., Jones, E.E., Ridgway, H.J. and Jaspers, M.V., 2014. Susceptiblity of common rootstock and scion varieties of grapevines to Botryosphaeriaceae species. Australasian Plant Pathology, 43(1), pp.25-31.
Bruez, E., Lecomte, P., Grosman, J., Doublet, B., Bertsch, C., Fontaine, F., Ugaglia, A., Teissedre, P.L., Da Costa, J.P., Guerin-Dubrana, L. and Rey, P., 2013. Overview of grapevine trunk diseases in France in the 2000s. Phytopathologia Mediterranea, pp.262-275.
Murolo, S. and Romanazzi, G., 2014. Effects of grapevine cultivar, rootstock and clone on esca disease. Australasian Plant Pathology, 43(2), pp.215-221.
Pouzoulet, J., Mailhac, N., Couderc, C., Besson, X., Daydé, J., Lummerzheim, M. and Jacques, A., 2013. A method to detect and quantify Phaeomoniella chlamydospora and Phaeoacremonium aleophilum DNA in grapevine-wood samples. Applied microbiology and biotechnology, 97(23), pp.10163-10175.
Pouzoulet, J., Pivovaroff, A.L., Santiago, L.S. and Rolshausen, P.E., 2014. Can vessel dimension explain tolerance toward fungal vascular wilt diseases in woody plants? Lessons from Dutch elm disease and esca disease in grapevine. Frontiers in plant science, 5.
Pouzoulet, J., Scudiero, E., Schiavon, M. and Rolshausen, P.E., 2017. Xylem Vessel Diameter Affects the Compartmentalization of the Vascular Pathogen Phaeomoniella chlamydospora in Grapevine. Frontiers in plant science, 8, p.1442.
Travadon, R., Rolshausen, P.E., Gubler, W.D., Cadle-Davidson, L. and Baumgartner, K., 2013. Susceptibility of cultivated and wild Vitis spp. to wood infection by fungal trunk pathogens. Plant Disease, 97(12), pp.1529-1536.

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